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    Exemple : +cellule -stem
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Technique

Présentation

Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique est une équipe dirigée par Marie-Agnès Dillies et Hervé Menager dont la mission est d’apporter un support en biologie computationnelle aux Unités de recherche et plateformes de l’Institut Pasteur. Le Hub est organisé en sept groupes experts :

Le Hub a également des expertises en dehors de ces groupes:

Cette liste d’expertises n’est pas exhaustive. N’hésitez pas à visiter les pages des groupes ou à contacter les responsables du Hub si vous ne trouvez pas l’expertise dont vous avez besoin. Le Hub aide les scientifiques de l’Institut Pasteur de différentes façons:

  • Par une interaction directe durant les open-desks, chaque mardi matin (actuellement via Teams ou en physique au bâtiment Yersin)
  • Par le biais d’une short question soumise sur notre site web (lien ici)
  • Par le biais d’une collaboration à un projet de recherche. Le participation du Hub est:
    • Gratuite pour des projets de moins de 3 mois de travail effectif – projet court
    • Au tarif de la moitié du coût salarial chargé (3k€/mois) pour un projet de 4 mois ou plus – projet long

Dans tous les cas, les projets doivent être soumis sur note site web avec une description la plus précise possible. Submit a project Tous les projets courts sont acceptés si l’expertise requise est présente dans le Hub et que les personnes concernées sont disponibles dans un délai raisonnable. Les projets longs sont examinés par le  comité de pilotage du Hub qui se réunit trois fois par an. Un template spécifique est disponible pour la soumission de projet long. Il doit être envoyé à Marie-Agnès Dillies et Hervé Menager deux semaines avant la réunion du comité. Nous vous encourageons à nous contacter avant de soumettre un projet long afin d’affiner au mieux votre demande. Le détachement d’un membre du Hub est également possible pour des projets très longs et sous certaines conditions. Voir la section detached pour plus d’information. Les différentes possibilités de collaboration de longue durée avec le Hub sont résumées dans le tableau suivant :

TYPE COUT DESCRIPTION DECISION PROCESS
Projet long
  • Moitié d’un salaire chargé
  • environ 3k€/mois
  • 1.5 k/mois pour les projets stratégique
  • Pas d’affiliation RH
  • non inclus dans l’ETM
  • Moitié du coût d’un Post-doc
  • Durée adaptée au projet
  • Pas de recrutement à prévoir
Validé par le comité de pilotage après examen de la requête en utilisant le template
Détachement
  • Inclus dans le package des Unités
  • Affiliation RH
  • Inclus dans l’ETM
  • de 2 à 5 ans, renouvelable
  • sur recrutement ou mobilité interne
Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage
Détachement sur financement
  • 80% du salaire chargé
  • Sur financement externe, typiquement une ERC
  • Affiliation RH
  • Inclus dans l’ETM
  • de 2 à 5 ans, renouvelable
  • sur recrutement ou mobilité interne
Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage

Le Hub est également investi dans d’autres activités:

  • Développement logiciel: Les membres du Hub ont développé de nombreux outils pour faciliter l’analyse de données  tels que Shaman, JASS. Voir une liste plus complète dans la section logiciels.
  • Formation et enseignement: Les membres du Hub sont très impliqués dans des enseignements afin de partager leurs connaissances avec les doctorants, post-docs ou membres permanents de l’Institut Pasteur et des instituts du réseau international. Plus de détails disponibles dans la section cours

Services

Monthly Newsletter

Every month the communication group of the Hub releases a newsletter with informations regarding the latest publications from the Hub members, updates from tools under development, specific content on Hub expertises and organisation and […]

Open Desk of the Hub of Bioinformatics and Biostatistics

Every Tuesday mornings from 10am to 12am, Hub engineers are enlisted to provide a direct support to any members of Institut Pasteur seeking help on bioinformatics or biostatistics related subjects. You can come directly […]

Logiciel

Membres

Groupes

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
2014
2022
Christophe Malabat
Head Member - Research Engineer - permanent position
2018
2021
Dmitry Erchov
Research Engineer - permanent position
2015
2021
Anne Biton
Research Engineer - permanent position
2016
2021
Emna Achouri
Research Engineer - permanent position
2020
2020
Naima Bessaoud
Undergraduate Student
2020
2020
Julie Leborgne
Undergraduate Student
2018
2020
Laurent Bourri
Engineer - short term contract
2015
2020
Varun Khanna
Research Engineer - permanent position
2019
2019
Valentin Marcon
Engineer - short term contract
2017
2019
Maëlle Daunesse
Undergraduate Student
2019
2019
Sulyvan Dollin
Undergraduate Student
2019
2019
Ahmed Keceli
Undergraduate Student
2019
2019
Andrei Furtuna
Undergraduate Student
2019
2019
Antoine Ménard
Undergraduate Student
2019
2019
Olivier Merzeau
Engineer - short term contract
2019
2019
Tom Gutman
Undergraduate Student
2015
2019
Christophe Becavin
Research Engineer - permanent position
2016
2018
Kenzo-Hugo Hillion
Engineer - short term contract
2017
2018
Quentin Letourneur
Engineer - short term contract
2016
2018
Olivia Doppelt-Azeroual
Research Engineer - permanent position
2017
2018
Jérôme Raciazek
Engineer - short terme contract
2017
2017
Paul Stretenovitch
Undergraduate Student
2015
2017
Louis Jones
Research Engineer - permanent position
2015
2016
Harindra Arachchi
Research Engineer - permanent position
2016
2016
Anita Annamale
Undergraduate Student
2015
2015
Mélaine Vanderbroucke
Undergraduate Student
Voir tout

