Biodiversité et Épidémiologie des Bactéries Pathogènes

3 Membres

The GenEpi-BioTrain programme: Interdisciplinary training in genomic epidemiology and public health bioinformatics

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4 Membres

PER-SEVERE : Définir la contribution des facteurs microbiens et de l’immunité de l’hôte à la gravité de la coqueluche

Carla Rodrigues (PI)

La coqueluche est une maladie respiratoire causée par une bactérie (Bordetella Pertussis) qui peut, dans certains cas et notamment chez les nourrissons, être sévère voire mortelle (on parle alors de coqueluche maligne). L’objectif de […]

8 Membres

The SARA project: Surveillance of Antibiotic Resistance in Africa, an integrative project of the Pasteur Network

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35 Membres

Oxford Nanopore sequencing for detection and surveillance of pathogens

Chiara Crestani (PI)

This project intends to share expertise, developments, equipement and bioinformatics tools to apply Oxford Nanopore Technology sequencing to the detection, diagnostic and characterization of pathogens of public health importance. It corresponds to a collaboration […]

3 Membres

KlebNet: a One Health network bridging science and surveillance on antimicrobial resistant Klebsiella

Join us on Google groups! KlebNET e-mail distribution list on Google groups. Please ask for registration, by explaining your interest in Klebsiella research or surveillance and providing your institution, so that the moderators can […]

6 Membres

Bordetella and whooping cough: Population Biology and Vaccination

Our research on Bordetella covers the population biology and epidemiology of various Bordetella species, including B. pertussis, the major agent of whooping cough; vaccine improvements; and the impact of vaccination on population evolution. Current […]

6 Membres

Diphtheria and Corynebacteria: genomics, evolution and epidemiology

Our research on Corynebacterium diphtheriae and related bacterial pathogenic species, including Corynebacterium ulcerans, aims at defining the diversity, evolution and epidemiology of the agents of diphtheria and related infections. We study human and animal clinical isolates […]

7 Membres

Population biology of the bacterial pathogen Klebsiella pneumoniae

Klebsiella pneumoniae is one of the most urgent threats to public health given its increasing resistance to antimicrobial agents including carbapenems, considered as last-resort antibiotics. In this project we aim to understand the ecological, epidemiological and […]

15 Membres

Genomic taxonomy of bacterial strains: universal nomenclatures for epidemiology and population biology

High-throughput sequencing has revolutionized our abilities to track and characterize novel bacterial strains as they emerge and disseminate globally. Genome-based epidemiological typing systems provide ultimate resolution for strain discrimination. Genome sequences may also be […]

3 Membres

Bioinformatics of genome sequencing applied to epidemiological surveillance of infectious agents

The Institut Pasteur has voluminous activities of microbial strain characterisation, in the context of epidemiological surveillance, biological resource centres collections management, and research. These activities involve National Reference Centers, WHO-collaborative centers, biological resources centers […]

Projet Transversal

Le criblage de molécules à l’Institut Pasteur

L’Action Technologique Ciblée Drug Discovery & Screening (ATC-DDS) promeut le criblage de molécules à visée thérapeutique sur le campus de l’Institut Pasteur Paris. Elle sensibilise à la DDS dans les projets de recherche fondamentale […]

Maladies Infectieuses Emergentes

Ces cinquante dernières années, nous avons pu constater une croissance alarmante de l’émergence de nouveaux agents infectieux au sein des populations humaines. La lutte contre ces infections émergentes constitue une mission historique de l’Institut […]

Résistance aux agents antimicrobiens

La résistance aux agents antimicrobiens augmente de façon spectaculaire dans le monde entier, menaçant la santé publique à court terme. Il devient urgent d’agir afin d’inverser la courbe d’augmentation de la résistance et de […]

Labex IBEID – Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases

Labex IBEID : Biologie Intégrative des Maladies Infectieuses Emergentes Le but du projet Biologie Intégrative des Maladies Infectieuses Emergentes (IBEID), initié par les professeurs Philippe Sansonetti et Pascale Cossart et actuellement coordonné par Carla […]

Logiciel

19 Membres

BIGSdb-Pasteur

BIGSdb-Pasteur is the genomic-based strain taxonomy and nomenclature platform of Institut Pasteur, powered by the BIGSdb software developed at Oxford University. This web platform hosts collections of curated, open or private databases of bacterial […]

Logiciel

Terminé

2 Membres

JolyTree

Alexis Criscuolo (PI)

JolyTree implements an alignment-ƒree distance-based procedure ƒor inferring phylogenetic trees ƒrom genome contig sequences. For each pair of genomes, a dissimilarity measure is ƒirst computed and next transƒormed to obtain an estimation oƒ the […]

Outils

Outil

6 Membres

Genomic and nomenclature databases of pathogenic bacterial strains