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Membres

Sylvain Brisse
Responsable de Structure
Responsable
Nathalie Armatys
Technicien(ne)
Edgar Badell-Ocando
Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
Valérie Bouchez
Ingénieur(e) de Recherche
Sylvie Bremont
Technicien(ne)
Sebastien Bridel
Post-doctorant(e)
Annick Carmi-Leroy
Technicien(ne)
Chiara CRESTANI
Chef(fe) de Projet
Sophie Guillot
Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
Mélanie Hennart
Etudiant(e) en thèse
Annie Landier
Technicien(ne)
Marta Lourenço
Post-doctorant(e)
Soraya Matczak
Médecin
Isabelle Moulherat
Personnel Administratif
Virginie Passet
Technicien(ne)
Carla Rodrigues
Post-doctorant(e)
Julie Toubiana
Directeur(trice) Adjoint(e) de Centre National de Référence
Nora Zidane
Ingénieur(e) de Recherche

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
2017
2019
Marina Barros
Post-doc
2017
2019
Melody Dazas
Technician
2017
2019
Sandra Corre
Research Engineer
2017
2019
Leonardo-Gabriel Panunzi
Post-doc
2017
2019
Juan Sebastián López Fernández
Post-doc
2017
2019
Nadine Pouradier
Technician
2017
2019
Pierre Tonnerre
Post-doc
2017
2019
Pauline Leroux
Graduate Student
(EN) 2019
(EN) 2021
(EN) Nadia Fernandes Dawson
(EN) Post-doc

Emplois

Post-doctorant(e)

Postdoc position: Evolutionary and epidemiological dynamics of a generalist Klebsiella pneumoniae sublineage

Project: Klebsiella pneumoniae is considered a ubiquitous multi-host pathogen, however: A huge diversity of STs (> 5000) and genomic sublineages (~1800 currently) exists; The huge diversity of Kp in all sources investigated so far […]
Post-doctorant(e)

Post-doc position: Contribution of variable microbial factors and host immunity to the development of severe pertussis (whooping cough) in infants

We are looking for a young talented researcher for “omics” analyses of both B. pertussis isolates and immune responses during severe pertussis in infants, and their role on the occurrence of the fulminant form […]
Visiteur(euse) Scientifique

Medical microbiologist, French National Reference Center for diphtheria

The Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens research unit hosts the National Reference Center for diphtheria. In order to develop our research projects on Corynebacterium diphtheriae and to strengthen our surveillance activities on diphtheria […]

Cours

10:00
29
Oct 2018
Cours

Bacterial strain nomenclatures applied to international epidemiological surveillance: A Theoretical and Hands-on Course

This two-day course will provide participants both theory and hands-on practical exercises on bacterial strain nomenclatures using the core genome MLST concept. Focus will be put on the BIGSdb software tool and database and […]
Biodiversité et Épidémiologie des Bactéries Pathogènes
Sylvain Brisse
2018-10-29 10:00:00 2018-10-30 17:00:00 Europe/Paris Bacterial strain nomenclatures applied to international epidemiological surveillance: A Theoretical and Hands-on Course This two-day course will provide participants both theory and hands-on practical exercises on bacterial strain nomenclatures using the core genome MLST concept. Focus will be put on the BIGSdb software tool and database and […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Projets

Projet
En cours
8 Membres

(EN) The SARA project: Surveillance of Antibiotic Resistance in Africa, an integrative project of the Pasteur Network

Sylvain Brisse (PI)

Désolé, cet article est seulement disponible en anglais américain.
Projet
En cours
8 Membres

Oxford Nanopore sequencing for detection and surveillance of pathogens

Sylvain Brisse (PI)

This project intends to share expertise, developments, equipement and bioinformatics tools to apply Oxford Nanopore Technology sequencing to the detection, diagnostic and characterization of pathogens of public health importance. It corresponds to a collaboration […]
Projet
En cours
3 Membres

