Le département Génomes et Génétique a été créé en 2006, reprenant une large partie des équipes qui formaient alors le département Structure et Dynamique des Génomes dirigé par Bernard Dujon. Le département rassemble 150 personnes au sein de 12 structures de recherche, dont le le Pôle “Biomics” et 20 équipes associées. Ces équipes explorent la diversité des génomes et la régulation de l’information génétique et par des approches multidisciplinaires combinant génomique, bioinformatique et expériences au laboratoire. Les recherches couvrent plusieurs thèmes principaux, dont l’évolution des génomes, les interactions hôte-pathogène et les mécanismes de défense microbienne.
Les équipes du département utilisent un large éventail d’approches génomiques et post-génomiques pour étudier différents modèles biologiques. Elles travaillent notamment sur des bacilles responsables de maladies telles que le choléra afin de comprendre leur mode de vie et d’expliquer leur virulence. Des levures, comme Saccharomyces cerevisiae ou Schizosaccharomyces pombe, sont également étudiées comme modèles pour mieux comprendre les processus universels de régulation de l’ADN. Un autre domaine de recherche concerne les systèmes de défense et d’anti-défense des bactéries contre leurs virus (phages). L’étude de ces systèmes permet non seulement de comprendre la dynamique évolutive de ces interactions, mais aussi d’envisager des applications médicales potentielles, notamment dans la lutte contre les infections.
L’évolution tient une grande place dans les thématique de recherche du département, comme par exemple l’impact des pressions sélectives exercées par les agents infectieux sur les gènes humains au fil du temps. L’analyse des interactions entre les microbes et les hôtes humains, tant à l’échelle contemporaine qu’au cours de l’histoire, permet de mieux comprendre les mécanismes immunitaires innés et adaptatifs. La paléogénomique microbienne joue un rôle clé dans ces recherches, en retraçant l’origine et l’évolution des agents pathogènes à partir de l’ADN ancien. De plus, le département s’intéresse également aux mécanismes moléculaires qui sous-tendent les nouveautés évolutives chez les vertébrés. Par exemple, l’évolution de la menstruation chez les primates est étudiée par des approches combinant des analyses transcriptomiques et épigénomiques sur des cellules uniques.
Toutes ces recherches sont basées sur des approches expérimentales et informatiques de pointe. Le département développe une forte composante « in silico », incluant la modélisation des systèmes biologiques et l’analyse bioinformatique. Il bénéficie également des avancées technologiques en matière de séquençage et de génotypage, notamment via les plateformes Biomics, et collabore étroitement avec d’autres départements, tels que la microbiologie, la mycologie ou encore l’immunité.
En combinant un large éventail d’expertises et d’approches innovantes, le département Génome et Génétique contribue de manière significative à l’avancement des connaissances sur l’évolution génétique et les interactions entre les organismes vivants.
Retraite du département, Octobre 2023 (Pornichet, Loire-Atlantique)
