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    Exemple : "division cellulaire"
  • Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot.
    Exemple : +cellule +stem
  • Tip 3. Utilisez + et - afin de forcer une inclusion ou exclusion d'un mot.
    Exemple : +cellule -stem
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Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
19
Jan 2012
Date de Fin
04
Jul 2018
Statut
Ongoing
Membres
4
Structures
4

Présentation

Listeriomics integrates all complete genomes, transcriptomes and proteomes published for Listeria species to date. It allows navigating among all these datasets with enriched metadata in a user-friendly format.

listeriomics.pasteur.fr

The main purpose of the website is to give scientists a quick and easy access to tools created for answering the four questions one has when starting a study on a specific genomic element:

  1. What are the known functions of a genomic feature in a given strain and homologies in closely related strains?
  2. What are the biological conditions in which a genomic feature is transcribed?
  3. What are the biological conditions in which a genomic feature is translated?
  4. What is the regulation network involved with a genomic feature of interest?

The website integrates different type of tools for “omics” data analyses:

  • A highly interactive genome viewer for display of gene expression arrays, tiling arrays, and RNA-Seq datasets along with proteomics and genomics datasets.
  • Expression and protein atlas, which are tools to connect every genomic feature (genes, smallRNAs, antisenseRNAs) or proteins to the most relevant “omics” data.
  • A tool to explore gene conservation throughout Listeria strains.
  • A co-expression network tool to discover new potential regulation.

Reference : Bécavin et al., mSystems 2017

Financements