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About

After a Master degree in bioinformatics and biostatistics, I did a PhD in computer science / bioinformatics at University Paris-Sud (now in University Paris-Saclay), where I worked on integration and analysis of comparative genomics data.

After a postdoc in Lausanne, Switzerland where I worked on small-RNA sequencing data, I joined GenoSplice where I was responsible for the development of bioinformatics projects related to next generation sequencing.

I joined Institut Pasteur in 2015, to work in the Evolutionary Bioinformatics Unit, where I participate in the development of new tools and algorithms that aim at tackling the growing amount of sequencing data.

Courses

Bioinformatics program for PhD students 2023 2024

This training program in statistics, bioinformatics and image analysis, financed by INCEPTION program, begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, […]

2023-10-23 09:30:00 2024-06-28 17:00:00 Europe/Paris Bioinformatics program for PhD students 2023 2024 This training program in statistics, bioinformatics and image analysis, financed by INCEPTION program, begins with a mandatory common core during which we will present all the tracks, and follow short courses on computer science, […] 25-28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques. Les sessions théoriques seront consacrées aux bases du domaine (représentation et combinatoire des arbres, modèles d’évolution) et […]

2021-12-13 09:00:00 2021-12-17 19:00:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif d’enseigner les bases théoriques et pratiques nécessaires à la conduite d’analyses phylogénétiques. Les sessions théoriques seront consacrées aux bases du domaine (représentation et combinatoire des arbres, modèles d’évolution) et […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Analyse de données reproductible

La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […]

2021-06-21 09:00:00 2021-06-29 17:00:00 Europe/Paris Analyse de données reproductible La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction to Molecular Phylogenetics – ENS Paris

Introduction to Molecular Phylogenetics course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]

2020-12-14 09:00:00 2020-12-18 18:00:00 Europe/Paris Introduction to Molecular Phylogenetics – ENS Paris Introduction to Molecular Phylogenetics course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […] Ens Ulm, Rue d'Ulm, Paris, France

Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019

Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics.  Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […]

2019-10-14 09:00:00 2019-10-18 16:00:00 Europe/Paris Mathematical and Computational methods for Phylogenetics and Evolutionary Epidemiology – Havana 2019 Mathematical and Computational concepts and models are essentials in new developments of the evolutionary studies related to outbreaks of infectious diseases pandemics.  Predicting, assessing and controlling potential outbreaks are key aspects of the worldwide […] Institute of Tropical Medicine “Pedro Kourí” (IPK), Havana, Cuba

Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation

Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […]

2019-10-07 09:30:00 2019-11-11 17:30:00 Europe/Paris Introduction à la Phylogénie Moléculaire : Concepts, méthodes et interprétation Ce cours a pour objectif de donner les bases théoriques et pratiques, ainsi que les bonnes pratiques nécessaires au démarrage de travaux en phylogénie et épidémiologie moléculaires. Les sessions théoriques donneront les bases du […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences

L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […]

2019-09-23 09:00:00 2019-09-27 17:00:00 Europe/Paris Introduction à l’analyse Bio-informatique de séquences L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Introduction à la phylogénie moléculaire

Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […]

2019-02-18 09:00:00 2019-02-22 17:00:00 Europe/Paris Introduction à la phylogénie moléculaire Ce cours d’introduction à la phylogénie a pour objectif d’apporter les connaissances théoriques et les bonnes pratiques d’analyse de données par les logiciels de phylogénie. Il est ouvert aux formations doctorales et aux professionnels […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

Analyse de séquences

OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […]

2018-03-19 09:30:00 2018-09-23 17:00:00 Europe/Paris Analyse de séquences OBJECTIFS : Les biologistes sont régulièrement confrontés à des gènes (ou des protéines) de fonctions inconnues ou mal annotés. Dans ce contexte, maîtriser quelques techniques basiques d’analyse de séquences peut se révéler d’une aide […] Institut Pasteur, Rue du Docteur Roux, Paris, France

Morning session – Introduction to NGS data analysis

The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […]

2016-05-10 09:00:00 2016-06-28 12:00:00 Europe/Paris Morning session – Introduction to NGS data analysis The Hub of Bioinformatics and Biostatistics at the Institut Pasteur organizes thematic courses open to everybody. The second session, entitled “Introduction to NGS data analysis” will take place every Tuesday, from the May 10th […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France

C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018

General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […]

2018-10-22 08:00:00 2018-10-27 19:00:00 Europe/Paris C3BI Course: Introduction to Molecular Phylogenetics – Hong Kong 2018 General Information: This introductory course aims to give the basic theoretical and practical concepts, best practices, and software necessary to start working on molecular phylogenetics and its applications to epidemiology. The course will have […] HKU-Pasteur Research Pole HKJC Building for Interdisciplinary Research 5 Sassoon Road, Pokfulam, Hong Kong

INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […]

2017-12-18 09:30:00 2017-12-22 17:30:00 Europe/Paris INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Projects

Software

CV

  • 2015- : Institut Pasteur: Bioinformatics Scientist
    • Development of new methodologies, algorithms and tools in the field of  evolution and molecular phylogeny (Bootstrap, Phylogenetic workflows, Phylogenetic toolkits)
    • Analysis of pathogen sequencing data (HIV, SIV, Influenza, etc.)
  • 2010-2015 : GenoSplice Technology: Bioinformatics project manager

Responsible for next generation sequencing projects

  • 2009-2010 : University of Lausanne: Post-doc

Integration and analysis of Next Generation Sequencing data (small RNAs).

  • 2005-2008 : University Paris-Sud : PhD

Integration, querying and analysis of comparative genomics data.

Publications

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