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    Exemple : +cellule -stem
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Technique

Présentation

Le groupe WINTER est une équipe de développement logiciel axé principalement sur les technologies Web pour la publication et le partage d’outils, d’analyses, de données et de workflows scientifiques. Nous fournissons notre expertise aux scientifiques du campus, couvrant un large éventail de services pour concevoir, développer et publier des outils logiciels et des bases de données sur le Web. Nos projets couvrent une grande variété de domaines scientifiques (Bioinformatique Structurale, Transcriptomique, Génétique Statistique, etc.). De plus, nous sommes responsables du serveur Galaxy de l’Institut Pasteur, une plateforme d’intégration pour publier et utiliser des outils et des workflows de bioinformatique via une interface web. Enfin, notre groupe est très impliqués dans des collaborations, notamment avec l’Institut Français de Bioinformatique (par ex. via la participation à l’environnement distribué national de services en Bioinformatique) et l’infrastructure européenne ELIXIR (par ex. via la participation au programme EXCELERATE).

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
2018
2020
Olivia Doppelt-Azeroual
Research Engineer
2018
2020
Kenzo-Hugo Hillion
Research Engineer
2018
2020
Jérôme Raciazek
Technician
2018
2020
Valentin Marcon
Research Engineer
2018
2019
Laurent Bouri
Research Engineer (IFB-Core)
2021
2022
Hippolyte Kengni
Research Engineer (IFB-Core)
2021
2022
Lucie Lamothe
Research Engineer (IFB-Core)
2017
2022
Hervé Ménager
Research Engineer / Head

Projets

Projet
En cours
4 Membres

ELIXIR bio.tools – Tools Interoperability and Service Registry

Hervé Menager (PI)

The cornerstone of the ELIXIR Tools platform is the bio.tools ELIXIR Tools and Data Services Registry, a discovery portal for a wide range of key bioinformatics resources, which is developed through ELIXIR-EXCELERATE Work Package […]
Projet
Terminé
7 Membres

NGPhylogeny.fr

Frédéric LEMOINE (PI)

New Generation Phylogeny.fr: Refactoring Phylogeny.fr for innovative phylogenetic services Phylogeny.fr is one of the main server available today able to run phylogenetic analysis pipelines. In the context of scientific workflows, none of the workflow […]
Projet
En cours
8 Membres

Bioweb

Hervé Menager (PI)

Bioweb is a web portal to search and access the bioinformatics resources available at the Institut Pasteur. It provides an overview of the resources available in the central infrastructure, as well as features to identify […]
Projet
En cours
3 Membres

ARIA for hybrid structure determination on the cloud

Benjamin Bardiaux (PI)

Protein structure determination is crucial for understanding protein function, as it paves the way to the discovery of new drugs and of new approaches to control pathological biological processes. The recent advances in structural […]
Projet
En cours
5 Membres

ReGaTE

Hervé Menager (PI)

ReGaTE is a software component enabling the automated publication of Galaxy tools and workflows into the ELIXIR Tools and Data Services Registry. This registry is a web portal for the exploration of bioinformatics resources, […]

Logiciel

Logiciel
En cours
6 Membres

JASS – Joint Analysis of (GWAS) Summary Statistics

Hugues Aschard (PI)

JASS is a python package that handles the computation of the joint statistics over sets of selected GWAS results, and the interactive exploration of the results through a web interface. The generation of joint […]
Logiciel
En cours
2 Membres

ToolDog – Tool Description Generator

Hervé Menager (PI)

ToolDog is a program that generates tool description from a tool entry from https://bio.tools.

Outils

Outil
Terminé
3 Membres

Flemmingsome- A Midbody Remnant Proteome database

Neetu Gupta-Rossi (PI)

Cytokinesis leads to the physical separation of daughter cells and concludes cell division. Final abscission occurs close to the midbody (or Flemming body), a prominent structure that matures at the center of the intercellular […]
Outil
En cours
6 Membres

HARIBOSS

Max Bonomi (PI)

HARIBOSS is a database of RNA-small molecules structures retrieved from the PDB database. HARIBOSS is regularly updated with all the structures resolved by X-ray, NMR, and cryo-EM, in which ligands with drug-like properties interact […]
Outil
En cours
3 Membres

Python-cwlgen

Hervé Menager (PI)

Python-cwlgen is a python library for the generation of CWL programmatically. It supports the generation of CommandLineTool and DockerRequirement. The library works for both Python 2.7.12+ and 3.6.0.
Outil
En cours
7 Membres

Chem-REST

Olivier Sperandio (PI)

This project aims at efficiently storing millions of unique molecular compounds along with some of their already calculated properties. The database named Chem-REST is able to deal with extensive sets of data: millions of […]
Outil
Terminé
4 Membres

EDAM Browser

Bryan Brancotte (PI)

The EDAM Browser is a client-side web-based visualization javascript widget for the navigation of the EDAM ontology. EDAM is a structured and controlled vocabulary describing bioinformatics and computational biology concepts. It is used to […]
Outil
En cours
4 Membres

Salmonella CRISPR Typing

Francois-Xavier Weill (PI)

CRISPR polymorphism is a powerful tool to subtype Salmonella strains and is now used in routine for epidemiological investigations. This tool gets a CRISPR profile by identifying the presence of known spacers and direct […]
Outil
En cours
12 Membres

iPPI-DB Initiative

Olivier Sperandio (PI)

In order to boost the identification of low-molecular-weight drugs on protein-protein interactions (PPI), it is essential to properly collect and annotate experimental data about successful examples. This provides the scientific community with the necessary […]
Outil
En cours
6 Membres

Pasteur Galaxy Platform

Fabien Mareuil (PI)

Galaxy is an open source, web-based platform for data intensive biomedical research. It is developed by the Galaxy Team, which is based at the part of the Center for Comparative Genomics and Bioinformatics at […]

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