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    Exemple : +cellule -stem
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Présentation

Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique est une équipe dirigée par Marie-Agnès Dillies et Christophe Malabat dont la mission est d’apporter un support en biologie computationnelle aux Unités de recherche et plateformes de l’Institut Pasteur. Le Hub est organisé en sept groupes experts :

Le Hub a également des expertises en dehors de ces groupes:

Cette liste d’expertises n’est pas exhaustive. N’hésitez pas à visiter les pages des groupes ou à contacter les responsables du Hub si vous ne trouvez pas l’expertise dont vous avez besoin. Le Hub aide les scientifiques de l’Institut Pasteur de différentes façons:

  • Par une interaction directe durant les open-desks, chaque mardi matin (actuellement via Teams)
  • Par le biais d’une short question soumise sur notre site web (lien ici)
  • Par le biais d’une collaboration à un projet de recherche. Le participation du Hub est:
    • Gratuite pour des projets de moins de 3 mois de travail effectif – projet court
    • Au tarif de la moitié du coût salarial chargé (3k€/mois) pour un projet de 4 mois ou plus – projet long

Dans tous les cas, les projets doivent être soumis sur note site web avec une description la plus précise possible. Submit a project Tous les projets courts sont acceptés si l’expertise requise est présente dans le Hub et que les personnes concernées sont disponibles dans un délai raisonnable. Les projets longs sont examinés par le  comité de pilotage du Hub qui se réunit trois fois par an. Un template spécifique est disponible pour la soumission de projet long. Il doit être envoyé à Marie-Agnès Dillies et Christophe Malabat deux semaines avant la réunion du comité. Nous vous encourageons à nous contacter avant de soumettre un projet long afin d’affiner au mieux votre demande. Le détachement d’un membre du Hub est également possible pour des projets très longs et sous certaines conditions. Voir la section detached pour plus d’information. Les différentes possibilités de collaboration de longue durée avec le Hub sont résumées dans le tableau suivant :

TYPE COUT DESCRIPTION DECISION PROCESS
Projet long
  • Moitié d’un salaire chargé
  • environ 3k€/mois
  • 1.5 k/mois pour les projets stratégique
  • Pas d’affiliation RH
  • non inclus dans l’ETM
  • Moitié du coût d’un Post-doc
  • Durée adaptée au projet
  • Pas de recrutement à prévoir
Validé par le comité de pilotage après examen de la requête en utilisant le template
Détachement
  • Inclus dans le package des Unités
  • Affiliation RH
  • Inclus dans l’ETM
  • de 2 à 5 ans, renouvelable
  • sur recrutement ou mobilité interne
Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage
Détachement sur financement
  • 80% du salaire chargé
  • Sur financement externe, typiquement une ERC
  • Affiliation RH
  • Inclus dans l’ETM
  • de 2 à 5 ans, renouvelable
  • sur recrutement ou mobilité interne
Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage

Le Hub est également investi dans d’autres activités:

  • Développement logiciel: Les membres du Hub ont développé de nombreux outils pour faciliter l’analyse de données  tels que Shaman, JASS. Voir une liste plus complète dans la section logiciels.
  • Formation et enseignement: Les membres du Hub sont très impliqués dans des enseignements afin de partager leurs connaissances avec les doctorants, post-docs ou membres permanents de l’Institut Pasteur et des instituts du réseau international. Plus de détails disponibles dans la section cours

Services

Open Desk of the Hub of Bioinformatics and Biostatistics

Every week, on Tuesday mornings, from 10 to 12, Hub engineers are enlisted to provide a direct support to any members of Institut Pasteur seeking for help on bioinformatics or biostatistics related subjects. Location […]

Logiciel

Membres

Groupes

Anciens Membres

Cours

Analyse de données reproductible

La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […]

2021-06-21 09:00:00 2021-06-29 17:00:00 Europe/Paris Analyse de données reproductible La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]

2019-10-07 09:30:00 2019-11-11 17:30:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences

L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]

2019-09-23 09:00:00 2019-09-27 17:00:00 Europe/Paris Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

High Throughput Sequencing Data Analysis on Genomics, Metagenomics and Transcriptomics

The National Center for Aquaculture and Marine Research (CENAIM) of the Polytechnic School of the Litoral (Ecuador), the Computational Biology and Microbial Ecology Group (BCEM) of the Universidad de los Andes (Colombia) and the […]

