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Présentation

L’Unité de spectrométrie de mass structurale et protéomique a été créée fin 2012. Elle est, depuis le 1er janvier 2017, une Unité de Service et de Recherche mixte Institut Pasteur/CNRS (USR2000 Spectrométrie de Masse pour la Biologie). L’unité intègre un groupe de recherche et la plateforme protéomique de l’Institut Pasteur et fait partie du département de biologie structurale et chimie (DBSC) et du Citech.
Les activités du groupe de recherche sont focalisées sur le développent d’approches innovantes en protéomique structurale: protéomique top-down, pontage covalent ou échanges H/D couplés à la spectrométrie de masse ou encore spectrométrie de masse native.

La protéomique top-down est une technologie émergente basée sur l’analyse de protéines intactes, sans digestion enzymatique. Les approches top-down permettent ainsi de caractériser les différentes protéoformes d’une même protéine, liées à la présence de modifications post-traductionnelles, de variants, de polymorphismes simple nucléotide… Elles apportent donc un niveau de précision inégalée au niveau moléculaire, pour les protéines identifiées. La protéomique top-down ouvre des perspectives très intéressantes en recherche clinique, et en particulier en microbiologie clinique, un axe de recherche majeur de l’unité.

Le pontage covalent combiné à la spectrométrie de masse est une approche puissante permettant de s’intéresser à la structure tridimensionnelle et la topologie de complexes protéiques (surfaces d’interaction entre les sous-unités)… Notre Unité a mis au point récemment un nouvel agent pontant trifonctionnel, basé sur de la chimie click, dont l’utilisation sur des complexes membranaires de très haut poids moléculaire est en cours d’optimisation.

La spectrométrie de masse native permet de s’intéresser à la structure d’édifices supra-moléculaires de très grande taille, avec la vitesse, la précision et la sensibilité de la spectrométrie de masse. Une mesure de masse précise du complexe protéique peut être réalisée, et des informations sur la stoechiométrie, la conformation ou l’arrangement des sous-unités obtenues par des expériences MS ou MS/MS.

Les échanges H/D couplés à la spectrométrie de masse permettent de sonder l’accessibilité au solvant et la présence de liaisons hydrogène dans les différentes zones de la protéine. Les approches HX-MS peuvent ainsi être utilisées pour caractériser des changements de conformation, ou des interactions protéine/protéine. Une des applications majeures de ces approches est l’epitope mapping, pour laquelle le laboratoire a une expertise de longue date.

Équipements

Orbitrap Q-Exactive HF Mass Spectrometer • Thermo Fisher • Orbitrap Q Exactive™ HF

The Orbitrap Q-Exactive HF is equipped with an easy-nLC (Proxeon) and has been installed in 2014/2015. It is used for: Protein identification (Data Dependent and Data Independent Analyses) Post translational modification (PTM) analysis Quantitative […]

Orbitrap Fusion Lumos Mass Spectrometer • Thermo Fisher • Orbitrap Tribrid Fusion Lumos

 An Orbitrap Fusion has been installed in 2013 and upgraded in Fusion Lumos in 2016. The instrument is equipped with ETD and used either with a nanoUPLC Dionex for online fragmentation or with a Nanomate for […]

Orbitrap Velos Pro Mass Spectrometer • Thermo Fisher • LTQ-Velos Orbitrap

The LTQ-Velos Orbitrap is equipped with a U3000 nanoLC (Dionex) and ETD. It is mainly used for the analysis of simple mixtures of proteins after trypsin digestion or PTM analysis using its ETD capabilities.

Orbitrap Q-Exactive Plus Mass Spectrometer • Thermo Fisher • Q-Exactive Plus

The Q-Exactive Plus is equipped with an easy-nLC (Proxeon) and has been installed in 2014/2015. It is used for: Protein identification (Data Dependent and Data Independent Analyses) Post translational modification (PTM) analysis Quantitative proteomics […]

Membres

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
2015
2020
Egor Vorontsov
Post-doc
2015
2020
Thomas Ottone
Undergraduate Student
2015
2020
Véronique Hourdel
Research Engineer
2015
2020
Sébastien Brier
Research Engineer
2015
2020
Private: Nassera Khelifi
Administrative Staff
2015
2020
Sophie Dia
Administrative Staff
2015
2020
Helisa Wippel
PhD Student
2015
2020
Diogo Borges-Lima
Post-doc
2015
2020
Talyta SOARES DO NASCIMENTO
Graduate Student

Projets

Projet Transversal

Financements

Publications

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