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    Exemple : +cellule -stem
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IMPORTANT : La plateforme Biomics priorise la recherche sur le Covid-19 

Biomics priorise les projets de recherche Covid-19 / SRAS-COV-2. Il est important de noter que nous recommençons à accepter tous les autres types de projets.

Notre priorisation d’activité pendant cette période est la suivante :

  1. Traitement des projets Covid-19 prioritaires (Pasteur CIBU, CNR…)
  2. Traitement des autres projets déposés à la plateforme
  3. Maintien de notre capacité de séquence (5 séquenceurs en accès autonome)
    • Priorité aux projets Covid-19
    • Uniquement accessible aux utilisateurs du campus

Mesures réalisées pour faciliter le retour d’activité

Il est prévisible que, suite à cette crise, les projets Covid restent prioritaires à moyen terme ce qui aura un impact sur les capacités de prise en charge d’autres types de projets par Biomics.

Pour cela, nous avons mis en place des aides à l’autonomie de nos utilisateurs pour le séquençage des projets « classiques Illumina » : Génomique (DNA-Seq), Transcriptomique (RNA-Seq) et Métagénomiques. Certaines dispositions sont réservées aux utilisateurs pasteuriens (IP et RIIP). Bien sûr, nous continuerons à prendre en charge les projets complexes nécessitant une mise au point.

  • Préparation de librairies de séquence
    • Liste du matériel de laboratoire indispensable (sur demande)
    • Mise à disposition de protocoles simplifiés (sur demande, IP et RIIP)
  • Simplifier l’accès à l’utilisation autonome de nos machines en pièce 14.01.06
    • Création et mise à jour de Moocs : http://moocs.pasteur.fr 
      • Qualité : BioAnalyzer (Fr et En) ; Fragmentation : Covaris (fin 2020)
      • Séquenceur : NextSeq (Fr et En), ISeq100 (fin 2020), MiniSeq (fin 2020)
    • Automatisation de l’envoi des données générées par nos séquenceurs
  • Possibilité d’externalisation de librairies sur un NovaSeq via PPMS (IP et RIIP)

####

La plateforme Biomics est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. Cette structure est dédiée au séquençage de nouvelle génération et propose des technologies de séquençage long-read et short-read (À ce titre, nous  en suivons les instructions générales et les bonnes pratiques).

La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du Réseau International des Institut Pasteur (RIIP). Biomics travaille aussi pour des équipes de recherche hors du RIIP et avec le secteur privé. Biomics accepte à la fois des projets de service et de collaboration et travaille en étroite collaboration avec le Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI) et la Direction des Systèmes d’Information (DSI) pour fournir des solutions d’analyse et de stockage de données pour les chercheurs.

Notre site web dédié, https://biomics.pasteur.fr, vous permet de :

  • Soumettre un projet
  • Poser des questions (prix, délai, dépôt de financement…)
  • Suivre l’état d’avancement de votre projet
  • Avoir des informations sur les prestations

Voici quelques exemples de ce que nous proposons (Procaryotes, Eucaryotes et Virus) :

  1. Technologie : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
  2. DNA-Seq : Séquençage de novo et ciblé
  3. RNA-Seq : Analyse transcriptionnelle
  4. Métagénomique : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
  5. Bioinformatique : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études de méthylation…)

Les experts de Biomics travaillent de façon à assurer un traitement rapide et efficace de tous les échantillons et demandes. Si vous n’êtes pas satisfait de notre service ou si vous avez des suggestions d’améliorations, n’hésitez pas à nous contacter: Réclamation / Suggestions

Équipements

Booking site

Genotyping • Illumina • (Autonomous)

  Description Genotyping is a method for determining the variation of genetic sequences in human samples for the purposes of research studies, disease associations or population associations, and for detecting variants, CNVs, etc.  Usage […]

Qubit • Invitrogen • (Autonomous)

 Description Qubit doses nucleic acids in a sensitive and specific way: accurately measures the concentration of nucleic acids, whether they are double-stranded DNA, single-stranded DNA, total RNA or microRNA, even in the presence of […]

COVARIS • E220 • (Autonomous)

Description Covaris is recognized as the reference for DNA fragmentation. Adaptive Focused Acoustics technology (AFA™) allows precise control of the mechanical fragmentation of DNA. In addition, this process is isothermal, so it does not […]

MiniSeq • Illumina • (Autonomous)

MiniSeq            NGS low throughput     Description The MiniSeq is a low throughput NGS sequencer using the same types of libraries as other Illumina sequencers. Its multiple cassettes make it flexible. Usage For autonomous […]

iseq100

iSeq100 • Illumina • (Autonomous)

ISeq 100            Description The ISeq 100 is a low output NGS sequencer using the same types of libraries as the other Illumina sequencers. It is particularly suitable for WGS […]

NextSeq500 • Illumina • (Autonomous)

  Description The NextSeq 500 is a medium throughput NGS sequencer using the same types of libraries as other Illumina sequencers. Its multiple cassettes make it very flexible (virus -human). Usage For autonomous use […]

Bioanalyzer 2100 • Agilent • (Autonomous)

  Bioanalyzer (Analyse des acides nucléiques) Description The Bioanalyzer 2100 is dedicated to miniaturized electrophoresis in a network of microcapillary channels. DNA, RNA and even proteins can be analyzed on single-use chips called “Lab-On-a-Chips”. […]

Logiciel

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Scientific Programming in Python

The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […]

2017-03-06 09:30:00 2017-03-18 17:00:00 Europe/Paris Scientific Programming in Python The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

A new SPOC

A new SPOC (Small Private Online Course) “Training for the use of a Bioanalyzer chip: Preparation of a RNA Nano chip” is now offered to Pasteurs Users and Orex. More informations here. See you […]

2017-10-19 00:00:00 2017-10-19 00:00:00 Europe/Paris A new SPOC A new SPOC (Small Private Online Course) “Training for the use of a Bioanalyzer chip: Preparation of a RNA Nano chip” is now offered to Pasteurs Users and Orex. More informations here. See you […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Workshop: Bacterial RNAseq

We propose a skills training for PhD students on Bacterial RNAseq experiments Using total RNAs, we will i) enrich the mRNAs by depleting the rRNAs ; ii) prepare and sequence cDNA library and iii) analyse […]

2016-06-06 09:00:00 2016-06-10 17:00:00 Europe/Paris Workshop: Bacterial RNAseq We propose a skills training for PhD students on Bacterial RNAseq experiments Using total RNAs, we will i) enrich the mRNAs by depleting the rRNAs ; ii) prepare and sequence cDNA library and iii) analyse […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

Training: analysis of the transcriptome by RNAseq

The Transcriptome and Epigenome platform of the Biomics pole is organizing a one week (October 10, 2016 – October 14, 2016) training session dedicated to the analysis of the transcriptome by RNAseq. It  is […]

2016-10-10 09:00:00 2016-10-14 17:00:00 Europe/Paris Training: analysis of the transcriptome by RNAseq The Transcriptome and Epigenome platform of the Biomics pole is organizing a one week (October 10, 2016 – October 14, 2016) training session dedicated to the analysis of the transcriptome by RNAseq. It  is […] 28 Rue du Docteur Roux, Paris, France

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