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    Exemple : +cellule -stem
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IMPORTANT : La plateforme Biomics priorise la recherche sur le Covid-19 

Biomics priorise les projets de recherche Covid-19 / SRAS-COV-2. Il est important de noter que nous recommençons à accepter tous les autres types de projets.

Notre priorisation d’activité pendant cette période est la suivante :

  1. Traitement des projets Covid-19 prioritaires (Pasteur CIBU, CNR…)
  2. Traitement des autres projets déposés à la plateforme
  3. Maintien de notre capacité de séquence (5 séquenceurs en accès autonome)
    • Priorité aux projets Covid-19
    • Uniquement accessible aux utilisateurs du campus

Mesures réalisées pour faciliter le retour d’activité

Il est prévisible que, suite à cette crise, les projets Covid restent prioritaires à moyen terme ce qui aura un impact sur les capacités de prise en charge d’autres types de projets par Biomics.

Pour cela, nous avons mis en place des aides à l’autonomie de nos utilisateurs pour le séquençage des projets « classiques Illumina » : Génomique (DNA-Seq), Transcriptomique (RNA-Seq) et Métagénomiques. Certaines dispositions sont réservées aux utilisateurs pasteuriens (IP et RIIP). Bien sûr, nous continuerons à prendre en charge les projets complexes nécessitant une mise au point.

  • Préparation de librairies de séquence
    • Liste du matériel de laboratoire indispensable (sur demande)
    • Mise à disposition de protocoles simplifiés (sur demande, IP et RIIP)
  • Simplifier l’accès à l’utilisation autonome de nos machines en pièce 14.01.06
    • Création et mise à jour de Moocs : http://moocs.pasteur.fr 
      • Qualité : BioAnalyzer (Fr et En) ; Fragmentation : Covaris (fin 2020)
      • Séquenceur : NextSeq (Fr et En), ISeq100 (fin 2020), MiniSeq (fin 2020)
    • Automatisation de l’envoi des données générées par nos séquenceurs
  • Possibilité d’externalisation de librairies sur un NovaSeq via PPMS (IP et RIIP)

####

La plateforme Biomics est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. Cette structure est dédiée au séquençage de nouvelle génération et propose des technologies de séquençage long-read et short-read.

La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du Réseau International des Institut Pasteur (RIIP). Biomics travaille aussi pour des équipes de recherche hors du RIIP et avec le secteur privé. Biomics accepte à la fois des projets de service et de collaboration et travaille en étroite collaboration avec le Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI) et la Direction des Systèmes d’Information (DSI) pour fournir des solutions d’analyse et de stockage de données pour les chercheurs.

Notre site web dédié, https://biomics.pasteur.fr, vous permet de :

  • Soumettre un projet
  • Poser des questions (prix, délai, dépôt de financement…)
  • Suivre l’état d’avancement de votre projet
  • Avoir des informations sur les prestations

Voici quelques exemples de ce que nous proposons (Procaryotes, Eucaryotes et Virus) :

  1. Technologie : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
  2. DNA-Seq : Séquençage de novo et ciblé
  3. RNA-Seq : Analyse transcriptionnelle
  4. Métagénomique : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
  5. Bioinformatique : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études de méthylation…)

Les experts de Biomics travaillent de façon à assurer un traitement rapide et efficace de tous les échantillons et demandes. Si vous n’êtes pas satisfait de notre service ou si vous avez des suggestions d’améliorations, n’hésitez pas à nous contacter: Réclamation / Suggestions

Équipements

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NextSeq500 • Illumina • NextSeq500

The NextSeq 550 System brings the power of a high throughput sequencing system to your benchtop. With tunable output and high data quality, it provides the flexible power you need for whole-genome, transcriptome, and […]

Bioanalyzer 2100 • •

Bioanalyzer 2100 is dedicated to the microfluidic  electrophoresis of nucleic acids (DNA, RNA). Depositing the samples is done on specific chips depending on the type of sample. Electrophoresis is fast and provided quantitative and […]

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Scientific Programming in Python

The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […]

2017-03-06 09:30:00 2017-03-18 17:00:00 Europe/Paris Scientific Programming in Python The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

A new SPOC

A new SPOC (Small Private Online Course) “Training for the use of a Bioanalyzer chip: Preparation of a RNA Nano chip” is now offered to Pasteurs Users and Orex. More informations here. See you […]

2017-10-19 00:00:00 2017-10-19 00:00:00 Europe/Paris A new SPOC A new SPOC (Small Private Online Course) “Training for the use of a Bioanalyzer chip: Preparation of a RNA Nano chip” is now offered to Pasteurs Users and Orex. More informations here. See you […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Workshop: Bacterial RNAseq

We propose a skills training for PhD students on Bacterial RNAseq experiments Using total RNAs, we will i) enrich the mRNAs by depleting the rRNAs ; ii) prepare and sequence cDNA library and iii) analyse […]

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Training: analysis of the transcriptome by RNAseq

The Transcriptome and Epigenome platform of the Biomics pole is organizing a one week (October 10, 2016 – October 14, 2016) training session dedicated to the analysis of the transcriptome by RNAseq. It  is […]

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