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Connexions

Présentation

L’Action Technologique Ciblée Drug Discovery & Screening (ATC-DDS) promeut le criblage de molécules à visée thérapeutique sur le campus de l’Institut Pasteur Paris. Elle sensibilise à la DDS dans les projets de recherche fondamentale et stimule les collaborations intra-campus entre Unités et chercheurs aux expertises complémentaires pour faire émerger des projets innovants dans le domaine de la découverte de médicaments. L’ATC-DDS a pour objectif de renforcer les collaborations au sein du réseau international et d’augmenter la visibilité nationale et internationale de l’Institut Pasteur dans le domaine du développement thérapeutique. Il met en œuvre de nouvelles technologies DDS et anticipe les futures pandémies potentielles.

L’ATC-DDS est dirigée par Fabrice Agou, responsable de la Plateforme de Criblage Chémogénomique et Biologique (PF-CCB) et Nienke Buddelmeijer, responsable du groupe Forme Cellulaire et Pathogénicité au sein de l’Unité Biologie et Génétique de la Paroi Bactérienne. Ils sont conseillés par le Conseil Scientifique de l’ATC-DDS composé de Hélène Strick-Marchand, Nadia Naffakh, Iuliana Ene, Eric Prina, Ludovic Sauguet, Marcel Hollenstein, Olivier Sperandio et Christophe Zimmer. Ensemble, ce SAB couvre l’expertise en criblage, en docking in silico de molécules, modèles animaux adaptés pour étudier les maladies humaines, stratégies de développement de vaccins, biologie structurale et modélisation, approches chimiques et intelligence artificielle , sur les trois axes thérapeutiques et scientifiques et les deux actions concertées principalement définis selon le plan stratégique 2019-2023 : maladies infectieuses émergentes, résistance aux agents microbiens, maladies de la connectivité cérébrale et maladies neurodégénératives, initiative cancer et vaccinologie .

La plateforme PF-CCB dispose d’un large répertoire d’équipements pour répondre aux besoins multiples de projets de criblage phénotypique (HCS) et moléculaire ciblé (HTS) sur le campus. Pour cela, elle a d’ores et déjà développé des tests de criblages biochimique, cellulaire et à microscopie à fluorescence et envisage d’étendre son expertise en criblage (i) par imagerie spatio-transcriptomique sur cellules uniques, à partir d’organoïdes ou tissus de patients (Rebus Biosystems, Santa Clara, USA) et (ii) par interférométrie microfluidique à haut débit (Creoptix, Suisse).

Grâce à l’ATC-DDS, la collection de la bibliothèque de composés de l’Institut Pasteur Paris est vaste et diversifiée et a été étendue en 2021 avec une collection de molécules pharmacologiquement approuvées par la FDA et incluant des médicaments ayant passé la phase 1 chez l’Homme (3336 médicaments), ainsi qu’une banque de molécules antibactériennes (11 100 composés). Quatre projets de recherche ont été financés dans le cadre de l’appel stagiaire ATC-DDS 2021 qui portent tous sur le développement ou l’amélioration de tests biologiques pour le criblage futur de molécules antibactériennes et antivirales.

Équipes

Equipement

La PF-CCB dispose d’équipement de pointe (plus d’informations) :

Echo Liquid Handler System – Labcyte – Echo 550

Octet Instrument – ForteBio (Sartorius) – Octet HTX System

Microscope à large champs – Olympus – IX83

Microscope à haute résolution doté d’un système optique à ouverture numérique basé sur l’illumination structurée de la lumière (synthetic aperture optics) – Rebus Biosystems – StellarVision

Lecteur de plaques pour diffusion de lumière dynamique (DLS) – Wyatt Technology – DynaPro Plate Reader II

Laveur et distributeur pour microplaques 96/384/1536 EL406, équipé d’un stacker de microplaques “Biostak 3” – Agilent BioTek

 

Grâce à l’ATC-DDS, la PF-CCB et ses collaborateurs, le parc technologique du DDS sera doté de 2 nouveaux équipements complémentaires :

Pour l’HTS : Grated-Coupled Interferometry (GCI) (Creoptix AG, WAVEcore), disponible à la PF-CCB d’ici 1er semestre 2023

Pour l’HCS : Rebus Esper (Rebus Biosystems) ; disponible pour des tests, avec une acquisition prévue en 2023-2024 si les tests sont concluants

Banques de molécules disponibles à l'Institut Pasteur

Grâce aux travaux des équipes de Chimistes de l’Institut Pasteur (IP) et aux soutiens financiers de l’ATC-DDS et de la PF-CCB afin de toujours davantage renforcer la diversité chimique de l’IP, une large variété de chimiothèques est désormais disponible sur le campus :

Banque de molécules approuvées par la FDA, ou en phase I (3256 médicaments et composés, L3800, Selleck Chemicals)

Banque d’antibiotiques (10 880 composés, Antibacterial, LifeChemicals)

Banque de molécules approuvées par la FDA (1262 médicaments, 2018 LOPAC, Sigma)

Banque de molécules approuvées par la FDA (1070 médicaments, 2021, Home-made IP)

Banque de molécules anti-cancer (901 composés, L3000, Selleck Chemicals)

Banque d’analogues nucléotidiques (134 composés, L7200, Selleck Chemicals)

Banque de molécules sélectives de cibles (597 composés, L3500, Selleck Chemicals)

Banque de fragments de molécules (1014 composés, L1600, SelleckChemicals)

Banque de molécules pour la recherche sur l’ubiquitination (198 composés, L6000, Selleck Chemicals)

Banque de molécules pour la recherche sur l’Ubiquitination (678 gènes / 4 siRNA / 4 gRNA, Dharmacon)

Banque de molécules antivirales (105 composés, Home-made IP)

Banque protéase Anti-3CLPro (162 composés, L1712, TargetMol Chemicals)

Banque pour le métabolisme lipidique (292 composés, L2510, TargetMol Chemicals)

Banque de molécules naturelles (480 composés, Green Pharma)

Banque nationale de composés chimiques (71744 composés, ChemBio France)

Banque d’inhibiteurs de protéine Kinase (10000 composés, InhibKinase, ChemDiv)

Banque d’analogues de nucléobases (4620 compounds, NECAN, ChemDiv)

Banque d’analogues d’ATP (10000 composés, Chem-X-infinity)

Banque FrPPIChem (10 314 composés, Home-made IP)

Banque de DARPin (N2C et N3C, > 1012 variants, Home-made IP)

Banque de peptide à superhélice ou ” Coiled-coil” (> 1012 variants, Home-made IP)

Banque de molécules analogues Epidrugs, base et nucléosides (318 composés, Dr Paola Arimondo, Home-made IP)

Banque de molécules analogues de nucléosides et bases (1360 composés, Dr Sylvie Pochet, Home-made IP)

Banque IPPA (1600 composés, Dr. Yves Janin, Home-made IP)

Banque de d’inhibiteurs de protéases à sérine (50 composés, Prof Charazade El Amri, Sorbonne Université)

 

Enseignement

A venir : Cours “Imaging in modern cell biology and drug screening” dispensés par Fabrice Agou (Institut      Pasteur) à la Radboud University (Nijmegen, Pays-Bas)
–> Cycle d’enseignement annuel d’une durée totale de 6 semaines à partir du Printemps 2023