L’analyse d’images biologiques est un domaine scientifique multidisciplinaire qui s’appuie sur les mathématiques, le traitement du signal et la physique, pour extraire des informations exhaustives à partir d’images grâce à des programmes informatiques. La recherche à l’Unité d’Analyse d’Images Biologiques est consacrée à la conception de méthodes computationnelles innovantes pour aborder des questions biologiques complexes par le biais d’approches quantitatives rigoureuses.
Nos projets de recherche touchent aux domaines de l’apprentissage automatique, de l’imagerie mathématique, de l’analyse statistique, de la classification de formes et de la biophysique computationnelle des cellules. Ils portent sur l’analyse spatiale des biomolécules, la dynamique des organites subcellulaires, la mécanobiologie de la motilité cellulaire, l’orchestration spatio-temporelle du trafic cellulaire et d’agents pathogènes, l’analyse du comportement social chez les souris et la pathologie numérique. Nos méthodes vont du flux optique augmenté biophysiquement aux modèles de contours actifs, en passant par les statistiques spatiales et l’apprentissage profond.
Nous développons et maintenons activement le logiciel d’analyse d’images libre et ouvert Icy (http://icy.bioimageanalysis.org), qui incluera bientôt deepIcy, un plugin dédié pour exécuter des modèles DL directement depuis l’application.
