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© Michel-Robert Popoff
Clostridium difficile en microscopie à contraste de phase. On distingue des bactéries sporulées, non sporulées et d'autres en cours de lyse (destruction). Bactérie de l'environnement (sol, eau, foin, sable), elle est à l'origine d'infections nosocomiales survenant après un traitement antibiotique : Clostridium difficile prédomine alors que les autres bactéries de la flore intestinale ont été détruites. L'infection peut provoquer deux types de pathologies graves : les colites pseudo-membraneuses dont l'origine est quasiment due à 100 % à C. difficile et la diarrhée post-antibiothérapie due à C. difficile dans 30 % des cas de ces diarrhées.
Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
18
Mar 2014
Date de Fin
01
Jan 2015
Statut
Completed
Membres
3
Structures
2
Publications
1

Présentation

COV2HTML is an interactive web interface, which is addressed to biologists, and allows performing both coverage visualization and analysis of NGS alignments performed on prokaryotic organisms (bacteria and phages). It combines two processes: a tool that converts the huge NGS mapping or coverage files into light specific coverage files containing information on genetic elements; and a visualization interface allowing a real-time analysis of data with optional integration of statistical results.

The strength of the COV2HTML interface is making possible NGS data analysis without software installation, login, or a long training period. A web version is accessible at https://mmonot.eu/COV2HTML. This website is free and open to users without any login requirement.

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