KlebNet: a One Health network bridging science and surveillance on antimicrobial resistant Klebsiella

Sylvain Brisse (PI)

Join us on Google groups! KlebNET e-mail distribution list on Google groups. Please ask for registration, by explaining your interest in Klebsiella research or surveillance and providing your institution, so that the moderators can […]
Projet
En cours
8 Membres

Bordetella and whooping cough: Population Biology and Vaccination

Sylvain Brisse (PI)

Our research on Bordetella covers the population biology and epidemiology of various Bordetella species, including B. pertussis, the major agent of whooping cough; vaccine improvements; and the impact of vaccination on population evolution. Current […]
Projet
En cours
6 Membres

Diphtheria and Corynebacteria: genomics, evolution and epidemiology

Sylvain Brisse (PI)

Our research on Corynebacterium diphtheriae and related bacterial pathogenic species, including Corynebacterium ulcerans,  aims at defining the diversity, evolution and epidemiology of the agents of diphtheria and related infections. We study human and animal clinical isolates […]
Projet
En cours
7 Membres

Population biology of the bacterial pathogen Klebsiella pneumoniae

Sylvain Brisse (PI)

Klebsiella pneumoniae is one of the most urgent threats to public health given its increasing resistance to antimicrobial agents including carbapenems, considered as last-resort antibiotics.  In this project we aim to understand the ecological, epidemiological and […]
Projet
En cours
15 Membres

Genomic taxonomy of bacterial strains: universal nomenclatures for epidemiology and population biology

Sylvain Brisse (PI)

High-throughput sequencing has revolutionized our abilities to track and characterize novel bacterial strains as they emerge and disseminate globally. Genome-based epidemiological typing systems provide ultimate resolution for strain discrimination. Genome sequences may also be […]
Projet
En cours
3 Membres

Bioinformatics of genome sequencing applied to epidemiological surveillance of infectious agents

Sylvain Brisse (PI)

The Institut Pasteur has voluminous activities of microbial strain characterisation, in the context of epidemiological surveillance, biological resource centres collections management, and research. These activities involve National Reference Centers, WHO-collaborative centers, biological resources centers […]

Projet Transversal

Le criblage de molécules à l’Institut Pasteur

L’Action Technologique Ciblée Drug Discovery & Screening (ATC-DDS) promeut le criblage de molécules à visée thérapeutique sur le campus de l’Institut Pasteur Paris. Elle sensibilise à la DDS dans les projets de recherche fondamentale […]

Maladies Infectieuses Emergentes

Ces cinquante dernières années, nous avons pu constater une croissance alarmante de l’émergence de nouveaux agents infectieux au sein des populations humaines. La lutte contre ces infections émergentes constitue une mission historique de l’Institut […]

Résistance aux agents antimicrobiens

La résistance aux agents antimicrobiens augmente de façon spectaculaire dans le monde entier, menaçant la santé publique à court terme. Il devient urgent d’agir afin d’inverser la courbe d’augmentation de la résistance et de […]

LabEx IBEID – Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases

  Presentation Le but du projet Biologie Intégrative des Maladies Infectieuses Emergentes (IBEID), coordonné par les professeurs Philippe Sansonetti et Pascale Cossart, est de développer une structure pour anticiper et lutter contre les maladies […]

Logiciel

Logiciel
En cours
19 Membres

BIGSdb-Pasteur

Sylvain Brisse (PI)

BIGSdb-Pasteur is the genomic-based strain taxonomy and nomenclature platform of Institut Pasteur, powered by the BIGSdb software developed at Oxford University. This web platform hosts collections of curated, open or private databases of bacterial […]
Logiciel
Terminé
2 Membres

JolyTree

Alexis Criscuolo (PI)

JolyTree implements an alignment-ƒree distance-based procedure ƒor inferring phylogenetic trees ƒrom genome contig sequences. For each pair of genomes, a dissimilarity measure is ƒirst computed and next transƒormed to obtain an estimation oƒ the […]

Financements

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