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Cours
Bioinformatics program for PhD students 2023 2024
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis, financed by INCEPTION program, begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Hub d’Analyse d’Images
INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs
Centre de Ressources et Recherche en Informatique
Emeline Perthame
Emmanuelle Permal
Marvin Albert
Jean-Yves Tinevez
Victoire Baillet
Thomas Bigot
Pascal Campagne
Elodie Chapeaublanc
Claudia Chica
Anđela Davidović
Stephan Fischer
Amine Ghozlane
Julien Guglielmini
Vincent Guillemot
Elise Jacquemet
Bernd Jagla
Hanna Julienne
Julia Kende
Vincent Laville
Frédéric LEMOINE
Gaëlle Letort
Blaise Li
Yann Loe-Mie
Hélène Lopez-Maestre
Nicolas Maillet
Sébastien MELLA
Juliette Meyer
Olivier Mirabeau
Damien Mornico
Thomas Obadia
Adrien Pain
Minh-Son Phan
Natalia Pietrosemoli
Stéphane Rigaud
Violaine Saint-André
Rachel Torchet
Hugo Varet
Amaury Vaysse
Laura Xénard
2023-10-23 09:30:00
2024-06-28 17:00:00
Europe/Paris
Bioinformatics program for PhD students 2023 2024
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis, financed by INCEPTION program, begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, […]
25-28 Rue du Docteur Roux, Paris, France
Bioinformatics program for PhD students 2022-2023
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, reproducible research, experimental design […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Hub d’Analyse d’Images
Groupe d’expertise : SysBio – Bio-informatique des Systèmes
INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs
Centre de Ressources et Recherche en Informatique
Emmanuelle Permal
Emeline Perthame
Jean-Yves Tinevez
Blaise Li
Sébastien MELLA
Anđela Davidović
Pascal Campagne
Thomas Obadia
Elise Jacquemet
Violaine Saint-André
Hanna Julienne
Thomas Bigot
Frédéric LEMOINE
Nicolas Maillet
Claudia Chica
Julien Guglielmini
Vincent Guillemot
Bernd Jagla
Vincent Laville
Benoît Lelandais
Gaëlle Letort
Yann Loe-Mie
Hélène Lopez-Maestre
Marion Louveaux
Olivier Mirabeau
Damien Mornico
Adrien Pain
Natalia Pietrosemoli
Stéphane Rigaud
Hugo Varet
Amaury Vaysse
Minh-Son Phan
Marvin Albert
2022-10-21 09:30:00
2023-06-30 18:00:00
Europe/Paris
Bioinformatics program for PhD students 2022-2023
This training program in statistics, bioinformatics and image analysis begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, reproducible research, experimental design […]
25-28 Rue du Docteur Roux, Paris, France
Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences
L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]
2019-09-23 09:00:00
2019-09-27 17:00:00
Europe/Paris
Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences
L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]
Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France
Analyse de séquences
OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]
2018-03-19 09:30:00
2018-09-23 17:00:00
Europe/Paris
Analyse de séquences
OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]
Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France
5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Objectifs Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation […]
2016-11-20 17:00:00
2016-11-25 17:00:00
Europe/Paris
5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB
Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Objectifs Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation […]
Station biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France
Anciennes Équipes
CV
Professional Experience
Since October 2014 – Institut Pasteur – HUB Team
2011 – 2014 – CEA – GenoScope – LABGeM (Evry)
Databases and interfaces development for metabolic network curation in the european MICROME project.
2009 – 2010 – IRD – Laboratoire d’étude des symbioses tropicales et méditerranéennes (Montpellier)
Comparative genomics of 9 Aeschyomene symiont strains from the Bradyrhizobium genus : Comparison of the genomic sequences, Core and Pan genome identification, Study of the potential genomic island distribution, Metabolic network comparison.
2008 – 2009 – CEA – GenoScope – LABGeM (Evry)
Setup of a pipeline for Metabolic network reconstruction, database design and web interfaces development in the MicroScope bacterial analysis platform. Metabolic comparison within the Carnoules metagenomics analysis.
Education
2007 – MSc : Structural Genomics and Bioinformatics – Université L.Pasteur (Strasbourg)
2005 – BSc : Biology – Univeristé H.Poincarré (Nancy)
Publications
Télécharger-
2023Chromosomal Position of Ribosomal Protein Genes Affects Long-Term Evolution of Vibrio cholerae., mBio 2023 Apr; 14(2): e0343222.
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2022Complete Genome Sequence of Mesorhizobium ciceri Strain R30, a Rhizobium Used as a Commercial Inoculant for Chickpea in Argentina., Microbiol Resour Announc 2022 Nov; 11(11): e0077922.
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2022Complete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain C-145, a Nitrogen-Fixing Rhizobacterium Used as a Peanut Inoculant in Argentina., Microbiol Resour Announc 2022 Aug; 11(8): e0050522.
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2022RNA Sequencing Reveals Widespread Transcription of Natural Antisense RNAs in Entamoeba Species, Microorganisms.
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2020Genomic determinants for initiation and length of natural antisense transcripts in Entamoeba histolytica., Sci Rep 2020 11; 10(1): 20190.
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2020Phenanthrolinic analogs of quinolones show antibacterial activity against M. tuberculosis., Eur J Med Chem 2020 Sep; 207(): 112821.
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2019The molecular logic of Nanog-induced self-renewal in mouse embryonic stem cells, Nat Commun 2019 03;10(1):1109.
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2017Ancestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium, Genome Biol Evol 2017 12;9(12):3413-3431.
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2017Psychrobacter pasteurii and Psychrobacter piechaudii sp. nov., two novel species within the genus Psychrobacter., Int J Syst Evol Microbiol 2017 Sep; 67(9): 3192-3197.
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2016DNA minicircles clarify the specific role of DNA structure on retroviral integration, Nucleic Acids Res. 2016 Jul;.
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