Amine Ghozlane

Présentation

Après une thèse d’informatique sur l’analyse de graphes de réseaux métaboliques et interactions des petits ARN avec les ARN messagers, j’ai effectué un premier post-doc dans l’équipe DSIMB (INTS) sur la modélisation structurale des laccases. J’ai ensuite rejoint l’INRA de Jouy-en-Josas à Metagenopolis où j’ai été initié à l’analyse de données de métagénomique quantitative de flore intestinale humaine. J’ai enfin été recruté au HUB en 2015 où je développe des méthodes d’analyses des données métagénomiques par l’utilisation d’approche de métagénomique quantitative, statistiques, de modélisation structurale et d’analyse de graphe.

Expérience professionnelle :

Depuis Septembre 2015	Ingénieur de recherche, Institut Pasteur
Septembre 2013 – Août 2015	Ingénieur de recherche à Metagenopolis, INRA Jouy-en-Josas. Responsables : Nicolas Pons, S. Dusko Ehrlich Développements de pipelines d’assemblage dédiés aux données métagénomiques, caractérisation du résistome intestinal et analyses statistiques dans le cadre de l’étude clinique DAV132-CL1002.
Septembre 2012 – Août 2013	ATER dans l’unité INSERM UMR 665, INTS Paris, Université Paris Diderot. Responsables : Alexandre G. de Brevern, Nathalie Caulet Sujet : Modélisation par homologie de structure de laccases
Mars – Avril 2010	Doctorant-conseil à l’Institut Dermatologique d’Aquitaine (IDEA) Contact : Frédéric Nunzi (Directeur du département In Vitro chez IDEA ) Sujet : Validation d’un logiciel mesurant la phototoxicité des ingrédients cosmétiques Ma mission a consisté à certifier le logiciel PHOTOTOX en développant une méthode de calcul de la phototoxicité basée sur le modèle mathématique publié par les concepteurs du logiciel. Cette méthode devait reproduire parfaitement l’analyse des données et les résultats obtenus par les auteurs. Expérience présentée aux Rencontres Industriel – Chercheurs.

Formation :

2012	Doctorat de Biologie Informatique – Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) – Université de Bordeaux 1 et Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB). Sujet : Développement de méthodes dédiées à l’analyse des réseaux métaboliques et des ARN non codants Responsables : Maylis Delest, Patricia Thébault, Isabelle Dutour
2009	Master de Biologie Informatique – Ingénierie logicielle en biologie à l’Université Paris Diderot.
2007	Licence de Biologie Informatique à l’Université Paris Diderot.
2006	DUT Génie Biologique option Analyses Biologiques et Biochimiques à l’Université Paris XII, IUT Créteil-Vitry.

Un petit guide pour l'utilisation de la recherche avancée :

• Hub de Bioinformatique et Biostatistique

Présentation

Cours

Cours Bioinformatique Assemblage / Métagénomique

Bioinformatics program for PhD students 2020-2021

Morning session – Introduction to NGS data analysis

Projets

Host microbiota modification by epidemic Listeria monocytogenes

Logiciel

SHAMAN: SHiny Application for Metagenomic ANalysis

Anciennes Équipes

[Ancien(ne) membre] Biomics

CV

Formation :

Publications