Search anything and hit enter
  • Teams
  • Members
  • Projects
  • Events
  • Calls
  • Jobs
  • publications
  • Software
  • Tools
  • Network
  • Equipment

A little guide for advanced search:

  • Tip 1. You can use quotes "" to search for an exact expression.
    Example: "cell division"
  • Tip 2. You can use + symbol to restrict results containing all words.
    Example: +cell +stem
  • Tip 3. You can use + and - symbols to force inclusion or exclusion of specific words.
    Example: +cell -stem
e.g. searching for members in projects tagged cancer
Search for
Count
IN
OUT
Content 1
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Administrative Staff
  • Assistant Professor
  • Associate Professor
  • Clinical Research Assistant
  • Full Professor
  • Graduate Student
  • Lab assistant
  • Non-permanent Researcher
  • Permanent Researcher
  • Pharmacist
  • PhD Student
  • Physician
  • Post-doc
  • Project Manager
  • Research Associate
  • Research Engineer
  • Retired scientist
  • Technician
  • Undergraduate Student
  • Veterinary
  • Visiting Scientist
  • Deputy Director of Center
  • Deputy Director of Department
  • Deputy Director of National Reference Center
  • Deputy Head of Facility
  • Director of Center
  • Director of Department
  • Director of Institute
  • Director of National Reference Center
  • Group Leader
  • Head of Facility
  • Head of Operations
  • Head of Structure
  • Honorary President of the Departement
  • Labex Coordinator
Content 2
  • member
  • team
  • department
  • center
  • program_project
  • nrc
  • whocc
  • project
  • software
  • tool
  • patent
  • Administrative Staff
  • Assistant Professor
  • Associate Professor
  • Clinical Research Assistant
  • Full Professor
  • Graduate Student
  • Lab assistant
  • Non-permanent Researcher
  • Permanent Researcher
  • Pharmacist
  • PhD Student
  • Physician
  • Post-doc
  • Project Manager
  • Research Associate
  • Research Engineer
  • Retired scientist
  • Technician
  • Undergraduate Student
  • Veterinary
  • Visiting Scientist
  • Deputy Director of Center
  • Deputy Director of Department
  • Deputy Director of National Reference Center
  • Deputy Head of Facility
  • Director of Center
  • Director of Department
  • Director of Institute
  • Director of National Reference Center
  • Group Leader
  • Head of Facility
  • Head of Operations
  • Head of Structure
  • Honorary President of the Departement
  • Labex Coordinator
Search
Go back
Scroll to top
Share
Scientific Fields
Diseases
Organisms
Applications
Technique
Starting Date
18
Dec 2017
Ending Date
22
Dec 2017
Time
09:30:00
25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France
Address
2017-12-18 09:30:00 2017-12-22 17:30:00 Europe/Paris INTRODUCTION À LA PHYLOGÉNIE MOLÉCULAIRE : CONCEPTS, METHODES ET OUTILS Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux […] 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France Olivier Gascuel olivier.gascuel@pasteur.fr

Nous proposons une formation classique à la phylogénie moléculaire avec des cours théoriques portant sur les trois méthodes de construction d’arbres phylogénétiques : distance, parcimonie et maximum de vraisemblance. Nous expliquerons les concepts généraux sous-tendant ces méthodes. Comment maîtriser choix, paramètres et interpréter les résultats des programmes de phylogénie. Enfin, les méthodes bayésiennes abordées sur un plan théorique et pratique, et mettant en œuvre une analyse complexe des données, introduiront des compétences avancées en phylogénie.

Réalisé à l’Institut Pasteur, les travaux pratiques porteront principalement sur l’analyse phylogénétique de (gènes) marqueurs pour l’identification, la caractérisation et le suivi épidémiologique des microorganismes pathogènes.
 

Programme général du cours

Alternance de cours : Acquisition de notions théoriques concernant la phylogénie (15 h) et de TP : Maîtrise des outils et logiciels pour la phylogénie (15 h)

  • Introduction à la phylogénie : principes généraux de l’inférence d’arbres et applications au suivi des maladies infectieuses
  • Manipulation d’arbres, enracinement, lecture et interprétation des arbres
  • Mathématique (simple) des arbres et modèles d’évolution
  • Méthodes de distance et estimation de la fiabilité (bootstrap, consensus …)
  • Méthodes de parcimonie, algorithmes, attraction des longues branches
  • Méthodes de maximum de vraisemblance, tests de branche rapides
  • Approche Bayésienne : le théorème de Bayes, les MCMC, et les probabilités postérieures
  • Processus évolutifs et détection de sélection positive
  • Choix des méthodes, artéfacts et conflits phylogénétiques

Location

Location: 25-28 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France