Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique est une équipe dirigée par Marie-Agnès Dillies and Christophe Malabat dédiée à apporter un support en biologie computationnnelle aux Unités de recherche de l’Institut Pasteur Le Hub est organisé autour de sept groupes experts :
- ALPS: Algorithmes et programmation en Science
- Responsable du groupe: Bertrand Néron
- Expertises: Dévelopement de programmes development, visualisation de données, calcul scientifique
- GENO: Genomics
- Responsable du groupe: Gaël Millot
- Expertises: Analyse de séquençage d’ADN détection de variant, GWAS, génomique comparative
- GIPhy: Groupe d’Inférence Phylogénétique
- Responsable du groupe: Alexis Criscuolo
- Expertises: Taxonomie, Phylogénétique, Phylogénomique, Genotypage
- GORE: Genome Organisation, Régulation et Expression.
- Responsable du groupe: Claudia Chica
- Expertise: Epigénomique, Transcriptomique, Régulation, Single-cell Quantitatif
- Stats Statistics
- Responsable du groupe: Pascal Campagne
- Expertise: Design experimental, Inférence & modelisation, Intelligence Artificielle
- SysBio: Bioinformatique des Systèmes
- Responsable du groupe: Natalia Pietrosemoli
- Expertise: Réseau biologiques, Analaysie Multi-OMIC, Analyse functionelle de données omics
- Winter: Web Integration
- Responsable du groupe: Hervé Ménager
- Expertise: DevelopmentWeb, UX design, Bases de données, Intégration de pipeline et d’outils
Le Hub a également des expertises en dehors de ses groupes:
- Modélisation mathématique (Andjela Davidovic)
- Métagenomique (Amine Ghozlane)
- Stringologie (Nicolas Maillet)
La list des expertises n’est pas exhaustive. N’hésitez pas à visiter les pages des groupes ou à contacter les responsables du Hub si vous n’identifiez pas une expertise en particulier Le Hub peut apporter du support aux scientifiques de l’Institut Pasteur de différentes façons:
- Par une interaction directe durant les open-desk. Chaque mardi matin (actuellement via Teams)
- Par le biais d’une short question soumise sur notre site web (lien ici)
- Par le biais d’une collaboration à un projet de recherche. Le participation du Hub est:
- Gratuite pour des projets de moins de 3 mois de travail effectif – projet court
- Au tarif de la moitié du cout salarial chargé (3k€/mois) pour un projet de 4 mois ou plus – projet long
Dans tous les cas, les projets doivent être soumis sur note site web acec le plus détails possible. Submit a project Tous les projets courts sont acceptés à la condition que l’expertise requise soit présente dans le Hub et que les personnes concernées soient du Hub. Le projets longs sont évalués par le comité de pilotage du Hub qui se réunit trois fois par ans. Un template spécifique est disponible pour les projets longs et est à envoyé à Marie-Agnes Dillies and Christophe Malabat. Nous vous encourageons a nous contacter avant de soumettre un projet long afin d’affiner au mieux votre demande. Le détachement d’un membre du Hub est également possible pour des projets très longs et sous certaines conditions. Voir la section detached pour plus d’information. Les différentes possibilités de projets avec le Hub sont résumées dans le tableau suivant:
TYPE | COUT | DESCRIPTION | DECISION PROCESS |
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Projet long |
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Validé par le comité de pilotage après examen de la requête en utilisant le template |
Détachement |
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Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage |
Détachement sur financement |
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Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage |
Le Hub est également investi dans d’autres activités:
- Développement logiciel: Les membres du Hub ont développé de nombreux outils pour faciliter l’analyse de données tels que Shaman, JASS. Voir une liste plus complète dans la section logiciels.
- Formation et enseignements: Les membres du Hub sont très impliqués dans des enseignements afin de partager leur connaissances avec les doctorants, post-docs ou membres permanents de l’Institut Pasteur et des instituts du réseau international. Voir plus de détails dans la section cours