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Domaines Scientifiques
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Technique
Date de Début
05
Jun 2023
Date de Fin
09
Jun 2023
Heure
08:00:00
Station Biologique De Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France
Adresse
2023-06-05 08:00:00 2023-06-09 16:00:00 Europe/Paris 2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN – IFB – INSERM Niveau 2 Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, niveau 2 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation […] Station Biologique De Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France Rachel Legendre rachel.legendre@pasteur.fr

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, niveau 2

Objectifs

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et abordera la visualisation et l’intégration des données.

L’école vise à approfondir les concepts, à manipuler des outils informatiques avancés et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.

Attention : le tutorat n’a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

 

Public visé

Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui cherchent à consolider leurs connaissances en bioinformatique afin d’analyser des plans expérimentaux relativement complexes.

 

Environnement de travail

L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R.

Prérequis

Les candidats doivent avoir acquis les compétences enseignées durant l’école de niveau 1: un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) bulk RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.

 

Renseignements :

ecole-bioinfo@aviesan.fr

Compte twitter :

https://twitter.com/EBAI_Roscoff

Frais d’inscription :

1000€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique :

Erwan Corre (CNRS), Jacques van Helden (IFB), Matthias Zytnicki  (INRA), Rachel Legendre (Institut Pasteur).

Formateurs et tuteurs :

Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRA, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d’AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).

Plateformes :

IFB core (Evry), ABiMS (CNRS/Sorbonne Université, Roscoff), IGBMC (CNRS/Inserm/Université de Strasbourg), Migale (INRA Jouy en Josas).

Coordination administrative :

Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.

 

Numéro de déclaration de l’Inserm – organisme de formation : 11754553375

Localisation

Localisation: Station Biologique De Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France