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Collection

Collection de l’Institut Pasteur (CIP)

Département de Microbiologie

Présentation

La Collection de l’Institut Pasteur créée en 1890 par le Dr. Binot, est l’un des premiers Centres de Ressources Biologiques (CRB) qui a été constitué dans le monde. Depuis plus d’un siècle maintenant, les locaux de la CIP se trouvent sur le campus de l’Institut Pasteur.  Ses missions sont d’assurer à la fois la maintenance et l’enrichissement de sa collection de bactéries, d’une part par le biais de collaborations avec les scientifiques de l’Institut Pasteur et d’autre part, par le dépôt de souches de chercheurs français et étrangers, et également la distribution des souches et des informations associées (propriétés, conservation, identification…) ainsi que le développement d’une activité de recherche. Si vous souhaitez consulter notre catalogue ou commander du matériel biologique cliquer ici

Type de ressources

La CIP est riche d’environ 20 000 souches bactériennes appartenant à 4200 espèces différentes. La base de l’enrichissement s’est fait historiquement depuis les années 50 avec :

–  des souches hospitalières (du fait de la proximité de l’hôpital Pasteur et des hôpitaux parisiens),

– des souches provenant de divers Centres Nationaux de Référence après le départ à la retraite des responsables : Streptocoques, Staphylocoques, Anaérobies, souches résistantes aux antibiotiques,…

– des souches types d’espèce nouvellement décrites,

– des souches de l’environnement.

Les travaux qui peuvent être entrepris avec la CIP sont par conséquent variés du fait de la diversité des ressources maintenues en collection.

Caractérisation des ressources

La caractérisation et l’identification des bactéries ont longtemps reposé sur la phénotypie. Avec l’avènement du moléculaire, l’identification bactérienne a été réalisée en utilisant le gène qui code l’ARNr 16S et son séquençage en routine a été mis en place en 2006. L’accès aux génomes entiers est désormais possible pour les souches bactériennes déposées depuis 2016 mais aussi pour celles dont le lot de distribution est renouvelé, ceci grâce la collaboration de la CIP avec la plateforme P2M de l’Institut Pasteur.

La CIP a su s’adapter constamment pour répondre aux besoins évolutifs des utilisateurs et aux exigences réglementaires actuelles. L’importance des ressources microbiennes pour le présent et l’avenir est indéniable au vu de leurs utilisations dans des domaines très variés comme l’agronomie, la sécurité alimentaire, l’environnement, la santé, et les biotechnologies. Garantir la sûreté biologique et assurer une traçabilité des échanges sont des éléments clés de la bio-économie du futur telles que définies en 2007 parmi les « Lignes directrices de l’OCDE relatives aux pratiques exemplaires concernant les centres de ressources biologiques ». Pour relever ces défis, la CIP a été successivement certifiée ISO 9001, ISO 17025 puis désormais NF S96-900, la norme spécifique pour les CRB qui est devenue une norme ISO (ISO 20387). Elle fait partie du réseau mondial des collections de micro-organismes (WFCC), de la WDCM (World data centre for microorganisms) et du bureau de l’ECCO (organisation des collections européennes). Ensemble avec le CRBIP, la CIP s’est impliquée dans différents projets européens d’infrastructures, tout d’abord EMBaRC (European Consortium of Microbial Resource Centres), un programme européen pour la conservation et la valorisation des ressources microbiologiques, puis MIRRI (Infrastructure de Recherche pan-européenne pour les ressources microbiennes) et EMBRIC (Groupement européen d’infrastructures de Recherche en biotechnologie marine). Au niveau national, la CIP est un des premiers CRBs à avoir été labellisé IBiSA et à avoir participé à des projets financés par IBiSA : en 2009 le projet « qualité de l’échantillon », en 2013 le projet BRC-Lims, qui a permis de développer un logiciel de gestion de collections, utilisé à présent par 10 CRBs en France , puis plus récemment en 2015 le projet EncapMH,  financé par BIOBANQUES. A travers ces exemples, le rôle de la CIP au niveau national et international apparait clairement.

AXES DE RECHERCHE

La CIP développe également une activité de recherche sur l’identification, la taxonomie (description de nouvelles espèces), la conservation des souches, la résistance aux antibiotiques et la métabolomique. Elle est également impliquée dans des projets collaboratifs avec différents financement (ANR, EJP…).

Pour les détails: voir version Anglaise https://research.pasteur.fr/en/team/collection-of-the-institut-pasteur-cip/

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Contact

Contact CIP Tel : 01 45 68 87 75 Fax : 01 40 61 30 07 cip@pasteur.fr