Cours

2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN – IFB – INSERM Niveau 2

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, niveau 2 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation […]

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11ème école de bioinformatique AVIESAN-INSERM-IFB

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell RNA-Seq, niveau 1 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets […]

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PHINDaccess – Functional OMICs

This course will explore state-of-the-art knowledge and experiences to better understand complex biological systems. The main objective is to provide participants with a solid foundation on the current bioinformatics approaches and tools to better […]

2022-05-23 09:00:00 2022-05-27 17:00:00 Europe/Paris PHINDaccess – Functional OMICs This course will explore state-of-the-art knowledge and experiences to better understand complex biological systems. The main objective is to provide participants with a solid foundation on the current bioinformatics approaches and tools to better […] Institut Pasteur، Tunis, Tunisia

1ere école EBAII Assemblage & Annotation

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Assemblage et annotation de novo de génomes   Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next […]

2022-09-26 14:00:00 2022-09-30 14:00:00 Europe/Paris 1ere école EBAII Assemblage & Annotation Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Assemblage et annotation de novo de génomes   Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques. Les sessions théoriques seront consacrées aux bases du domaine (représentation et combinatoire des arbres, modèles d’évolution) et […]

2021-12-13 09:00:00 2021-12-17 19:00:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques. Les sessions théoriques seront consacrées aux bases du domaine (représentation et combinatoire des arbres, modèles d’évolution) et […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Analyse de données reproductible

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2021-06-21 09:00:00 2021-06-29 17:00:00 Europe/Paris Analyse de données reproductible La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]

2019-10-07 09:30:00 2019-11-11 17:30:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences

L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]

2019-09-23 09:00:00 2019-09-27 17:00:00 Europe/Paris Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

High Throughput Sequencing Data Analysis on Genomics, Metagenomics and Transcriptomics

The National Center for Aquaculture and Marine Research (CENAIM) of the Polytechnic School of the Litoral (Ecuador), the Computational Biology and Microbial Ecology Group (BCEM) of the Universidad de los Andes (Colombia) and the […]

2018-09-13 09:00:00 2018-09-21 17:00:00 Europe/Paris High Throughput Sequencing Data Analysis on Genomics, Metagenomics and Transcriptomics The National Center for Aquaculture and Marine Research (CENAIM) of the Polytechnic School of the Litoral (Ecuador), the Computational Biology and Microbial Ecology Group (BCEM) of the Universidad de los Andes (Colombia) and the […] Escuela superior politécnica del litoral, Guayaquil, Ecuador

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]

2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

From genes to function: a survival guide to web-based tools for microbiologists

Target Audience: PhD students, Post-doctoral fellows, Research Staff and PIs that work in any field related to microbiology that requires to understand or predict gene function. Summary: Methods to allow experimental scientists lacking computer […]

2019-06-17 08:30:00 2019-06-21 17:30:00 Europe/Paris From genes to function: a survival guide to web-based tools for microbiologists Target Audience: PhD students, Post-doctoral fellows, Research Staff and PIs that work in any field related to microbiology that requires to understand or predict gene function. Summary: Methods to allow experimental scientists lacking computer […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Analyse de séquences

OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]

2018-03-19 09:30:00 2018-09-23 17:00:00 Europe/Paris Analyse de séquences OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

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Comite de pilotage

Steering Committee

The Hub Steering committee is composed of representants of all scientific Department and Direction of Institut Pasteur.

This committee meets once a year for exchanging on Hub advances during the past year.

It is also the occasion for the Hub to have a direct feedback from department and to improve its support to the campus.

Executive steering committee

The executive steering committee is in charge of the validation of ressource allocation for long projects. It will focus mainly on the scientific content and perspective of the project. Also it will be garant for a fare share of ressources between research Units of Institut Pasteur.

The executive committee meets three time a year (spring, summer and autumn/winter).
Past meetings :
– December 4th, 2020
– April 8th, 2021

Next meeting:
-Late August 2021

The executive committee is composed of:
– Didier Mazel (president)
– Christophe d’Enfert
– Patrick Trieu-Cuot
– Marc Delarue
– Simmonetta Gribaldo
– Roberto Toro
– Claudine Médigue

 

Contact

Phone: +33 (0)1 44 38 93 71 Email: bioinfo-ask@pasteur.fr Address 25-28 Rue du Docteur Roux 75015, Paris France