À l’origine de nombreuses maladies infectieuses, les bactéries peuvent également servir de modèle pour étudier des mécanismes biologiques fondamentaux. Les études menées dans le département de Microbiologie portent sur la caractérisation moléculaire des fonctions qui permettent aux bactéries d’interagir avec leur environnement et, pour certaines, de provoquer des maladies. Les scientifiques du département
de Microbiologie étudient, au niveau cellulaire et moléculaire, divers micro-organismes (bactéries, archées et leurs virus) en tant que systèmes modèles pour des analyses fondamentales en génomique, génétique, métabolisme, etc.
Ils s’intéressent également aux mécanismes qui permettent à certains d’entre eux d’être pathogènes et d’échapper au système immunitaire de l’hôte, ou de résister aux antibiotiques. Pour ces travaux, les chercheurs du département de Microbiologie possèdent une grande variété d’expertises et d’approches expérimentales. Ces études apportent non seulement une meilleure compréhension du mode de vie de ces micro-organismes, mais ils sont également un préalable indispensable au développement de nouvelles thérapies ou de nouveaux outils diagnostiques potentiellement utilisables pour le traitement des infections bactériennes. Le Département de Microbiologie est composé de 21 entités, dont 16 entités de recherche, 1 laboratoire Université de Paris Cité et 4 collections. Trois de ces entités abritent des Centres Nationaux de Référence et 2 unités du Département sont également Centre collaborateur de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Par ailleurs, plusieurs unités de recherche d’autres départements (Génomes & Génétique, Biologie Structurale & Chimie et Infection & Epidémiologie) sont affiliées au Département de Microbiologie. Le département héberge également une équipe de recherche labélisée avec le CNRS – UMR6047. 
- Kumar, S., Schmitt, C., Gorgette, O., Marbouty, M., Duchateau, M., Giai Gianetto, Q., Matondo, M., Guigner, J. M., & De Reuse, H. (2022). Bacterial Membrane Vesicles as a Novel Strategy for Extrusion of Antimicrobial Bismuth Drug in Helicobacter pylori. mBio, 13(5), e0163322. https://doi.org/10.1128/mbio.01633-22
- Evolution of immune genes is associated with the Black Death., Nature 2022 Nov; 611(7935): 312-319. doi:10.1038/s41586-022-05349-x
- Rousset,F., Depardieu,F., Miele,S., Dowding,J., Laval,A.-L., Lieberman,E., Garry,D., Rocha,E.P.C., Bernheim,A. and Bikard,D. (2022) Phages and their satellites encode hotspots of antiviral systems. Cell Host & Microbe, 0. doi: 10.1016/j.chom.2022.02.018
- The gut environment regulates bacterial gene expression which modulates susceptibility to bacteriophage infection, Cell Host Microbe 2022 Apr 13;30(4):556-569.e5. doi: 10.1016/j.chom.2022.03.014
- (2022) Spindle-shaped archaeal viruses evolved from rod-shaped ancestors to package a larger genome., Cell 2022 Apr; 185(8): 1297-1307.e11. doi: 10.1016/j.cell.2022.02.019
- Bechon N, Mihajlovic J, Lopes A.A I, Sol Vendrell-Fernandez S; Deschamps J, Briandet R, Sismeiro O, Martin-Verstraete I, Dupuy B and Ghigo JM. (2022). Bacteroides thetaiotaomicron uses a widespread extracellular DNase to promote bile-dependent biofilm formation. Proc Natl Acad Sci U S A Feb 15;119(7):e2111228119 doi: 10.1073/pnas.2111228119
- Translocated Legionella pneumophila small RNAs mimic eukaryotic microRNAs targeting the host immune response., Nat Commun 2022 Feb; 13(1): 762. doc: 10.1038/s41467-022-28454-x
