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Personnel Administratif
Chargé(e) de Recherche Expert
Directeur(trice) de Recherche
Assistant(e) de Recherche Clinique
Chercheur(euse) Clinicien(ne)
Manager de département
Professeur(e)
Etudiant(e) M2
Professeur Honoraire
Aide technique
Chercheur(euse) Contractuel(le)
Chercheur(euse) Permanent(e)
Pharmacien(ne)
Etudiant(e) en thèse
Médecin
Post-doctorant(e)
Prize
Chef(fe) de Projet
Chargé(e) de Recherche
Ingénieur(e) de Recherche
Chercheur(euse) Retraité(e)
Technicien(ne)
Etudiant(e)
Vétérinaire
Visiteur(euse) Scientifique

Appointments

Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre
Directeur(trice) Adjoint(e) de Départment
Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
Directeur(trice) Adjoint(e) de Plateforme
Directeur(trice) de Centre
Directeur(trice) de Départment
Directeur(trice) d'Institut
Directeur(trice) de Centre National de Référence
Chef(fe) de Groupe
Responsable de Plateforme
Responsable opérationnel et administratif
Responsable de Structure
Président(e) d'honneur de Département
Coordinateur(trice) du Labex

Type of team

Laboratory
UMR
UTechS
Junior Group (G5)
Technological Pole
Platform
Collection
Group

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center
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Personnel Administratif
Chargé(e) de Recherche Expert
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Assistant(e) de Recherche Clinique
Chercheur(euse) Clinicien(ne)
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Membre: Ingénieur(e) de Recherche

Emeline Perthame

• Hub de Bioinformatique et Biostatistique • Groupe d’expertise : Stats • Morphogenèse du coeur

Laboratoire: Morphogenèse du coeur

Plateforme: Hub de Bioinformatique et Biostatistique

Groupe: Groupe d’expertise : Stats

PM

Domaines Scientifiques

Maladies

Organismes

Applications

Technique

Domaines Scientifiques

Application of mathematics in
Biostatistics
Data vizualization
Machine learning
Modeling
Statistical experiment design
Transcriptomics

Technique

Clustering
Data visualization tools
Differential expression analys
Dimensional reduction
Exploratory data analysis
Multidimensional data analysis
Single cell data analysis
Statistical inference
Transcriptome analysis

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New publication – The Sec61 translocon is a therapeutic vulnerability in multiple...

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Cours

Bioinformatics program for PhD students 2022-2023

This training program in statistics, bioinformatics and image analysis begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, reproducible research, experimental design […]

Hub de Bioinformatique et Biostatistique

Hub d’Analyse d’Images

INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs

Centre de Ressources et Recherche en Informatique

Emmanuelle Permal

Emeline Perthame

Jean-Yves Tinevez

Sébastien MELLA

Anđela Davidović

Pascal Campagne

Elise Jacquemet

Violaine Saint-André

Frédéric LEMOINE

Nicolas Maillet

Stéphane Dallongeville

Julien Guglielmini

Vincent Guillemot

Vincent Laville

Benoît Lelandais

Hélène Lopez-Maestre

Marion Louveaux

Olivier Mirabeau

Natalia Pietrosemoli

Stéphane Rigaud

2022-10-21 09:30:00 2023-06-30 18:00:00 Europe/Paris Bioinformatics program for PhD students 2022-2023 This training program in statistics, bioinformatics and image analysis begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, reproducible research, experimental design […]

Bioinformatics program for PhD students 2020-2021

This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […]

Hub d’Analyse d’Images

Hub de Bioinformatique et Biostatistique

INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs

Biologie Computationnelle

Centre de Ressources et Recherches Technologiques

Vincent Guillemot

Christophe Malabat

Jean-Yves Tinevez

Marie-Agnès Dillies

Frédéric LEMOINE

Nicolas Maillet

Pascal Campagne

Violaine Saint-André

Julien Guglielmini

Quentin Giai Gianetto

Rachel Legendre

Natalia Pietrosemoli

Emeline Perthame

Stéphane Rigaud

Benoît Lelandais

Sébastien MELLA

Anđela Davidović

Véronique Hourdel

Alexis Criscuolo

2020-10-15 09:30:00 2021-06-03 17:00:00 Europe/Paris Bioinformatics program for PhD students 2020-2021 This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Introduction to Data Analysis

This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […]

Hub de Bioinformatique et Biostatistique

Marie-Agnès Dillies

Vincent Guillemot

Emeline Perthame

Quentin Giai Gianetto

Christophe Becavin

Violaine Saint-André

2018-10-22 09:00:00 2018-11-20 00:00:00 Europe/Paris Introduction to Data Analysis This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction to Data Analysis

This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […]

Hub de Bioinformatique et Biostatistique

INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs

Marie-Agnès Dillies

Stéphane Descorps Declere

Vincent Guillemot

Emeline Perthame

Quentin Giai Gianetto

Christophe Becavin

2018-01-08 09:00:00 2018-02-02 00:00:00 Europe/Paris Introduction to Data Analysis This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Logiciel

SHADE : SHiny Application for Designing Experiments

Pascal Campagne (PI)

SHADE is a Shiny application for providing support to research teams in refining their experiments designs. In particular, SHADE was designed to help biologist with nested designs, raising awareness on common statistical biases. It […]

CV

(EN)

2015

PhD in Statistics
Applied Mathematics Department of Agrocampus-Ouest and Université Rennes 1, Rennes
Stability of variable selection in regression and classification issues for correlated data in high dimension. Supervisor: David Causeur (Agrocampus-Ouest, IRMAR).
2012

