Le Hub de Bioinformatique et Biostatistique est une équipe dirigée par Marie-Agnès Dillies et Hervé Menager dont la mission est d’apporter un support en biologie computationnelle aux Unités de recherche et plateformes de l’Institut Pasteur. Le Hub est organisé en sept pôles experts :
- ALPS: Algorithmes et programmation en Science
- Responsable du pôle: Bertrand Néron
- Expertises: Développement de programmes, visualisation de données, calcul scientifique
- Geno: Genomics
- Responsable du pôle: Gaël Millot
- Expertises: Analyse de séquençage d’ADN, détection de variants, GWAS, génomique comparative
- PAGE: Protein And Gene Evolution
- Responsable du pôle: Julien Guglielmini
- Expertises: Taxonomie, Phylogénétique, Phylogénomique, Génotypage
- GORE: Genome Organisation, Régulation et Expression.
- Responsable du pôle: Claudia Chica
- Expertise: Epigénomique, Transcriptomique, Régulation, Single-cell Quantitatif
- Stats: Statistics
- Responsable du pôle: Pascal Campagne
- Expertise: Design experimental, Inférence & modélisation, Intelligence Artificielle
- SysBio: Bioinformatique des Systèmes
- Responsable du pôle: Natalia Pietrosemoli
- Expertise: Réseaux biologiques, Analyse de données Multi-omiques, Analyse fonctionnelle de données omiques
- Winter: Web Integration
- Responsable du pôle: Elodie Chapeaublanc
- Expertise: Developpement Web, UX design, Bases de données, Intégration de pipelines et d’outils
Le Hub a également des expertises en dehors de ces groupes:
- Modélisation mathématique (Andjela Davidovic)
Cette liste d’expertises n’est pas exhaustive. N’hésitez pas à visiter les pages des groupes ou à contacter les responsables du Hub si vous ne trouvez pas l’expertise dont vous avez besoin. Le Hub aide les scientifiques de l’Institut Pasteur de différentes façons:
- Par une interaction directe durant les open-desks, chaque mardi matin (actuellement via Teams ou en physique au bâtiment Yersin)
- Par le biais d’une short question soumise sur notre site web ou par mail en utilisant l’alias hub@pasteur.fr.
- Par le biais d’une collaboration à un projet de recherche. Le participation du Hub est:
- Gratuite pour des projets de moins de 3 mois de travail effectif (équivalent temps plein) – projet court
- Au tarif de la moitié du coût salarial chargé (3k€/mois) pour un projet de 4 mois ou plus – projet long
Dans tous les cas, les projets doivent être soumis sur note site web avec une description la plus précise possible : Submit a project .
Tous les projets courts sont acceptés si l’expertise requise est présente dans le Hub et que les personnes concernées sont disponibles dans un délai raisonnable.
Les projets longs sont examinés par le comité de pilotage du Hub qui se réunit trois fois par an : le deuxième jeudi du mois de mars, juin et décembre. Pour l’année 2024, il s’agit du 14 mars, 13 21 Juin et 12 Décembre.
Un template spécifique est disponible pour la soumission de projet long. Il doit être envoyé à Marie-Agnès Dillies et Hervé Ménager deux semaines avant la réunion du comité. Nous vous encourageons à nous contacter avant de soumettre un projet long afin d’affiner au mieux votre demande. Le détachement d’un membre du Hub est également possible pour des projets très longs et sous certaines conditions. Voir la section détachement pour plus d’information.
Les différentes possibilités de collaboration de longue durée avec le Hub sont résumées dans le tableau suivant :
TYPE | COUT | DESCRIPTION | DECISION PROCESS |
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Projet long |
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Validé par le comité de pilotage après examen de la requête en utilisant le template |
Détachement |
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Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage |
Détachement sur financement |
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Validé par la Direction de l’IP et le comité de pilotage |
Le Hub est également investi dans d’autres activités:
- Développement logiciel: Les membres du Hub ont développé de nombreux outils pour faciliter l’analyse de données tels que Shaman, JASS. Voir une liste plus complète dans la section logiciels.
- Formation et enseignement: Les membres du Hub sont très impliqués dans des enseignements afin de partager leurs connaissances avec les doctorants, post-docs ou membres permanents de l’Institut Pasteur et des instituts du réseau international. Plus de détails disponibles dans la section cours