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  • Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot.
    Exemple : +cellule +stem
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    Exemple : +cellule -stem
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Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
29
Jun 2015
Statut
En cours
Membres
2
Structures
1
Prix interne: free
Prix interne assisté: free

Présentation

Every Tuesday mornings from 10am to 12am, Hub engineers are enlisted to provide a direct support to any members of Institut Pasteur seeking help on bioinformatics or biostatistics related subjects. You can come directly to Yersin Building (24), Ground Floor, or if you work remotely you can also come virtually using Teams  .

Please note that open desks are suspended during Christmas & summer breaks.

If you need urgent help from the Hub at that time, please ask a short questions submitted through our web site or using the mail alias hub@pasteur.fr.

Hub engineers can provide support on :

  • Design of experiment (from the statistical point)
  • Analysis & integration of various types of data, including but not limited to :
    • OMICS data
    • epidemiological data
    • time series data
  • Statistics methods
  • Software development
  • Web tool development
  • Database development
  • Code review

Please use the following table to see available hub members for future sessions

Sessions Group Hub members
01-10-2024
11-02-2025
17-06-2025
Group 1 Thomas Bigot – Sequence alignments, databases, taxonomic classification, divergent sequences detection, phylogeny
Almira Chervova – Epigenomics, Transcriptomics, Statistics, Single cell
Damien Mornico – Genomics, Paleogenomics, (Transcriptomics)
Rachel Torchet – User eXperience Design, Web interface conception
Stevenn Volant – Statistics, Metagenomics, Rshiny
08-10-2024
18-02-2025
24-06-2025
Group 2 Amine Ghozlane – Metagenomic, Software Development
Julien Guglielmini – Phylogenetics, Genomics
Vincent Guillemot – Statistics,R
Amaury Vaysse – Genomics, R, GWAS
For 08-10-2024 session : Julien Guglielmini will be replaced by Thomas Bigot and Amaury Vaysse by Rachel Legendre
15-10-2024
25-02-2025
01-07-2025
Group 3 Frédéric Lemoine – Phylogenetics, Software development, Transcriptomics
Nicolas Maillet – Algorithmics, Software development, Metagenomics, Stringology
Arnaud Meng – Single Cell, Transcriptomics, Mass spectometry, pipeline Development
Thomas Obadia – Statistics, Epidemiology
22-10-2024
04-03-2025
08-07-2025
Group 4 Joseph Josephides – Single Cell, Genomics, Transcriptomics, Machine Learning
Rachel Legendre – Transcriptomics, Epigenomics
Simon Malesys – Web & Software development, Data integration & management
Anna Zhukova – Phylogenetics, Software development, Algorithms
For 22-10-2024 session : Rachel Legendre will be replaced by Amaury Vaysse

29-10-2024
11-03-2025
15-07-2025
Group 5 Samar Berreira Ibraim
Johann Dreo – Optimization/Hyper-parameters setting, Algorithmics, Ontology building, Mathematical modeling, Software development, Decision support systems
Hanna Julienne – Statistics, Development, Genomics
Emmanuelle Permal – Genomics, Development, Transcriptomics
For 29-10-2024 session : Emmanuelle Permal will be replaced by Julien Fumey
05-11-2024
18-03-2025
22-07-2025
Group 6 Agnès Baud – Metagenomic
Quentin Giai Gianetto – Statistics, R, Proteomics, Protein-protein interaction networks, Pathway enrichment analysis
Blaise Li – Software development, Automation, Reproducibility, Python, command-line
Marie Schmit – Software development, Data integration
For 05-11-2024 session : Blaise Li will be replaced by Najwa Taib

12-11-2024
25-03-2025
29-07-2025
Group 7 Bryan Brancotte – Kubernetes, Web development, Software development
Pascal Campagne – Statistics, Genomics, GWAS
Natalia Pietrosemoli – Systems bioinformatics, Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics
Najwa Taib – Phylogenetics
For 12-11-2024 session : Najwa Taib will be replaced by Blaise Li