ISUP degree (Institut de Statistique de l’UPMC)
Université Pierre et Marie Curie, Paris
Theory of statistical testing, statistical modeling, analysis of multivariate data, design of experiments, (generalized) linear model
2012

Master 2 of Statistics
Université Pierre et Marie Curie, Paris
Mathematical statistics, non parametric statistics, stochastic processes

Positions

2017

Research engineer
Hub of Bioinformatics and Biostatistics, Département de Biologie Computationnelle, Institut Pasteur
Member of STATS expert group.
2016

Post doctoral position in Statistics
team MISTIS, INRIA Grenoble
Robust clustering and robust non linear regression in high dimension. Collaboration with Florence Forbes (INRIA).
2015

PhD thesis in Statistics
Applied Mathematics Department of Agrocampus-Ouest and Université Rennes 1, Rennes
Stability of variable selection in regression and classification issues for correlated data in high dimension. Supervisor: David Causeur (Agrocampus-Ouest, IRMAR).

Publications

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2023

Reynard S, Carnec X, Picard C, Borges-Cardoso V, Journeaux A, Mateo M, Germain C, Hortion J, Albrecht L, Perthame E, Pietrosemoli N, Vallvé A, Barron S, Duthey A, Lacroix O, Jourjon O, Moroso M, Fellmann L, Moreau PH, Daniau M, Legras-Lachuer C, Dirheimer M, Carbonnelle C, Raoul H, Baize S, , A MOPEVAC multivalent vaccine induces sterile protection against New World arenaviruses in non-human primates., Nat Microbiol 2023 Jan; 8(1): 64-76.
2022

Mateo M, Hortion J, Perthame E, Picard C, Reynard S, Journeaux A, Germain C, Carnec X, Baillet N, Borges-Cardoso V, Pietrosemoli N, Vallve A, Barron S, Jourjon O, Lacroix O, Duthey A, Dirheimer M, Daniau M, Legras-Lachuer C, Jouvion G, Carbonnelle C, Raoul H, Baize S, , Pathogenesis of recent Lassa virus isolates from lineages II and VII in cynomolgus monkeys., Virulence 2022 12; 13(1): 654-669.
2022

Tsoumtsa Meda LL, Landraud L, Petracchini S, Descorps-Declere S, Perthame E, Nahori MA, Ramirez Finn L, Ingersoll MA, Patiño-Navarrete R, Glaser P, Bonnet R, Dussurget O, Denamur E, Mettouchi A, Lemichez E, , The cnf1 gene is associated with an expanding Escherichia coli ST131 H30Rx/C2 subclade and confers a competitive advantage for gut colonization., Gut Microbes ; 14(1): 2121577.
2022

Merabet O, Pietrosemoli N, Perthame E, Armengaud J, Gaillard JC, Borges-Cardoso V, Daniau M, Legras-Lachuer C, Carnec X, Baize S, , Infection of Human Endothelial Cells with Lassa Virus Induces Early but Transient Activation and Low Type I IFN Response Compared to the Closely-Related Nonpathogenic Mopeia Virus., Viruses 2022 Mar; 14(3): .
2022

Domenger A, Choisy C, Baron L, Mayau V, Perthame E, Deriano L, Arnulf B, Bories JC, Dadaglio G, Demangel C, , The Sec61 translocon is a therapeutic vulnerability in multiple myeloma., EMBO Mol Med 2022 03; 14(3): e14740.
2022

Claireaux M, Robinot R, Kervevan J, Patgaonkar M, Staropoli I, Brelot A, Nouël A, Gellenoncourt S, Tang X, Héry M, Volant S, Perthame E, Avettand-Fenoël V, Buchrieser J, Cokelaer T, Bouchier C, Ma L, Boufassa F, Hendou S, Libri V, Hasan M, Zucman D, de Truchis P, Schwartz O, Lambotte O, Chakrabarti LA, , Low CCR5 expression protects HIV-specific CD4+ T cells of elite controllers from viral entry., Nat Commun 2022 Jan; 13(1): 521.
2021

Tatfi M, Perthame E, Hillion KH, Dillies MA, Menager H, Hermine O, Suarez F, , Gene expression analysis in EBV-infected ataxia-telangiectasia cell lines by RNA-sequencing reveals protein synthesis defect and immune abnormalities., Orphanet J Rare Dis 2021 06; 16(1): 288.
2021

Pinto G, Saenz-de-Santa-Maria I, Chastagner P, Perthame E, Delmas C, Toulas C, Moyal-Jonathan-Cohen E, Brou C, Zurzolo C, , Patient-derived glioblastoma stem cells transfer mitochondria through tunneling nanotubes in tumor organoids., Biochem J 2021 01; 478(1): 21-39.
2021

Baillet N, Reynard S, Perthame E, Hortion J, Journeaux A, Mateo M, Carnec X, Schaeffer J, Picard C, Barrot L, Barron S, Vallve A, Duthey A, Jacquot F, Boehringer C, Jouvion G, Pietrosemoli N, Legendre R, Dillies MA, Allan R, Legras-Lachuer C, Carbonnelle C, Raoul H, Baize S, , Systemic viral spreading and defective host responses are associated with fatal Lassa fever in macaques., Commun Biol 2021 Jan; 4(1): 27.
2020

Emilie Devijver, Emeline Perthame, Prediction regions through Inverse Regression, Journal of Machine Learning Research 21(113) (2020) 1-24.
+

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Publié le: 03 févr. 2017 • Modifié le: 13 janv. 2022

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