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Présentation

Après une licence en biochimie et biologie moléculaire, j’ai intégré le master de bioinformatique à l’université de Rouen en 2010, qui s’effectue en alternance. Durant 2 ans, j’ai été apprentie à l’INRA de Jouy en Josas, dans l’équipe de Biologie Intégrative et Génétique Équine. Dans un premier temps, j’ai conçu un pipeline de détection et d’analyse d’expression de micro-ARN impliqués dans une maladie juvénile équine. Par la suite, j’ai été impliquée dans un projet de détection et d’annotation fonctionnelle de SNP dans 10 génomes de chevaux, puis de leur intégration dans une base de données Biomart.

En 2012, j’ai rejoint l’équipe Génomique, Structure et Traduction à l’université Paris-Sud d’Orsay. Mon travail portait sur l’analyse de données issues de Ribosome Profiling, une nouvelle technique permettant d’identifier au nucléotide près la position du ribosome le long de l’ARN messager. Outre l’aspect quantitatif similaire au RNA-seq, j’ai développé des outils permettant l’analyse qualitative de ces données, comme la détection de décalage du cadre de lecture durant la traduction ou bien d’événements de translecture (i.e. traduction au-delà du codon stop).

Depuis novembre 2015, je travaille au Hub de bioinformatique et biostatistique de l’Institut Pasteur, où je suis mise à disposition à la plateforme de transcriptomique du pôle Biomics (CITECH). Je suis en charge de l’analyse des données (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Ribo-seq…) issus des séquenceurs mais également de l’amélioration des pipelines existants et du développement de méthodes pour l’analyse de nouvelles données.

Actualités

Cours

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5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB

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Projets

CV

  • Experiences

     

    2015
    Research engineer
    Institut Pasteur (Hub)

     

    2012
    Bioinformaticics engineer
    – Development of analysis tools for Ribosome Profiling data Genomics, Structure and Translation team – I2BC, Université Paris-Saclay

     

    2010
    Apprenticeship in bioinformatics
    – Detection and quantification of micro-RNA involved in a juvenile equine disease (SOLiD sequencing) – Variant detection from 10 horses (Illumina sequencing) Equine Genetic and Integrative Biology team – Genetic Animal department, INRA Jouy-en-Josas

     

    Education

    •  

      2012
      – M.Sc in Bioinformatics –
      Université de Rouen

       

    •  

      2009
      – B.Sc Biochemistry and Molecular Biology –
      Université de Rouen

       

Publications