INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS - Research - Institut Pasteur

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Hands-on course on High Throughput Sequencing data analysis: Genomics, Transcriptomics, Epigenomics

Scientific Fields

Diseases

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Applications

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Starting Date

18

Dec 2017

Ending Date

22

Dec 2017

Time

09:30:00

25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Address

2017-12-18 09:30:00 2017-12-22 17:30:00 Europe/Paris INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France Frédéric Lemoine frederic.lemoine@pasteur.fr

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux sous-tendant ces méthodes. Comment maîtriser choix, paramètres et interpréter les résultats des programmes de phylogénie. Enfin, les méthodes bayésiennes abordées sur un plan théorique et pratique, et mettant en œuvre une analyse complexe des données, introduiront des compétences avancées en phylogénie.

Réalisé à l’Institut Pasteur, les travaux pratiques porteront principalement sur l’analyse phylogénétique de (gènes) marqueurs pour l’identification, la caractérisation et le suivi épidémiologique des microorganismes pathogènes.

Programme général du cours

Alternance de cours : Acquisition de notions théoriques concernant la phylogénie (15 h) et de TP : Maîtrise des outils et logiciels pour la phylogénie (15 h)

Introduction à la phylogénie : principes généraux de l’inférence d’arbres et applications au suivi des maladies infectieuses
Manipulation d’arbres, enracinement, lecture et interprétation des arbres
Mathématique (simple) des arbres et modèles d’évolution
Méthodes de distance et estimation de la fiabilité (bootstrap, consensus …)
Méthodes de parcimonie, algorithmes, attraction des longues branches
Méthodes de maximum de vraisemblance, tests de branche rapides
Approche Bayésienne : le théorème de Bayes, les MCMC, et les probabilités postérieures
Processus évolutifs et détection de sélection positive
Choix des méthodes, artéfacts et conflits phylogénétiques

Location

Location: 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Published on: 23 Oct 2017 • Modified on: 12 Mar 2020

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