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    Exemple : +cellule -stem
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Technique

Présentation

Description

The HUB Team led by Marie-Agnès Dillies and Christophe Malabat is part of the Center of Bioinformatics, BioStatistics and Integrative Biology. The HUB team is composed by biostatistics and bioinformatics experts.

The Hub offers various services to the campus :

  • Short questions : if you have a simple question about bioinformatics and / or statistics, you can ask your question on our website. A mail is sent to all Hub members and one of them will answer you within a few hours.
  • Open desk : come and discuss about your data, your project, your analyses or just about bioinformatics and biostatistics every Tuesday morning from 10 to 12 in room 26-06-06-A. Hub members with complementary fields of expertise will be ready to answer your questions and discuss with you.
  • Collaborative projects : if you are starting a project or you are planning experiments and you need advice and / or help in bioinformatics and biostatistics to analyze your data or develop a specific software. Dedicated Hub members can be involved in your project from the beginning.

    Submit your project on our website

    We will acknowledge your submission and contact you to define more precisely your needs, the time and the expertise needed to do the job and the Hub member(s) that will be involved. We have three types of projects, depending on the cumulative time needed to do it

    • Short (less than 2 weeks),
    • Medium (less than 3 months) and
    • Long. Decisions concerning long projects are taken by the C3BI steering committee that meets every 4 months.

Hub members involved in collaborative projects can be embedded in your unit if a close cooperation is needed for more efficiency. The rules to welcome a Hub member in your lab are described here.

You can have an overview of all the ongoing projects here.

All projects submitted to the HUB, since it's creation, by the different Units of the campus

All projects submitted to the HUB, since it’s creation, by the different Units of the campus

  • Trainings : the Hub offers practical trainings on specific bioinformatics and biostatistics topics throughout the year. These training sessions are of open access to all people from the Institut. The program can be checked here.
  • Seminars : the C3BI has set up periodic seminars related to Bioinformatics, Biostatistics and Integrative Biology. There are two kinds of seminars: Methodological seminars (~45mn+questions), aimed at improving knowledge and mutual interactions within Institut Pasteur. Most of these seminars will focus on methods discussing a subject in informatics, statistics, mathematics or modelisation, and Large audience seminars (~1h+questions,) with educational talks (beyond methodological aspects) presenting the challenges and biological results. Seminars take place on Thursdays at 2 pm in room Lwoff 14 retrovirus. You can have an overview of upcoming seminars and previous ones here.
  • Software development : the Hub develops specific software on demand when existing tools do not fulfill the user needs. You can find all the tools developed within the Institut Pasteur on the Bioweb website.

Logiciel

Membres

Groupes

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
(EN) 2020
(EN) 2020
(EN) Naima Bessaoud
(EN) Undergraduate Student
(EN) 2020
(EN) 2020
(EN) Julie Leborgne
(EN) Undergraduate Student
(EN) 2018
(EN) 2020
(EN) Laurent Bourri
(EN) Engineer - short term contract
(EN) 2019
(EN) 2019
(EN) Valentin Marcon
(EN) Engineer - short term contract
(EN) 2017
(EN) 2019
(EN) Maëlle Daunesse
(EN) Undergraduate Student
(EN) 2019
(EN) 2019
(EN) Sulyvan Dollin
(EN) Undergraduate Student
2015
2020
Ahmed Keceli
Undergraduate Student
(EN) 2019
(EN) 2019
(EN) Andrei Furtuna
(EN) Undergraduate Student
(EN) 2019
(EN) 2019
(EN) Antoine Ménard
(EN) Undergraduate Student
(EN) 2019
(EN) 2019
(EN) Olivier Merzeau
(EN) Engineer - short term contract
(EN) 2019
(EN) 2019
(EN) Tom Gutman
(EN) Undergraduate Student
2015
2020
Christophe Becavin
Research Engineer
2015
2020
Kenzo-Hugo Hillion
Research Engineer
(EN) 2017
(EN) 2018
(EN) Quentin Letourneur
(EN) Engineer - short term contract
2015
2020
Olivia Doppelt-Azeroual
Research Engineer
2015
2020
Jérôme Raciazek
Technician
(EN) 2017
(EN) 2017
(EN) Paul Stretenovitch
(EN) Undergraduate Student
2015
2020
Louis Jones
Research Engineer
2015
2020
Harindra Arachchi
Research Engineer
(EN) 2016
(EN) 2016
(EN) Anita Annamale
(EN) Undergraduate Student
(EN) 2015
(EN) 2015
(EN) Mélaine Vanderbroucke
(EN) Undergraduate Student
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Cours

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]

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Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences

L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]

2019-09-23 09:00:00 2019-09-27 17:00:00 Europe/Paris Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Introduction to Application development in Shiny

L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec le SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) une formation au package R-Shiny les 9 et 10 juillet 2019 à l’I. Pasteur (Paris). L’objectif de la formation est […]

2019-09-12 10:00:00 2019-09-13 18:00:00 Europe/Paris Introduction to Application development in Shiny L’Institut Français de Bioinformatique organise en partenariat avec le SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) une formation au package R-Shiny les 9 et 10 juillet 2019 à l’I. Pasteur (Paris). L’objectif de la formation est […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

High Throughput Sequencing Data Analysis on Genomics, Metagenomics and Transcriptomics

The National Center for Aquaculture and Marine Research (CENAIM) of the Polytechnic School of the Litoral (Ecuador), the Computational Biology and Microbial Ecology Group (BCEM) of the Universidad de los Andes (Colombia) and the […]

2018-09-13 09:00:00 2018-09-21 17:00:00 Europe/Paris High Throughput Sequencing Data Analysis on Genomics, Metagenomics and Transcriptomics The National Center for Aquaculture and Marine Research (CENAIM) of the Polytechnic School of the Litoral (Ecuador), the Computational Biology and Microbial Ecology Group (BCEM) of the Universidad de los Andes (Colombia) and the […] Escuela superior politécnica del litoral, Guayaquil, Ecuador

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]

2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

From genes to function: a survival guide to web-based tools for microbiologists

Target Audience: PhD students, Post-doctoral fellows, Research Staff and PIs that work in any field related to microbiology that requires to understand or predict gene function. Summary: Methods to allow experimental scientists lacking computer […]

2019-06-17 08:30:00 2019-06-21 17:30:00 Europe/Paris From genes to function: a survival guide to web-based tools for microbiologists Target Audience: PhD students, Post-doctoral fellows, Research Staff and PIs that work in any field related to microbiology that requires to understand or predict gene function. Summary: Methods to allow experimental scientists lacking computer […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Analyse de séquences

OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]

2018-03-19 09:30:00 2018-09-23 17:00:00 Europe/Paris Analyse de séquences OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Scientific Programming in Python

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2017-03-06 09:30:00 2017-03-18 17:00:00 Europe/Paris Scientific Programming in Python The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Introduction to Python Programming

Python is often used to learn programming as it is very readable and easy to write. Python is a very popular language in bioinformatics where many programs and libraries are written in python. This […]

2018-06-04 09:30:00 2018-06-08 17:00:00 Europe/Paris Introduction to Python Programming Python is often used to learn programming as it is very readable and easy to write. Python is a very popular language in bioinformatics where many programs and libraries are written in python. This […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

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sincellTE

Single cell transcriptomics and Epigenomics: Theory and Practice This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epigenomic point of view. New technological developments enable the […]

2018-06-17 18:00:00 2018-06-22 14:00:00 Europe/Paris sincellTE Single cell transcriptomics and Epigenomics: Theory and Practice This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epigenomic point of view. New technological developments enable the […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

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