En tant qu’ingénieure de recherche au sein du Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l’Institut Pasteur, je développe des algorithmes et des programmes pour l’analyse de données phylogénomiques et l’évolution des séquences au sein du groupe d’expertise PAGE.
J’ai rejoint le HUB en 2022, et j’ai commencé par travailler avec le Laboratoire de Découverte de Pathogènes sur la prédiction de l’évolution des protéines virales. Ce projet a consisté en la modélisation de l’évolution de protéines de familles virales, puis en la génération de séquences nucléotidiques virales distantes, factices mais plausibles, et ceci afin de tester les pipelines de détection de séquences virales ou de prévoir des évolutions de certains virus. Le réalisme des protéines en résultant a été testé in silico. Actuellement, je collabore avec l’Équipe de Biologie Évolutive de la Cellule Microbienne dirigée par Simonetta Gribaldo. Mon travail porte sur la reconstruction et la représentation graphique des événements d’adaptation environnementale (passage d’environnements extérieurs à des cavités digestives) à travers l’arbre entier de la vie des micro-organismes.
Quel que soit le sujet, je suis toujours intéressée par l’optimisation, la logique et les algorithmes sous-jacents. De plus, je continue activement de développer mes compétences en me familiarisant avec le développement d’applications web et en explorant les réseaux de neurones. Je co-encadre actuellement un stage de M2 sur le sujet de l’utilisation de deep-learning appliqué à la détection de séquences virales.
