Régulation Spatiale des Génomes

9 Membres

AFRIBIOTA 2

Jean-Marc Collard (PI)

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Projet

2 Membres

ERC-2017-COG Synarchic – Investigating the functional architecture of microbial genomes with synthetic approaches

The folding of eukaryotic and prokaryotic chromosomes consists of an assortment of intertwined structural features. The resulting complex networks of contacts is highly dynamic and interacts functionally with, or regulates metabolic processes ranging from […]

Projet

Terminé

2 Membres

ERC-2010-StG Interaction dynamique entre chromosomes eucaryotes : impact sur la stabilité du génome (DICIG)

Ce projet vise à comprendre les interactions fonctionnelles et mécaniques entre chromosomes, périphérie nucléaire et cytosquelette, ainsi que leur influence sur la stabilité génomique, à travers des approches in vivo et in vitro chez […]

Projet Transversal

Microbiotalogie

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Initiative Cancer

Avec plus de 19,3 millions de nouveaux cas en 2020 dans le monde, dont près de 400 000 en France, le cancer est une maladie courante qui nous touche ou nous touchera tous un […]

Résistance aux agents antimicrobiens

La résistance aux agents antimicrobiens augmente de façon spectaculaire dans le monde entier, menaçant la santé publique à court terme. Il devient urgent d’agir afin d’inverser la courbe d’augmentation de la résistance et de […]

INCEPTION – INstitut Convergences pour l’étude de l’Émergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs

The INCEPTION aims to develop a core structure to mobilize data resources, numerical sciences, and fundamental experimental biology in various health issues. The inception program uses Integrative Biology, Social Science, and Data Science […]

Biologie quantitative

Le programme de biologie quantitative de l’Institut Pasteur est destiné à faciliter la recherche et l’éducation à l’interface entre la biologie et les sciences plus quantitatives. L’un des principaux objectifs de la biologie quantitative […]

Logiciel

2 Membres

HiCExperiment

Jacques Serizay (PI)

Genome-wide chromatin conformation capture assays provide formidable insights into the spatial organization of genomes. However, due to the complexity of the data structure, their integration in multi-omics workflows remains challenging. We present data structures, […]

6 Membres

instaGRAAL: chromosome-level quality scaffolding of genomes using a proximity ligation-based scaffolder

https://github.com/koszullab/instaGRAAL Hi-C exploits contact frequencies between pairs of loci to bridge and order contigs during genome assembly, resulting in chromosome-level assemblies. Because few robust programs are available for this type of data, we developed […]

9 Membres

Chromosight: A computer vision program for pattern detection in chromosome contact maps

Chromosomes of all species studied so far display a variety of higher-order organizational features such as domains, loops, or compartments. Many of these structures have been characterized from the genome-wide contact maps generated by […]

5 Membres

Serpentine: a flexible 2D binning method for differential Hi-C analysis

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7320618/ Motivation: Hi-C contact maps reflect the relative contact frequencies between pairs of genomic loci, quantified through deep sequencing. Differential analyses of these maps enable downstream biological interpretations. However, the multi-fractal nature of the […]

Terminé

6 Membres

GRAAL: genome assembly from chromosome contact frequencies

Christophe Zimmer (PI)

A software to reconstruct 1D genome structures from 3D contact data obtained from Hi-C experiments. This movie shows the iterative assembly by GRAAL of the Trichoderma reesei genome (right) using contact frequencies determined by […]

6 Membres

META3C (MetaHiC), metaTOR