2018-09-13 09:00:00 2018-09-21 17:00:00 Europe/Paris High Throughput Sequencing Data Analysis on Genomics, Metagenomics and Transcriptomics The National Center for Aquaculture and Marine Research (CENAIM) of the Polytechnic School of the Litoral (Ecuador), the Computational Biology and Microbial Ecology Group (BCEM) of the Universidad de los Andes (Colombia) and the […] Escuela superior politécnica del litoral, Guayaquil, Ecuador

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]

2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

From genes to function: a survival guide to web-based tools for microbiologists

Target Audience: PhD students, Post-doctoral fellows, Research Staff and PIs that work in any field related to microbiology that requires to understand or predict gene function. Summary: Methods to allow experimental scientists lacking computer […]

2019-06-17 08:30:00 2019-06-21 17:30:00 Europe/Paris From genes to function: a survival guide to web-based tools for microbiologists Target Audience: PhD students, Post-doctoral fellows, Research Staff and PIs that work in any field related to microbiology that requires to understand or predict gene function. Summary: Methods to allow experimental scientists lacking computer […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Analyse de séquences

OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]

2018-03-19 09:30:00 2018-09-23 17:00:00 Europe/Paris Analyse de séquences OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Scientific Programming in Python

The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […]

2017-03-06 09:30:00 2017-03-18 17:00:00 Europe/Paris Scientific Programming in Python The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Introduction to Python Programming

Python is often used to learn programming as it is very readable and easy to write. Python is a very popular language in bioinformatics where many programs and libraries are written in python. This […]

2018-06-04 09:30:00 2018-06-08 17:00:00 Europe/Paris Introduction to Python Programming Python is often used to learn programming as it is very readable and easy to write. Python is a very popular language in bioinformatics where many programs and libraries are written in python. This […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Morning session – Data analysis using R

This course is an introduction to data analysis. It is better to have a minimal knowledge of R. If not, an introductory tutorial is available on the course’s web page and the basics of […]

2016-03-08 09:00:00 2016-04-12 12:00:00 Europe/Paris Morning session – Data analysis using R This course is an introduction to data analysis. It is better to have a minimal knowledge of R. If not, an introductory tutorial is available on the course’s web page and the basics of […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

sincellTE

Single cell transcriptomics and Epigenomics: Theory and Practice This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epigenomic point of view. New technological developments enable the […]

2018-06-17 18:00:00 2018-06-22 14:00:00 Europe/Paris sincellTE Single cell transcriptomics and Epigenomics: Theory and Practice This workshop focuses on the large-scale study of heterogeneity across individual cells from a genomic, transcriptomic and epigenomic point of view. New technological developments enable the […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

Projets

Outils

Financements

Principales publications

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Detaché·e·s

Les membres du Hub peuvent être détachés dans une autre unité ou Plateforme de l’IP.

Pour les Unités de recherche, le membre du Hub détaché sera compté comme faisant partie du personnel accordé par la Direction de l’IP aux Unités dans le cadre de leu package. En règle générale, un seul ingénieur est accordé dans les G5 par exemple.

Pour les Plateforme, une demande spécifique doit être adressée au comité de pilotage et à la Direction de l’IP.

Dans certains cas, un ingénieur peut être détaché si le salaire est pris en charge par l’unité d’accueil, à l’aide d’un financement externe. L’engagement doit être d’au moins 3 ans. Une demande doit être adressée au comité de pilotage et à la Direction de l’IP.

Dans tous les cas, les ingénieur·e·s seront détaché·e·s à 80% dans l’entité hôte et conserveront 20% d’activités dans le Hub, principalement pour participer des actions collaborative et aux enseignements.

Comite de pilotage

Steering Committee

The Hub Steering committee is composed of representants of all scientific Department and Direction of Institut Pasteur.

This committee meets once a year for exchanging on Hub advances during the past year.

It is also the occasion for the Hub to have a direct feedback from department and to improve its support to the campus.

Executive steering committee

The executive steering committee is in charge of the validation of ressource allocation for long projects. It will focus mainly on the scientific content and perspective of the project. Also it will be garant for a fare share of ressources between research Units of Institut Pasteur.

The executive committee meets three time a year (spring, summer and autumn/winter).
Past meetings :
– December 4th, 2020
– April 8th, 2021

Next meeting:
-Late August 2021

The executive committee is composed of:
– Didier Mazel (president)
– Christophe d’Enfert
– Patrick Trieu-Cuot
– Marc Delarue
– Simmonetta Gribaldo
– Roberto Toro
– Claudine Médigue

 

Contact

Phone: +33 (0)1 44 38 93 72 Email: bioinfo-ask@pasteur.fr Address 25-28 Rue du Docteur Roux 75015, Paris France