J’exerce mon activité principale dans le Laboratoire de Découverte de Pathogènes dirigé par Marc Éloit (80% de mon temps de travail). Ma tâche principale est de développer des stratégies pour identifier, dans les échantillons métagénomiques reçus par l’équipe, de nouveaux pathogènes, ou de nouvelles combinaisons pathogènes / symptômes. Le reste de mon temps, je m’occupe de petits projets, et participe à la vie du Hub. Je mène actuellement des expérimentations sur la programmation fonctionnelle (pour l’instant en Python) et son applicabilité à des questions bio-informatiques.
Depuis que j’ai rejoint le Hub de Bioinformatique en 2016 (après un cursus largement dominé par la bio-informatique), je prends en charge tout types de projets ayant trait à l’analyse d’homologies de séquences : alignements, profils HMM, création de banques de séquences homologues, signatures de k-mers. Je suis aussi développeur (Python/C++) avec un intérêt certain pour l’optimisation des prototypes de laboratoires, ainsi que pour la mise à disposition d’outils facilement utilisables par des utilisateurs non spécialisés.