19-11-2024
01-04-2025
Group 8 Claudia Chica – Transcriptomics, Epigenomics, Single cell
Fabien Mareuil – Web development, Galaxy, Structural bioinformatics
Adrien Pain – Genomics, Transcriptomics
Emeline Perthame – Statistics, Transcriptomics, Proteomics

26-11-2024
08-04-2025
Group 9 Stéphane Descorps-Declère – Structural annotation
Eva Eleftheriou – Epigenomics, Genomics, Transcriptomics
Elise Jacquemet – Statistics, Transcriptomics
Bertrand Néron – Algorithmics, Software development, Database management
For 26-11-2024 session : Elise Jacquemet will be replaced by Hugo Varet
03-12-2024
15-04-2025
Group 10 Thomas Cokelaer – Algorithmics, Genomics, Transcriptomics, Assembly, Reproductible pipeline
Bernd Jagla – Single cell, Cytometry data analysis, Transcriptomics
Gaël Millot – Statistics, Genomics, Image analysis
Nicolas Traut – Neuroimaging, Genomics
10-12-2024
22-04-2025
Group 11 Elodie Chapeaublanc – Web development, Database management
Kevin Da Silva
Anđela Davidović – Mathematical analysis and modelling, scientific computing, numerical simulations, parameter inference, basics in data analysis, statistics and AI
Yann loe-Mie – Genomics, Transcriptomics, Epigenomics, Single cell
17-12-2024
29-04-2025
Group 12 François Laurent – Software development, Modelisation, Statistics
Pierre Lechat – Software development, Variant calling
Olivier Mirabeau – Transcriptomics, Genomics, Statistics, Single cell
Maguelonne Roux – Genomics
Raphaël Tackx – Web development
24-12-2024
06-05-2025
Group 13 Yoann Dufresne – Algorithmic, Software optimization, Human pangenomic
Sébastien Mella – Single Cell, Statistics
Juliette Meyer – Statistics
Violaine Saint-André – Epigenomics, Multi-dimensional data analysis and integration, Transcriptional Regulatory Networks, Human cohorts
07-01-2025
13-05-2025
Group 14 Julien Fumey – Genomics, Phylogenetics, Web dev, Nextflow
Julia Kende – Phylogenetics, Software development & Algorithmics
Benoît Lelandais – Image analysis, Software development, Artificial Intelligence
Rania Ouazahrou – Transcriptomics, Genomics
For 07-01-2024 session : Julien Fumey will be replaced by
Emmanuelle Permal
03-09-2024
14-01-2025
20-05-2025
Group 15 Victoire Baillet – Genomics, Epigenomics, Gene regulation, Genetics
Jeliyah Clark – Epidemiology, systems biology, transcriptomics
Freddy Cliquet – Algorithmics, Statistics, System biology
Vincent Laville – Statistics, Development, Genomics
10-09-2024
21-01-2025
27-05-2025
Group 16 Juliette Bonche – User eXperience Design, Web interface conception
Amanda Dieuaide – Web development
Etienne Kornobis – Software development, Transcriptomics, Genomics
Nathalie Lehmann – Single Cell, Transcriptomics, Pipeline development, Genome annotation
Corinne Maufrais – Genomics, Data management
17-09-2024
28-01-2025
03-06-2025
Group 17 Artem Baidaliuk – Virus discovery in metagenomic/metatranscriptomic data
Stephan Fischer – Single Cell, Genomics
Mickael Orgeur – Genomics, Transcriptomics
Amandine Perrin – Software development, Comparative genomics
24-09-2024
04-02-2025
10-06-2025
Group 18 Jérôme Bourret
Daniele Capocefalo – Transcriptomics, Single cell, Multidimensional analysis, Biological Networks,Network theory, Python
Rémi Planel – Web development, Database management, Galaxy
Hugo Varet – Statistics, R, Metabolomics
For 24-09-2024 session : Hugo Varet will be replaced by Elise Jacquemet

Protocole d'accès

  • Every Tuesday morning
  • From 10 to 12
  • Yersin Building (24), Ground Floor
  • On Teams using this link
  • Short term assistance, first contact