Après une thèse d’informatique sur l’analyse de graphes de réseaux métaboliques et interactions des petits ARN avec les ARN messagers, j’ai effectué un premier post-doc dans l’équipe DSIMB (INTS) sur la modélisation structurale des laccases. J’ai ensuite rejoint l’INRA de Jouy-en-Josas à Metagenopolis où j’ai été initié à l’analyse de données de métagénomique quantitative de flore intestinale humaine. J’ai enfin été recruté au HUB en 2015 où je développe des méthodes d’analyses des données métagénomiques par l’utilisation d’approche de métagénomique quantitative, statistiques, de modélisation structurale et d’analyse de graphe.
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Cours
Bioinformatics program for PhD students 2023 2024
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis, financed by INCEPTION program, begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Hub d’Analyse d’Images
INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs
Centre de Ressources et Recherche en Informatique
Emeline Perthame
Emmanuelle Permal
Marvin Albert
Jean-Yves Tinevez
Victoire Baillet
Thomas Bigot
Pascal Campagne
Elodie Chapeaublanc
Claudia Chica
Anđela Davidović
Stephan Fischer
Amine Ghozlane
Julien Guglielmini
Vincent Guillemot
Elise Jacquemet
Bernd Jagla
Hanna Julienne
Julia Kende
Vincent Laville
Frédéric LEMOINE
Gaëlle Letort
Blaise Li
Yann Loe-Mie
Hélène Lopez-Maestre
Nicolas Maillet
Sébastien MELLA
Juliette Meyer
Olivier Mirabeau
Damien Mornico
Thomas Obadia
Adrien Pain
Minh-Son Phan
Natalia Pietrosemoli
Stéphane Rigaud
Violaine Saint-André
Rachel Torchet
Hugo Varet
Amaury Vaysse
Laura Xénard
2023-10-23 09:30:00
2024-06-28 17:00:00
Europe/Paris
Bioinformatics program for PhD students 2023 2024
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis, financed by INCEPTION program, begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, […]
25-28 Rue du Docteur Roux, Paris, France
Cours Bioinformatique Assemblage / Métagénomique
2022-10-17 09:00:00
2022-10-21 17:00:00
Europe/Paris
Cours Bioinformatique Assemblage / Métagénomique
Université Paris-Diderot, rue Thomas-Mann, Paris, France
Bioinformatics program for PhD students 2020-2021
This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […]
Hub d’Analyse d’Images
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs
Biologie Computationnelle
Centre de Ressources et Recherches Technologiques
Vincent Guillemot
Christophe Malabat
Jean-Yves Tinevez
Marie-Agnès Dillies
Frédéric LEMOINE
Nicolas Maillet
Blaise Li
Stevenn Volant
Pascal Campagne
Hugo Varet
Hanna Julienne
Violaine Saint-André
Julien Guglielmini
Thomas Bigot
Quentin Giai Gianetto
Claudia Chica
Rachel Legendre
Adrien Pain
Natalia Pietrosemoli
Emeline Perthame
Stéphane Rigaud
Benoît Lelandais
Dmitry Ershov
Sébastien MELLA
Anđela Davidović
Thomas Obadia
Véronique Hourdel
Amine Ghozlane
Alexis Criscuolo
Amaury Vaysse
2020-10-15 09:30:00
2021-06-03 17:00:00
Europe/Paris
Bioinformatics program for PhD students 2020-2021
This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […]
25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
Morning session – Introduction to NGS data analysis
The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]
2016-05-10 09:00:00
2016-06-28 12:00:00
Europe/Paris
Morning session – Introduction to NGS data analysis
The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Projets
Logiciel
Anciennes Équipes
CV
Expérience professionnelle :
| Depuis Septembre 2015 | Ingénieur de recherche, Institut Pasteur |
| Septembre 2013 – Août 2015 | Ingénieur de recherche à Metagenopolis, INRA Jouy-en-Josas. Responsables : Nicolas Pons, S. Dusko Ehrlich Développements de pipelines d’assemblage dédiés aux données métagénomiques, caractérisation du résistome intestinal et analyses statistiques dans le cadre de l’étude clinique DAV132-CL1002. |
| Septembre 2012 – Août 2013 | ATER dans l’unité INSERM UMR 665, INTS Paris, Université Paris Diderot. Responsables : Alexandre G. de Brevern, Nathalie Caulet Sujet : Modélisation par homologie de structure de laccases |
| Mars – Avril 2010 | Doctorant-conseil à l’Institut Dermatologique d’Aquitaine (IDEA) Contact : Frédéric Nunzi (Directeur du département In Vitro chez IDEA ) Sujet : Validation d’un logiciel mesurant la phototoxicité des ingrédients cosmétiques Ma mission a consisté à certifier le logiciel PHOTOTOX en développant une méthode de calcul de la phototoxicité basée sur le modèle mathématique publié par les concepteurs du logiciel. Cette méthode devait reproduire parfaitement l’analyse des données et les résultats obtenus par les auteurs. Expérience présentée aux Rencontres Industriel – Chercheurs. |
Formation :
| 2012 |
Doctorat de Biologie Informatique – Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) – Université de Bordeaux 1 et Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB). Sujet : Développement de méthodes dédiées à l’analyse des réseaux métaboliques et des ARN non codants Responsables : Maylis Delest, Patricia Thébault, Isabelle Dutour |
| 2009 | Master de Biologie Informatique – Ingénierie logicielle en biologie à l’Université Paris Diderot. |
| 2007 | Licence de Biologie Informatique à l’Université Paris Diderot. |
| 2006 | DUT Génie Biologique option Analyses Biologiques et Biochimiques à l’Université Paris XII, IUT Créteil-Vitry. |
Publications
Télécharger-
2024Perturbation and resilience of the gut microbiome up to 3 months after β-lactams exposure in healthy volunteers suggest an important role of microbial β-lactamases., Microbiome 2024 Mar; 12(1): 50.
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2023Antagonism of ALAS1 by the Measles Virus V protein contributes to degradation of the mitochondrial network and promotes interferon response., PLoS Pathog 2023 Feb; 19(2): e1011170.
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2023Genes mcr improve the intestinal fitness of pathogenic E. coli and balance their lifestyle to commensalism., Microbiome 2023 Jan; 11(1): 12.
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2022A Clinical Study Provides the First Direct Evidence That Interindividual Variations in Fecal β-Lactamase Activity Affect the Gut Mycobiota Dynamics in Response to β-Lactam Antibiotics., mBio 2022 Nov; 13(6): e0288022.
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2021Distinct systemic and mucosal immune responses during acute SARS-CoV-2 infection., Nat Immunol 2021 Sep; 22(11):1428-1439.
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2021Mining zebrafish microbiota reveals key community-level resistance against fish pathogen infection., ISME J 2021 Mar; 15(3): 702-719.
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2020SHAMAN: a user-friendly website for metataxonomic analysis from raw reads to statistical analysis., BMC Bioinformatics 2020 Aug; 21(1): 345.
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2020Exome-wide association study reveals largely distinct gene sets underlying specific resistance to dengue virus types 1 and 3 in Aedes aegypti., PLoS Genet 2020 05; 16(5): e1008794.
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2020Impact of the gut microbiota on the m6A epitranscriptome of mouse cecum and liver., Nat Commun 2020 03; 11(1): 1344.
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2020Leucine-Rich Immune Factor APL1 Is Associated With Specific Modulation of Enteric Microbiome Taxa in the Asian Malaria Mosquito Anopheles stephensi., Front Microbiol 2020 ; 11(): 306.
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