L’analyse de données moléculaires peut se faire à différentes échelles qui vont dépendre des données à disposition et de la question biologique posée. Le pôle d’expertise PAGE est composé d’ingénieur·e·s de recherche travaillant principalement à l’échelle du gène ou de la protéine. Leurs compétences vont de la collecte de données de séquences (recherche dans des bases de données, annotation de gènes dans des assemblages génomiques, assemblage de protéines) et leur classification en groupes d’homologues jusqu’à la description de leurs relations évolutives au travers par exemple d’arbres phylogénétiques.
De manière non exhaustive notre expertise inclut :
- La manipulation de bases de données de séquences
- La recherche de séquences par similarité
- L’assemblage de peptides
- Le clustering, la création de groupes d’homologues, le calcul de pangénomes
- L’alignement de séquences multiples, la phylogénie et les méthodes associées (phylogénomique pour l’étude des relations évolutives entre organismes, inférence d’états ou de caractères ancestraux, estimation des pressions de sélections, datation phylogénétique etc.)
- La modélisation de processus évolutifs
- La métagénomique
Notre activité implique également le développement et la distribution d’outils et de pipelines d’analyse sur ces thématiques.
Enfin les membres du pôle PAGE participent activement à la transmission de leurs compétences et méthodes au cours de différentes formations :
- Introduction à Unix
- Initiation à l’analyse de séquence
- Algorithmique des séquences
- Introduction à la phylogénie moléculaire
- Détection de pathogènes à partir de données NGS
