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Scientific Fields
Diseases
Organisms
Applications
Technique
Starting Date
21
Jun 2021
Ending Date
29
Jun 2021
Time
09:00:00
28 Rue du Dr Roux, Paris, France
Address
2021-06-21 09:00:00 2021-06-29 17:00:00 Europe/Paris Analyse de données reproductible La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus […] 28 Rue du Dr Roux, Paris, France Frédéric Lemoine frederic.lemoine@pasteur.fr

La production de données de plus en plus massives, le développement de méthodes d’analyse de plus en plus complexes, et le nombre en constante augmentation d’outils disponibles amènent les scientifiques à développer des chaines de traitement (workflows) de plus en plus complexes. Cela constitue une opportunité unique pour extraire des connaissances scientifiques, mais pose également de nombreux problèmes. 

Il devient en effet difficile de : 

  1. Implémenter efficacement de nombreuses chaînes de traitement de données ; 
  2. Tenir à jour une grande liste d’outils et de leurs versions ; 
  3. Garder la trace des anciennes analyses (outils, version, données, etc.) ; 
  4. Reproduire d’anciennes analyses ; 
  5. Partager les workflows. 

Dans cette formation, nous aborderons les notions nécessaires à l’implémentation et à l’exécution de chaînes de traitement (workflows) complexes en suivant les meilleurs pratiques : Versionning (git), Utilisation de containers (Docker, Singularity), Utilisation de systèmes de workflows (Snakemake, Nextflow) ou de Notebooks (Jupyter Notebooks), ou encore adoption de bonnes pratiques pour le développement d’outils. 

Location

Location: 28 Rue du Dr Roux, Paris, France