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Cours
Bioinformatics program for PhD students 2022-2023
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, reproducible research, experimental design […]
2022-10-21 09:30:00
2023-06-30 18:00:00
Europe/Paris
Bioinformatics program for PhD students 2022-2023
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, reproducible research, experimental design […]
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation
Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques. Les sessions théoriques seront consacrées aux bases du domaine (représentation et combinatoire des arbres, modèles d’évolution) et […]
2021-12-13 09:00:00
2021-12-17 19:00:00
Europe/Paris
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation
Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques. Les sessions théoriques seront consacrées aux bases du domaine (représentation et combinatoire des arbres, modèles d’évolution) et […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Analyse de données reproductible
La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […]
2021-06-21 09:00:00
2021-06-29 17:00:00
Europe/Paris
Analyse de données reproductible
La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Bioinformatics program for PhD students 2020-2021
This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […]
2020-10-15 09:30:00
2021-06-03 17:00:00
Europe/Paris
Bioinformatics program for PhD students 2020-2021
This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […]
25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
Introduction to Molecular Phylogenetics – ENS Paris
Introduction to Molecular Phylogenetics course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
2020-12-14 09:00:00
2020-12-18 18:00:00
Europe/Paris
Introduction to Molecular Phylogenetics – ENS Paris
Introduction to Molecular Phylogenetics course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
Ens Ulm, Rue d'Ulm, Paris, France
Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019
Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics. Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]
2019-10-14 09:00:00
2019-10-18 16:00:00
Europe/Paris
Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019
Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics. Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]
Institute of Tropical Medicine “Pedro Kourí” (IPK), Havana, Cuba
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation
Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]
2019-10-07 09:30:00
2019-11-11 17:30:00
Europe/Paris
Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation
Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences
L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]
2019-09-23 09:00:00
2019-09-27 17:00:00
Europe/Paris
Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences
L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]
Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France
Introduction à la phylogénie moléculaire
Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]
2019-02-18 09:00:00
2019-02-22 17:00:00
Europe/Paris
Introduction à la phylogénie moléculaire
Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Analyse de séquences
OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]
2018-03-19 09:30:00
2018-09-23 17:00:00
Europe/Paris
Analyse de séquences
OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]
Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France
Morning session – Introduction to NGS data analysis
The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]
2016-05-10 09:00:00
2016-06-28 12:00:00
Europe/Paris
Morning session – Introduction to NGS data analysis
The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018
General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
2018-10-22 08:00:00
2018-10-27 19:00:00
Europe/Paris
C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018
General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]
HKU-Pasteur Research Pole HKJC Building for Interdisciplinary Research 5 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong
INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS
Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]
2017-12-18 09:30:00
2017-12-22 17:30:00
Europe/Paris
INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS
Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]
25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
Projets
Logiciel
CV
(EN)
- 2015- : Institut Pasteur: Bioinformatics Scientist
- Development of new methodologies, algorithms and tools in the field of evolution and molecular phylogeny (Bootstrap, Phylogenetic workflows, Phylogenetic toolkits)
- Analysis of pathogen sequencing data (HIV, SIV, Influenza, etc.)
- 2010-2015 : GenoSplice Technology: Bioinformatics project manager
Responsible for next generation sequencing projects
- 2009-2010 : University of Lausanne: Post-doc
Integration and analysis of Next Generation Sequencing data (small RNAs).
- 2005-2008 : University Paris-Sud : PhD
Integration, querying and analysis of comparative genomics data.
Publications
Télécharger-
2023In-Depth Characterization of Full-Length Archived Viral Genomes after Nine Years of Posttreatment HIV Control., Microbiol Spectr 2023 Jan; (): e0326722.
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2022Deciphering RNA G-quadruplex function during the early steps of HIV-1 infection., Nucleic Acids Res 2022 Nov; 50(21): 12328-12343.
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2022Deep learning from phylogenies to uncover the epidemiological dynamics of outbreaks., Nat Commun 2022 Jul; 13(1): 3896.
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2022Considerable escape of SARS-CoV-2 Omicron to antibody neutralization., Nature 2022 02; 602(7898): 671-675.
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2021Gotree/Goalign: toolkit and Go API to facilitate the development of phylogenetic workflows., NAR Genom Bioinform 2021 Sep; 3(3): lqab075.
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2021Maternal and neonatal outcomes related to Zika virus in pregnant women in Southern Vietnam: An epidemiological and virological prospective analysis., Lancet Reg Health West Pac 2021 Jun; 11(): 100163.
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2020Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2, Comptes Rendus Biologies 2020; 20 p.
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2020COVID-Align: Accurate online alignment of hCoV-19 genomes using a profile HMM., Bioinformatics 2020 Oct; (): .
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2020Genomic Epidemiology of 2015-2016 Zika Virus Outbreak in Cape Verde., Emerg Infect Dis 2020 06; 26(6): 1084-1090.
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2019SpliceLauncher: a tool for detection, annotation and relative quantification of alternative junctions from RNAseq data, Bioinformatics 2019 Oct;.
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