Après une thèse d’informatique sur l’analyse de graphes de réseaux métaboliques et interactions des petits ARN avec les ARN messagers, j’ai effectué un premier post-doc dans l’équipe DSIMB (INTS) sur la modélisation structurale des laccases. J’ai ensuite rejoint l’INRA de Jouy-en-Josas à Metagenopolis où j’ai été initié à l’analyse de données de métagénomique quantitative de flore intestinale humaine. J’ai enfin été recruté au HUB en 2015 où je développe des méthodes d’analyses des données métagénomiques par l’utilisation d’approche de métagénomique quantitative, statistiques, de modélisation structurale et d’analyse de graphe.
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Morning session – Introduction to NGS data analysis
The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]
2016-05-10 09:00:00
2016-06-28 12:00:00
Europe/Paris
Morning session – Introduction to NGS data analysis
The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Projets
Logiciel
Anciennes Équipes
CV
Expérience professionnelle :
| Depuis Septembre 2015 | Ingénieur de recherche, Institut Pasteur |
| Septembre 2013 – Août 2015 | Ingénieur de recherche à Metagenopolis, INRA Jouy-en-Josas. Responsables : Nicolas Pons, S. Dusko Ehrlich Développements de pipelines d’assemblage dédiés aux données métagénomiques, caractérisation du résistome intestinal et analyses statistiques dans le cadre de l’étude clinique DAV132-CL1002. |
| Septembre 2012 – Août 2013 | ATER dans l’unité INSERM UMR 665, INTS Paris, Université Paris Diderot. Responsables : Alexandre G. de Brevern, Nathalie Caulet Sujet : Modélisation par homologie de structure de laccases |
| Mars – Avril 2010 | Doctorant-conseil à l’Institut Dermatologique d’Aquitaine (IDEA) Contact : Frédéric Nunzi (Directeur du département In Vitro chez IDEA ) Sujet : Validation d’un logiciel mesurant la phototoxicité des ingrédients cosmétiques Ma mission a consisté à certifier le logiciel PHOTOTOX en développant une méthode de calcul de la phototoxicité basée sur le modèle mathématique publié par les concepteurs du logiciel. Cette méthode devait reproduire parfaitement l’analyse des données et les résultats obtenus par les auteurs. Expérience présentée aux Rencontres Industriel – Chercheurs. |
Formation :
| 2012 |
Doctorat de Biologie Informatique – Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) – Université de Bordeaux 1 et Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB). Sujet : Développement de méthodes dédiées à l’analyse des réseaux métaboliques et des ARN non codants Responsables : Maylis Delest, Patricia Thébault, Isabelle Dutour |
| 2009 | Master de Biologie Informatique – Ingénierie logicielle en biologie à l’Université Paris Diderot. |
| 2007 | Licence de Biologie Informatique à l’Université Paris Diderot. |
| 2006 | DUT Génie Biologique option Analyses Biologiques et Biochimiques à l’Université Paris XII, IUT Créteil-Vitry. |
Publications
Télécharger-
2018Prediction of the intestinal resistome by a three-dimensional structure-based method, Nat Microbiol 2019 Jan;4(1):112-123.
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2018Combined bacterial and fungal intestinal microbiota analyses: Impact of storage conditions and DNA extraction protocols, PLoS ONE 2018;13(8):e0201174.
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2018Diverse laboratory colonies of Aedes aegypti harbor the same adult midgut bacterial microbiome, Parasit Vectors 2018 Mar;11(1):207.
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2017Characteristics of Fecal Microbiota in Pediatric Crohn’s Disease and Their Dynamic Changes During Infliximab Therapy, J Crohns Colitis 2017 Nov;.
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2017Protection of the human gut microbiome from antibiotics, J. Infect. Dis. 2017 Nov;.
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2017Carryover effects of larval exposure to different environmental bacteria drive adult trait variation in a mosquito vector, Sci Adv 2017 Aug;3(8):e1700585.
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2016Bacteriocin from epidemic Listeria strains alters the host intestinal microbiota to favor infection, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2016 May;.
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2016Capturing the most wanted taxa through cross-sample correlations, ISME J 2016 Mar;.
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2015Protein flexibility in the light of structural alphabets, Front Mol Biosci 2015;2:20.
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2014Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis, Nature 2014 Sep;513(7516):59-64.
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