Passionnée par la régulation de l’expression des gènes, j’ai réalisé ma thèse en épigénétique à l’Institut Pasteur. Au cours de ma thèse, j’ai contribué à la découverte d’un nouveau mécanisme de régulation de l’épissage alternatif, impliquant les modifications post-traductionnelles des protéines histones (Lavigne et al., PLoS Genetics 2009; Saint-André et al., Nature Structural and Molecular Biology 2011).
Ensuite, j’ai ajouté à mon expérience de biologie moléculaire expérimentale, une expérience en biologie computationelle, en travaillant pendant 3 ans comme associée post-doctorale au Whitehead Institute for Biomedical Research du MIT. Là-bas, j’ai contribué à l’étude des “super-enhancers”, et j’ai développé une méthode et un outil bioinformatique pour prédire les facteurs de transcription au cœur du programme d’expression des gènes de chaque type ou état cellulaire (Hnisz, Abraham and Lee et al., Cell 2013; Tan et al., Molecular Cell 2016; Saint-André et al., Genome Research 2016; Saint-André et al., US Patent 2022).
J’ai ensuite réalisé un post-doctorat de 2 ans à l’Institut Curie, où j’ai pu identifier une signature de long ARN non-codants permettant de séparer des sous-populations de cellules immunes lors de la diversification, et contribué à mettre en évidence le contrôle amont de cette régulation par une boucle de communication TNF (Alculumbre et al., Nature Immunology 2018).
En 2018, j’ai rejoint le HUB de Bioinformatique et Biostatistique, où je suis détachée pour travailler sur le projet « Milieu Intérieur » avec l’Unité d’Immunologie Translationnelle. Notre objectif est de mieux comprendre les déterminants de la réponse immunitaire humaine et de participer au développement de la médecine de précision. J’ai notamment contribué à différents travaux sur les données du projet “Milieu Intérieur” (Possémé et al., Cell Reports 2022 ; Delavy et al., Gut Microbes 2023), et sur des études concernant la tuberculose (Libre et al., Frontiers in Immunology 2022), HIV (Lista et al., Retrovirology 2023) et la Covid-19 (Smith, Possémé, Bondet et al., Nature Communications 2022).
Par l’analyse multivariée des données protéomiques du projet Milieu Intérieur (MI) et l’intégration de ces données avec les données génomiques, épigénomiques, cellulaires, cliniques, environnementales et nutritionnelles des donneurs de la cohorte, nous avons récemment montré que l’âge, le sexe, le tabagisme, le statut sérologique au cytomégalovirus (CMV ) ainsi que l’indice de masse corporelle (IMC) sont des facteurs majeurs associés à la variabilité des réponses immunitaires. Le statut tabagique explique jusqu’à 9 % de la variabilité interindividuelle dans la sécrétion de certaines cytokines, un niveau équivalent aux effets de l’âge, du sexe ou de variants génétiques communs. Nous avons observé que le tabagisme actif modifie les niveaux de cytokines sécrétées suite aux stimulations immunitaires innées et adaptatives, avec des effets persistants sur l’immunité adaptative. Nous avons observé que cet effet persistant est lié à certaines sous-populations cellulaires spécifiques du sang et à la méthylation de l’ADN au niveau de gènes codant pour des transducteurs du signal et des régulateurs du métabolisme. Cela supporte l’hypothèse d’une mémoire épigénétique à long-terme du statut d’ancien fumeur des individus (Saint-André et al., 2024). Ce travail a fait la couverture du 8000e numéro de Nature, a été accompagné d’articles « news» et «news and views» dans Nature et a généré de multiples articles de presse dans des revues à large audience (Le Monde, El Pais, Libération, Pour la Science, Courirer International, The Scientist, US News, Scientific American,…), 4 interventions radio (France Inter 19h16 24/02/14, France Info, France Culture, Radio Canada) et 3 interventions TV (BFM TV, France TV Info, CNN).
En parallèle, je continue de m’intéresser au développement de méthodes bioinformatiques pour étudier les réseaux de régulation transcriptionnels (Saint-André et al., Computational and Structural Biotechnology Journal 2021), que nous appliquons désormais aux données transcriptomiques du projet « Milieu Intérieur ».
En parallèle de mon travail de recherche, j’ai mis en place ou contribué aux enseignements suivants :
– “Analyse de données de ChIP-seq” (1 jour par session), dans le programme du cours de Bioinformatique pour les étudiants en thèse, Institut Pasteur, Paris, depuis 2019
– “Analyse de données multi-variées” (2 jours par session, en français ou en anglais), dans le programme « Programmation R et Statistiques », Institut Pasteur, Paris, depuis 2018
– “IA et Santé” (1 semaine), Centrale-Supelec, Paris, depuis 2019
– Conférences invités, Ecole Centrale de Nantes, depuis 2019
J’encadre également régulièrement des étudiants (Master 2 ou école d’Ingénieurs) et j’ai été membre des comités suivants:
– Membre du comité d’organisation de la conférence JOBIM, Paris 2021
– Membre invité pour l’évaluation des posters et conférences à la conférence YRLS, Paris 2019 et 2023
– Membre du jury de la Societé Française de Bioinformatique (SFBI) pour le prix du meilleur poster, JOBIM 2019
