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  • Tip 2. Utilisez + afin de rendre obligatoire la présence d'un mot.
    Exemple : +cellule +stem
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    Exemple : +cellule -stem
e.g. searching for members in projects tagged cancer
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Présentation

IMPORTANT : La plateforme Biomics est focalisée sur  la recherche sur le Covid-19 

Biomics est actuellement concentré sur les projets de recherche Covid-19 / SRAS-COV-2. Il est important de noter que nous continuons d’accepter les projets reliés à la pandémie, toutes les autres demandes seront automatiquement refusées.

Pour les projets déjà déposés, il est possible, si vous le pouvez, de nous faire parvenir vos échantillons. Merci de nous prévenir pour que nous puissions les récupérer et les stocker.

Notre priorisation d’activité pendant cette période est la suivante :

  1. Traitement des projets Covid-19 ou prioritaires (Pasteur CIBU, CNR…)
  2. Maintien de notre capacité de séquence (5 séquenceurs en accès autonome)
    • Priorité aux projets Covid-19
    • Uniquement accessible aux utilisateurs du campus

Mesures pour préparer le retour d’activité

L’équipe en télétravail va mettre en place des mesures pour préparer le retour d’activité. En effet, il est prévisible que, suite à cette crise, les capacités de prise en charge de nouveaux projets par Biomics soient limitées, pour une durée plus ou moins longue. Il est aussi probable que les membres de Biomics les plus sollicités bénéficieront d’une période de récupération, mais également, que certains projets restent prioritaires à moyen terme.

Pour cela, nous allons mettre en place des aides à l’autonomie de nos utilisateurs pour le séquençage des projets « classiques Illumina » : Génomique (DNA-Seq), Transcriptomique (RNA-Seq) et Métagénomiques. Certaines dispositions sont réservées aux utilisateurs pasteuriens (IP et RIIP). Bien sûr, nous continuerons à prendre en charge les projets complexes nécessitant une  mise au point.

  • Préparation de librairies de séquence
    • Liste du matériel de laboratoire indispensable
    • Mise à disposition de protocoles simplifiés (IP et RIIP)
    • Création d’un forum d’entraide et de partage (IP et RIIP)
  • Simplifier l’accès à l’utilisation autonome de nos machines en pièce 14.01.06
    • Création et mise à jour de Moocs en français et en anglais
      • Séquenceur (ISeq100, MiniSeq, NextSeq)
      • Qualité (BioAnalyzer) and Fragmentation (Covaris)
    • Automatisation de l’envoi des données générées par nos séquenceurs
  • Possibilité d’externalisation de librairies sur un NovaSeq via PPMS (IP et RIIP)

Ces formations de type moocs sont accessibles à l’adresse ci-dessous. N’hésitez pas à vous former, certaines telles que celle pour le BioAnalyzer et les NextSeq500, sont déjà disponibles :

https://moocs.pasteur.fr

 

La plateforme Biomics est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. Cette structure est dédiée au séquençage de nouvelle génération et propose des technologies de séquençage long-read et short-read.

La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du Réseau International des Institut Pasteur (RIIP). Biomics travaille aussi pour des équipes de recherche hors du RIIP et avec le secteur privé. Biomics accepte à la fois des projets de service et de collaboration et travaille en étroite collaboration avec le Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI) et la Direction des Systèmes d’Information (DSI) pour fournir des solutions d’analyse et de stockage de données pour les chercheurs.

Notre site web dédié, https://biomics.pasteur.fr, vous permet de :

  • Soumettre un projet
  • Poser des questions (prix, délai, dépôt de financement…)
  • Suivre l’état d’avancement de votre projet
  • Avoir des informations sur les prestations

Voici quelques exemples de ce que nous proposons (Procaryotes, Eucaryotes et Virus) :

  1. Technologie : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
  2. DNA-Seq : Séquençage de novo et ciblé
  3. RNA-Seq : Analyse transcriptionnelle
  4. Métagénomique : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
  5. Bioinformatique : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études de méthylation…)

Les experts de Biomics travaillent de façon à assurer un traitement rapide et efficace de tous les échantillons et demandes. Si vous n’êtes pas satisfait de notre service ou si vous avez des suggestions d’améliorations, n’hésitez pas à nous contacter: Réclamation / Suggestions

Équipements

Booking site

NextSeq500 • Illumina • NextSeq500

The NextSeq 550 System brings the power of a high throughput sequencing system to your benchtop. With tunable output and high data quality, it provides the flexible power you need for whole-genome, transcriptome, and […]

BioAnalyzer • Agilent • Bioanalyzer 2100

Our Bioanalyzer 2100 is dedicated to the microfluidic  electrophoresis of nucleic acids (DNA, RNA). Depositing the samples is done on specific chips depending on the type of sample. Electrophoresis is fast and provided quantitative […]

Logiciel

Membres

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
2015
2020
Célia Palcy
Technician
2015
2020
Magali Tichit
Technician
2015
2020
Lucile Broseus
Undergraduate Student
2015
2020
Bernd Jagla
Research Engineer
2015
2020
Béatrice Regnault
Head of Structure
2015
2020
Nathalie Nadeau
2015
2020
Christine Detchepare
Administrative Staff
2015
2020
Dimitri Desvillechabrol
Research Engineer
2015
2020
Marie-Agnès Dillies
Head of Structure
2015
2020
Christophe D’Enfert
Head of Structure
2015
2020
Christiane Bouchier
Permanent Researcher
2015
2020
Caroline Proux
Research Engineer
2015
2020
Amine Ghozlane
Research Engineer
2015
2020
Sean Kennedy
Permanent Researcher
2015
2020
Sophie Dia
Administrative Staff
2015
2020
Jean-Yves Coppee
Permanent Researcher
2015
2020
Saliha Azebi
Research Engineer
2015
2020
Cédric Fund
Technician
2015
2020
Rachel Legendre
Research Engineer
2015
2020
Odile Sismeiro
Research Engineer
2015
2020
Catherine Dauga
Permanent Researcher
2015
2020
Sophia Achaibou
Undergraduate Student
2015
2020
Hugo Varet
Research Engineer
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Scientific Programming in Python

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