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Projet

Oxford Nanopore sequencing for detection and surveillance of pathogens

Équipe: Biodiversité et Épidémiologie des Bactéries Pathogènes
Équipe: Environnement et risques infectieux
Équipe: Bactéries Pathogènes Entériques
Équipe: Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie
Équipe: P2M – Plateforme de microbiologie mutualisée
Équipe: Collection de l’Institut Pasteur (CIP)
Équipe: Génomique évolutive des virus à ARN
Équipe: Signalisation antivirale
Équipe: Virus et interférence ARN
Équipe: Biomics
Équipe: Biologie des Infections
Équipe: Ecologie et Evolution de la Résistance aux Antibiotiques
Centre de Référence: Corynebactéries du Complexe Diphtheriae
Centre de Référence: Coqueluche et Autres Bordetelloses
Centre de Référence: Virus des infections respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV-2)
Centre de Référence: Rage
Centre de Référence: Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence
Centre de Référence: Listeria
Centre de Référence: Listeria (CC-OMS)
Centre de Référence: Escherichia coli, Shigella, Salmonella
Centre de Référence: Entérovirus et parechovirus
Centre de Référence: Recherche sur l’épidémiologie et la macro-évolution des poliovirus et des entérovirus non-polio
Centre de Référence: Rage (CC-OMS)
Centre de Référence: WHO collaborating centre for Salmonella
Centre de Référence: Vibrions et Choléra
Département de: Santé Globale
Virus HIV1
Département de: Virologie
Département de: Génomes et Génétique
Département de: Biologie cellulaire et infection
Centre: Centre de Ressources Biologiques de l’Institut Pasteur (CRBIP)
Centre: Centre de Ressources et Recherches Technologiques
Project leader: Chiara Crestani
Project leader: Chloé Baum
Membre : Sylvain Brisse
Membre : Marc Monot
Membre : Maël Bessaud
Membre : Laurent Dacheux
Membre : Valérie Bouchez
Membre : Elisabeth Njamkepo Nguemkam
Membre : Valérie Caro
Membre : Vincent Enouf
Membre : Alexandra Moura
Membre : Artem Baidaliuk
Membre : Carla Rodrigues
Membre : Carolina Nodari
Membre : Christiane Bouchier
Membre : Etienne Simon-Loriere
Membre : Flora Donati
Membre : Gwenaël Badis-Breard
Membre : Hélène Bracq-Dieye
Membre : Hervé Blanc
Membre : Isciane Commenge
Membre : Julien Guglielmini
Membre : Lionel Frangeul
Membre : Lise Frezal
Membre : Lorenzo
Membre : Marie-Line Joffret
Membre : Nora Zidane
Membre : Virginie Passet
Membre : Nicolas Cabanel
Membre : Elodie Turc
Membre : Azimdine Habib
Membre : Laurence Ma
Membre : Caroline Rouard
Membre : Véronique Legrand
Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
14
Jun 2019
Date de Fin
13
Jun 2027
Statut
Ongoing
Membres
34
Structures
31

Présentation

This project intends to share expertise, developments, equipement and bioinformatics tools to apply Oxford Nanopore Technology sequencing to the detection, diagnostic and characterization of pathogens of public health importance. It corresponds to a collaboration between Institut Pasteur reference laboratories (National Reference Centers, CIBU, WHO collaborative centers) with the aim of mutualizing efforts on the application of this technology in the context of microbiology research and public health applications.