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Cours

09:30
06
Mar 2017
Cours

Scientific Programming in Python

The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […]
Hub de Bioinformatique et Biostatistique
Biomics
Bertrand Neron
Thomas Cokelaer
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Jean-Baptiste Masson
2017-03-06 09:30:00 2017-03-18 17:00:00 Europe/Paris Scientific Programming in Python The ever growing usage of high throughput technologies in Biology is revolutionizing the life sciences and profoundly changing its practices. Scripting languages are used on a daily basis in life science labs in order […] 25 Rue du Dr Roux, 75015 Paris, France

Projets

Projet
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(EN) The effect of bone marrow transplantation on brain microglia

Pierre-Marie Lledo (PI)

Désolé, cet article est seulement disponible en anglais américain.
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(EN) Semi-automatic transfer function for virtual reality

(EN) Mohamed El Beheiry (PI)

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5 Membres

(EN) Topological and statistical properties of neural connectomes

Christian Vestergaard (PI)

This project aims to characterize the mircrociruit structure of small animals’ brains and link this to how the brain processes information and encodes behavior. The project relies on simultaneous access to recent synapse-resolution wiring […]
Projet
En cours
5 Membres

(EN) Congenital heart disease

Francesca Raimondi (PI)

Désolé, cet article est seulement disponible en anglais américain.
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7 Membres

(EN) Modelling and diagnosing fetuses

Jean-Baptiste Masson (PI)

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Projet
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3 Membres

Numerical methods for network analysis

Christian Vestergaard (PI)

Networks provide an efficient formalism to study many complex real-world systems. They provide a natural modeling framework of structural and functional brain networks, protein interaction networks, social interactions, information and epidemic spreading, and infrastructural […]
Projet
En cours
7 Membres

Deciding in Complex Environments

Jean-Baptiste Masson (PI)

This project aims at understanding the dynamical behaviour of drosophila larva. The larva is a ~10000 neurons that exhibit complex behaviour dynamics in response to external stimuli and to possible internal states. This project is […]
Projet
En cours
6 Membres

Mapping Receptor Dynamics In Synapses

François Laurent (PI)

This project aims at understanding the synaptic environment at the single receptor scale. Now that large amounts of dynamical single molecule data are available and that single molecule science is slowly transitioning into a big […]
Projet
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9 Membres

DIVA — Data Integration and Visualisation in Augmented and Virtual Environments

Jean-Baptiste Masson (PI)

A Unique Software Platform for Complex Image Analysis Using Virtual Reality     DIVA (Data Integration and Visualization in Augmented and Virtual Environments)  is a software platform jointly developed by the Decision and Bayesian Computation lab […]

Logiciel

Logiciel
En cours
3 Membres

Palmari

Jean-Baptiste Masson (PI)

Palmari is a Python package allowing one to process PALM (photo-activated localization microscopy) movies in order to extract trajectories. The documentation can be found online : https://palmari.readthedocs.io/en/latest/ It has two entry points : it […]
Logiciel
En attente
7 Membres

Themis, Nyx, Japet & Héméré

François Laurent (PI)

Themis, Nyx, Japet & Héméré are the four software we will be developing starting in 2022 Themis will be a Julia library that generates greedy decision making from probability distribution of relevant summary statistics. […]
Logiciel
Terminé
5 Membres

Genuage platform

Jean-Baptiste Masson (PI)

Genuage is a new open-source software platform, that enables the easy perception of, interaction with and analysis of multidimensional point clouds in virtual reality. Genuage is compatible with arbitrary multidimensional data and allows easy […]
Logiciel
En cours
6 Membres

TRamWAy

François Laurent (PI)

Single-molecule localization microscopy (SMLM) allows studying the dynamics of molecules in cells and resolving the biophysical properties that underlie cellular function. With the continuously growing amount of data produced by every single experiment, the […]
Logiciel
Terminé
6 Membres

DIVA microscopy

Jean-Baptiste Masson (PI)

DIVA is a software platform that enhances the analysis of biomedical and microscopy images using virtual reality. It virtually places users inside rich 3D environments based on their experimentally acquired imaging data. Highly interactive, it […]
Logiciel
Terminé
3 Membres

InferenceMAP

Jean-Baptiste Masson (PI)

InferenceMAP  is a software aimed at analysing single molecule dynamics. InferenceMAP is based on Bayesian analysis of Random Walks and this version is focused on mapping Random Walks at the full cell scale in […]

Brevets

Method and device for monitoring detection of odours by moving animals or by moving apparatus in turbulent flows

This patent consist on the combine use of electronics and antenna of insects to measure odour on moving systems (alive or not). It allows the measure of odour paths. An example of odour path […]

Method, device, and computer program for locating an emitting source

The patent consists on a computational biomimetic strategy to search for cue emitting sources in turbulent flows. An example of implementation can be seen on the following video with a robot searching for a thermal source. […]

CV

Education and Academic Positions

  • 2008- … Research Scientist (Tenure) Pasteur Institute
  • 2016-… Visiting Scientist Janelia
  • 2014-2016 Invited Visiting Scientist Janelia Research Campus (on Campus)
  • 2014 Invited Visiting Scientist Institut Curie (Dahan’s lab-6 months)
  • 2009 Invited Visiting Scientist KITP (3 months)
  • 2004-2007: PhD: “Ionics constrast terahertz imaging – Statistical Physics of Surface Plasmon-Polariton”, LOB at Polytechnique under the supervision of Guilhem Gallot
  • 2002-2004 : Magistères (undergraduate + graduate) Theoretical physics (Astrophysics, Quantum field theory, Statistical Physics) at ENS-Lyon: with honours
  • 2000-2002 : Classe Préparatoire aux grandes écoles PC* : admitted Ecole Polytechnique, Ecole Normale Supérieure de Lyon

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