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Since September 2016, I am a research engineer in the Bioinformatics and Biostatistics HUB of the Institut Pasteur and detached in the Proteomics facility.

I have a PhD in Signal Processing from the Ecole Nationale Supérieure des Télécommunications de Bretagne (Telecom Bretagne (now IMT Atlantique)) and a Master in Mathematics with a specialty in Statistical Engineering from Rennes 1 University.

Today, most of the projects I work on consist of detecting changes in protein abundances using discovery-driven mass spectrometry. I am interested in the development of new methodologies to optimize proteomics data analysis pipelines, from the identification of peptides/proteins to their quantification and the interpretation of results. For this purpose, I worked on several R packages which can be downloaded from the CRAN and Bioconductor:

 

R Tutorials:

Quality control reports of MS-based omics data

Using Statistical Power for Sample Size estimation in MS-based omics data

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Jean-Yves Tinevez
Marie-Agnès Dillies
Frédéric LEMOINE
Nicolas Maillet
Blaise Li
Stevenn Volant
Pascal Campagne
Hugo Varet
Hanna Julienne
Violaine Saint-André
Julien Guglielmini
Thomas Bigot
Quentin Giai Gianetto
Claudia Chica
Rachel Legendre
Adrien Pain
Natalia Pietrosemoli
Emeline Perthame
Stéphane Rigaud
Benoît Lelandais
Dmitry Ershov
Sébastien MELLA
Anđela Davidović
Thomas Obadia
Véronique Hourdel
Amine Ghozlane
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2020-10-15 09:30:00 2021-06-03 17:00:00 Europe/Paris Bioinformatics program for PhD students 2020-2021 This mandatory training program, required for all Institut Pasteur PhD students, begins with a group of common core courses including a knowledge base in reproducible research, R Programming and Statistics. Each student then can […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
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This five weeks graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in biostatistics. It will cover all the steps of an analysis workflow : design, collection, curation, hypothesis testing and data […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Stéphane Descorps Declere
Marie-Agnès Dillies
Gaël Millot
Anne Biton
Stevenn Volant
Quentin Giai Gianetto
Vincent Guillemot
Nicolas Maillet
Blaise Li
Anna Zhukova
Hugo Varet
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Eric Deveaud
Bertrand Neron
2017-01-16 09:00:00 2017-02-17 13:00:00 Europe/Paris Introduction to data analysis This five weeks graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in biostatistics. It will cover all the steps of an analysis workflow : design, collection, curation, hypothesis testing and data […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France
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Introduction to Data Analysis

This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Marie-Agnès Dillies
Vincent Guillemot
Emeline Perthame
Hugo Varet
Stevenn Volant
Thomas Obadia
Quentin Giai Gianetto
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Christophe Becavin
Gaël Millot
Violaine Saint-André
2018-10-22 09:00:00 2018-11-20 00:00:00 Europe/Paris Introduction to Data Analysis This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France
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2018-01-08 09:00:00 2018-02-02 00:00:00 Europe/Paris Introduction to Data Analysis This four-week graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in statistics and descriptive data analysis. This course is (primarily) dedicated to first year PhD students of the Institut Pasteur (each […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France
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Analyses Protéomiques Quantitatives : Choix de méthodes et analyses des données

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2018-05-28 14:00:00 2018-06-01 14:00:00 Europe/Paris Analyses Protéomiques Quantitatives : Choix de méthodes et analyses des données Public concerné : Ouvert à tous : biologistes utilisateurs des approches protéomiques par l’accès à des plate-formes de protéomique, chercheurs et ingénieurs de plate-formes protéomiques ; étudiants, Post-doc, tout personnel de laboratoires de recherche […] Centre de vacances du Lazaret, Sète, France

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Désolé, cet article est seulement disponible en anglais américain.
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Role of tubulin glutamylation in flagellum construction (TUBGLUFLA)

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Cilia and flagella are essential eukaryotic organelles composed of an evolutionary conserved structure of 9 doublet microtubules that are similar but not equivalent. We propose that a tubulin post-translational modification called glutamylation could act […]

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