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About

As a bioinformatics engineer, I completed my master degree in apprenticeship for two years at INRA in Jouy-en-Josas in the Genetic Animal department. I was involved in a project aiming at the detection and the expression analysis of micro-RNA involved in an equine disease.

In 2012, I joined the Genomic, Structure and Translation Team at Paris-Sud (Paris XI) university. I worked mainly on Ribosome Profiling data analysis, a new technique that allows to identify the position of the ribosome on the mRNA at the nucleotide level.

Since november 2015, I worked at Institut Pasteur. During 4 years, I was detached to the Biomics Platform, where I was in charge of the bioinformatics analyses for transcriptomics and epigenomics projects. I was also involved in Long Reads (PacBio and Nanopore) developments with other bioinformaticians of Biomics.

Since november 2019, I has joined the Hub of Bioinformatics and Biostatistics, et more precisely the Genome Organization Regulation and Expression group. I am involved in transcriptomics (differential analysis, RNA modification, assembly, etc..) and epigenomics projects (chromatin dynamics analysis using ChIP-seq and ATAC-seq), and in development of  snakemake based-pipelines for NGS analysis,  combining python, bash and R scripts.

Courses

12ème Ecole de bioinformatique AVIESAN – IFB – Inserm Niveau1 (2023)

Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session […]

2023-11-05 18:00:00 2023-11-11 14:00:00 Europe/Paris 12ème Ecole de bioinformatique AVIESAN – IFB – Inserm Niveau1 (2023) Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN – IFB – INSERM Niveau 2

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, niveau 2 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation […]

2023-06-05 08:00:00 2023-06-09 16:00:00 Europe/Paris 2ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN – IFB – INSERM Niveau 2 Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, niveau 2 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation […] Station Biologique De Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

11ème école de bioinformatique AVIESAN-INSERM-IFB

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell RNA-Seq, niveau 1 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets […]

2022-11-13 18:00:00 2022-11-18 13:00:00 Europe/Paris 11ème école de bioinformatique AVIESAN-INSERM-IFB Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq, single-cell RNA-Seq, niveau 1 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets […] Station Biologique De Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

Multiple roles of RNAs

A practical course on RNA methods RNA research is at the basis of our current understanding of gene expression regulation and was crucial for the discovery of tools such as siRNA and CRISPR/Cas9. RNA […]

2023-02-13 09:00:00 2023-02-24 18:00:00 Europe/Paris Multiple roles of RNAs A practical course on RNA methods RNA research is at the basis of our current understanding of gene expression regulation and was crucial for the discovery of tools such as siRNA and CRISPR/Cas9. RNA […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

1ere école EBAII Assemblage & Annotation

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Assemblage et annotation de novo de génomes   Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next […]

2022-09-26 14:00:00 2022-09-30 14:00:00 Europe/Paris 1ere école EBAII Assemblage & Annotation Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Assemblage et annotation de novo de génomes   Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

1ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN – IFB – INSERM Niveau 2

Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session […]

2021-05-25 09:00:00 2021-05-28 18:00:00 Europe/Paris 1ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN – IFB – INSERM Niveau 2 Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session […] Roscoff, France

7ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit   Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école […]

2018-11-25 18:00:00 2018-11-30 16:00:00 Europe/Paris 7ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit   Objectifs La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

Hands-on course on High Throughput Sequencing data analysis: Genomics, Transcriptomics, Epigenomics

The University of Los Andes and the Hub of Bioinformatics and Biostatistics of the C3BI (Center of Bioinformatics Biostatistics and Integrative Biology) at Institut Pasteur will organize this Hands-on course aimed at students/researchers that […]

2017-11-27 09:00:00 2017-12-01 17:00:00 Europe/Paris Hands-on course on High Throughput Sequencing data analysis: Genomics, Transcriptomics, Epigenomics The University of Los Andes and the Hub of Bioinformatics and Biostatistics of the C3BI (Center of Bioinformatics Biostatistics and Integrative Biology) at Institut Pasteur will organize this Hands-on course aimed at students/researchers that […] Bogota - Bogotá, Colombie

6ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB

Objectifs La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies […]

2017-11-12 18:00:00 2017-11-17 15:00:00 Europe/Paris 6ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB Objectifs La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies […] Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Objectifs Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation […]

2016-11-20 17:00:00 2016-11-25 17:00:00 Europe/Paris 5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Objectifs Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation […] Station biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France

Workshop: Bacterial RNAseq

We propose a skills training for PhD students on Bacterial RNAseq experiments Using total RNAs, we will i) enrich the mRNAs by depleting the rRNAs ; ii) prepare and sequence cDNA library and iii) analyse […]

2016-06-06 09:00:00 2016-06-10 17:00:00 Europe/Paris Workshop: Bacterial RNAseq We propose a skills training for PhD students on Bacterial RNAseq experiments Using total RNAs, we will i) enrich the mRNAs by depleting the rRNAs ; ii) prepare and sequence cDNA library and iii) analyse […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Training: analysis of the transcriptome by RNAseq

The Transcriptome and Epigenome platform of the Biomics pole is organizing a one week (October 10, 2016 – October 14, 2016) training session dedicated to the analysis of the transcriptome by RNAseq. It  is […]

2016-10-10 09:00:00 2016-10-14 17:00:00 Europe/Paris Training: analysis of the transcriptome by RNAseq The Transcriptome and Epigenome platform of the Biomics pole is organizing a one week (October 10, 2016 – October 14, 2016) training session dedicated to the analysis of the transcriptome by RNAseq. It  is […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

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