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Présentation

L’analyse d’images biologiques est un domaine scientifique multidisciplinaire qui s’appuie sur les mathématiques, le traitement du signal et la physique, pour extraire des informations exhaustives à partir d’images grâce à des programmes informatiques. La recherche à l’Unité d’Analyse d’Images Biologiques est consacrée à la conception de méthodes computationnelles innovantes pour aborder des questions biologiques complexes par le biais d’approches quantitatives rigoureuses.

Nos projets de recherche touchent aux domaines de l’apprentissage automatique, de l’imagerie mathématique, de l’analyse statistique, de la classification de formes et de la biophysique computationnelle des cellules. Ils portent sur l’analyse spatiale des biomolécules, la dynamique des organites subcellulaires, la mécanobiologie de la motilité cellulaire, l’orchestration spatio-temporelle du trafic cellulaire et d’agents pathogènes, l’analyse du comportement social chez les souris et la pathologie numérique. Nos méthodes vont du flux optique augmenté biophysiquement aux modèles de contours actifs, en passant par les statistiques spatiales et l’apprentissage profond.

Nous développons et maintenons activement le logiciel d’analyse d’images libre et ouvert Icy (http://icy.bioimageanalysis.org), qui incluera bientôt deepIcy, un plugin dédié pour exécuter des modèles DL directement depuis l’application.

Membres

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
2007
2014
Christophe Zimmer
Head of Structure
2005
2008
Sylvain Berlemont
PhD
2006
2010
Nicolas Chenouard
PhD
2007
2011
Marcio Marim
PhD
2009
2011
Nicolas Hervé
Post-doc
2010
2012
Praveen Pankajakshan
Post-doc
2009
2011
François Orieux
Post-doc
2008
2008
Clovis Tauber
Post-doc
2010
2013
Yoann Le Montagner
PhD Student
2014
2020
Sorin Pop
Post-doc
2014
2020
Timothée Lecomte
Post-doc
2014
2020
Robin Tournemenne
Graduate Student
2014
2020
Debora Petropolis
Post-doc
2014
2020
Manon Faure
Master Student
2014
2020
Raphaël Marée
Post-doc
2014
2020
Mohammed Bellafquih
Research Engineer
Judith Pineau
Master Student
2014
2020
Alexandre Dufour
Permanent Researcher
2014
2020
Osvaldo Fuica
Research Engineer
2014
2020
Silvia Castellanos Castro
Visiting Scientist
2014
2020
William Meiniel
PhD Student
2016
2018
Arturo Aguilar
Visiting Scientist
2012
2020
Fabrice de Chaumont
Research Engineer
2018
2020
Sophie Goyard
Permanent Reasearcher
2018
2020
Thierry Rose
Permanent Researcher
2020
2021
Alba Petracchini
Master Student
2017
2021
Aleix Boquet Pujadas
Post-Doc
2021
2021
Lea Lesbats
Graduate Student
2021
2021
Marc Bokobza
Graduate Student
2021
2021
Corentin Vannier
Graduate Student
2021
2021
Mounib Mohamed Benimam
Graduate Student
2019
2021
Louveaux Marion
Engineer
2021
2021
Pierre-Louis Barbarant
Graduate Student
2016
2021
Daniel Felipe González Obando
PhD Student/ Research Engineer
2021
2021
Ye Peng
PhD Student
2019
2022
Rituparna Sarkar
Post-doc
2019
2022
Suvadip Mukherjee
Post-doc
2022
2022
Victor Piriou
Undergraduate Student
2022
2022
Dyhia Amroune
Graduate Student
2022
2022
Lene Vimeux
Graduate Student
2021
2022
Lucie Flamand
Engineer
2022
2022
Aleksandr Kaminskii
Graduate Student
2002
2022
Camille Bacquié
Undergraduate Student
2022
2022
Evanne Martin
Undergraduate Student
2019
2022
Amandine Tournay
Graduate Student
2012
2022
Stéphane Dallongeville
Engineer
2017
2022
Diana Mandache
PhD student
2018
2022
Alexandre Bouyssoux
PhD student
2017
2023
Robin Chalumeau
PhD student
2017
2023
Robin Chalumeau
PhD student
2023
2023
Yaêl Gossec
Undergraduate student
2023
2023
André Costa Werneck
Graduate Student
2023
2023
Matheus Santos Sano
Graduate Student
2023
2023
Mate Gulacsi
Undergraduate student
2023
2023
Roy Rosman Nathanson
Undergraduate student
2023
2023
Lorenzo Tarricone
Undergraduate student
2018
2023
Samuel Kubler
PhD student
2007
2024
Marie-Anne Lin
Administrative assistant
2021
2024
Erwan Dereure
PhD student
2021
2024
Antoine Habis
PhD student
2024
2024
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Tel + 33 (0)1 45 68 85 06
Fax + 33 (0)1 40 61 33 30
Email : jcolivo@pasteur.fr