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Cours

09:00
21
Jun 2021
Cours

Analyse de données reproductible

La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Frédéric LEMOINE
Thomas Cokelaer
Etienne Kornobis
Bertrand Neron
2021-06-21 09:00:00 2021-06-29 17:00:00 Europe/Paris Analyse de données reproductible La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France
09:30
06
Mar 2017
Cours

Scientific Programming in Python

The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Biomics
Bertrand Neron
Thomas Cokelaer
François Laurent
Anna Zhukova
Jean-Baptiste Masson
2017-03-06 09:30:00 2017-03-18 17:00:00 Europe/Paris Scientific Programming in Python The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
09:30
04
Jun 2018
Cours

Introduction to Python Programming

Python is often used to learn programming as it is very readable and easy to write. Python is a very popular language in bioinformatics where many programs and libraries are written in python. This […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Bertrand Neron
Anna Zhukova
Benoît Lelandais
Nicolas Maillet
2018-06-04 09:30:00 2018-06-08 17:00:00 Europe/Paris Introduction to Python Programming Python is often used to learn programming as it is very readable and easy to write. Python is a very popular language in bioinformatics where many programs and libraries are written in python. This […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
09:00
16
Jan 2017
Cours

Introduction to data analysis

This five weeks graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in biostatistics. It will cover all the steps of an analysis workflow : design, collection, curation, hypothesis testing and data […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Stéphane Descorps Declere
Marie-Agnès Dillies
Gaël Millot
Anne Biton
Stevenn Volant
Quentin Giai Gianetto
Vincent Guillemot
Nicolas Maillet
Blaise Li
Anna Zhukova
Hugo Varet
Amandine Perrin
Eric Deveaud
Bertrand Neron
2017-01-16 09:00:00 2017-02-17 13:00:00 Europe/Paris Introduction to data analysis This five weeks graduate level course will give participants basic skills and hands-on training in biostatistics. It will cover all the steps of an analysis workflow : design, collection, curation, hypothesis testing and data […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Projets

Projet
En cours
27 Membres

Deep Learning group

Anđela Davidović (PI)

Désolé, cet article est seulement disponible en EN.
Projet
En cours
15 Membres

Bioconvert

Thomas Cokelaer (PI)

Bioconvert is a collaborative project to facilitate the interconversion of life science data from one format to another. Life science uses many different formats. They may be old, or with complex syntax and converting […]
Projet
En cours
8 Membres

Bioweb

Hervé Menager (PI)

Bioweb is a web portal to search and access the bioinformatics resources available at the Institut Pasteur. It provides an overview of the resources available in the central infrastructure, as well as features to identify […]
Projet
Terminé
2 Membres

Mobyle

Bertrand Neron (PI)

For the biologist, running bioinformatics analyses involves a time-consuming management of data and tools. Users need support to organize their work, retrieve parameters and reproduce their analyses. They also need to be able to […]

Logiciel

Logiciel
En cours
4 Membres

SatelliteFinder

Eduardo Rocha (PI)

Bacteriophage–bacteria interactions are affected by phage satellites, elements that exploit phages for transfer between bacteria. Satellites can encode defense systems, antibiotic resistance genes, and virulence factors, but their number and diversity are unknown. We […]
Logiciel
En cours
2 Membres

Counter RNAseq Window (CRAW)

Bertrand Neron (PI)

CRAW is a package which aim to compute and visualize the coverage of RNA seq experiments. The main feature of this tools is the coverage is computed on the both strands, and is centred […]
Logiciel
En cours
5 Membres

IntegronFinder

Eduardo Rocha (PI)

IntegronFinder is a program that detects integrons in DNA sequences. The program is available on a webserver (Galaxy), or by command line (IntegronFinder on github). It is now in its second version. Integrons are […]
Logiciel
En cours
5 Membres

CONJscan-T4SSscan

Eduardo Rocha (PI)

Scans a set of protein sequences for type IV secretion systems and relaxases using HMM profiles. See Guglielmini et al. (2011) for our criteria to class loci on the basis of this output. Except […]
Logiciel
En cours
4 Membres

MacSyFinder & MacSyView

Eduardo Rocha (PI)

Macromolecular System Finder (MacSyFinder) provides a flexible framework to model the properties of molecular systems (cellular machinery or pathway) including their components, evolutionary associations with other systems and genetic architecture. Modelled features also include […]

Outils

Outil
En cours
3 Membres

TXSSdb, a database of protein secretion systems

Eduardo Rocha (PI)

The database TXSSdb includes all results from our works on the detection of protein secretion systems in 1,528 complete genomes of bacteria with diderm-LPS cellular enveloppes. It is by far the most complete database […]
Outil
En cours
5 Membres

TXSScan – models and profiles for protein secretion systems

Eduardo Rocha (PI)

Protein secretion systems are key virulence factors of all major bacterial pathogens with an LPS-containing outer membrane: Shigella, Escherichia coli, Yersinia pestis, Salmonella, Pseudomonas aeruginosa, Helicobacter pylori, Vibrio cholerae, etc. Protein secretion systems are […]
Outil
En cours
2 Membres

Secreton – Non-Flagellar Type III Secretion Systems in sequenced genomes

Eduardo Rocha (PI)

Warning: This data is old and the site will be discontinued soon. We are working on an alternative. Non-Flagellar Type III Secretion Systems (NF-T3SS, or injectisomes) are bacterial machineries partially homologous to the bacterial […]
Outil
Terminé
3 Membres

ConjDB – a database of conjugative & mobilization systems and T4SS

Eduardo Rocha (PI)

Warning: This data is old and the site will be discontinued soon. We are working on an alternative. This website allows to query a dataset of 947 conjugative systems, 646 non-conjugative T4SS and 1,180 […]

CV

Activities

Skills

  • Strong programing experience in Python.
  • Software architecture and design.
  • NoSQL DataBase (MongoDB, CouchDB)
  • XML
  • continuous integration (github/travis-CI/readthedocs)
  • linux (Gentoo, Xubuntu)
  • IFB developer

Main projects on the campus

Teaching

Publications

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