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Maladies
Organismes
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Technique
Date de Début
20
Nov 2016
Date de Fin
25
Nov 2016
Heure
17:00:00
Station biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France
Adresse
2016-11-20 17:00:00 2016-11-25 17:00:00 Europe/Paris 5ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit Objectifs Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation […] Station biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France Rachel Legendre rachel.legendre@pasteur.fr

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les interactions ADN-protéine (immunoprécipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise une quatrième école de bioinformatique, dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit.

Durée

La formation se tiendra du 20 novembre, 17h00 au 25 novembre, 17h00.

Contenu

La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).

Plateformes

IFB core (Gif-sur-Yvette), ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), eBIO (Univ. Paris Sud), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), Genotoul (Toulouse), I2BC (Gif-sur-Yvette), Institut Curie – U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), Institut Pasteur – C3BI & pôle Biomics (Paris), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (Toulouse), TAGC (Marseille), URGI (INRA Versailles).

 

Site web : EBA2016

 

Localisation

Localisation: Station biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, Roscoff, France