© Pierre Gounon
Virus influenza purifié, agent de la grippe. Ce virus enveloppé possède un génome fragmenté : 8 segments d'ARN négatif protégés par une nucléocapside.
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Environnement et risques infectieux

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Nos projets de recherche s’articulent autour de 2 thématiques principales, l’identification de nouveaux pathogènes d’une part, la résistance des pathogènes dans l’environnement extérieur d’autre part.

 

De nombreux pathogènes émergents constituent à l’heure actuelle une menace importante pour la santé publique. Malgré la connaissance croissante acquise sur les agents responsables de syndromes affectant les humains ou les animaux, un nombre croissant d’étiologies reste toujours à élucider. De plus, la grande diversité des agents émergents, souvent associés à des symptômes cliniques similaires, implique d’avoir recours à des méthodes de laboratoires sophistiquées pour les détecter et les identifier. L’essor de nouvelles technologies de pointe comme le Séquençage Haut Débit ouvrent de nouvelles perspectives en la matière.

L’unité a ainsi mis en œuvre un programme d’identification des pathogènes utilisant ces nouvelles technologies. L’objectif est d’identifier et de caractériser les pathogènes, connus ou inconnus, qui infectent l’homme ou l’animal, ou encore les agents zoonotiques émergents ou responsables de syndromes déjà connus mais toujours non caractérisés.

Le laboratoire dispose de trois versions d’une puce à ADN de reséquençage conçue pour l’identification de pathogènes bactériens et viraux impliqués dans l’un des quatre syndromes suivants : (i) syndrome respiratoire, (ii) syndrome meningo-encéphalitique, (iii) syndrome de fièvre hémorragique et (iv) cancer et/ou maladies inflammatoires. Plus récemment, il a été équipé d’un séquenceur haut débit IonTorrent Proton permettant le séquençage et l’identification de pathogènes. L’intégration récente du Pôle de Génotypage des Pathogènes (PGP) au sein de l’unité, a permis de renforcer cette expertise. Ainsi, le “pipeline” entier, de la préparation type à la bio-informatique, a été validé au cours d’études variées.

 

Le deuxième volet de notre activité de recherche a pour but l’acquisition de données sur la persistance des pathogènes dans l’environnement extérieur, afin de donner aux acteurs de la biosécurité et aux responsables des politiques de santé publique des moyens de prévention et de contrôle des épidémies. Les pathogènes ciblés dans le cadre de cette activité sont à l’heure actuelle les virus grippaux, les coronavirus et les poxvirus.

Les objectifs spécifiques sont d’une part d’évaluer la persistance de ces virus dans différentes matrices environnementales telles que l’eau, l’air ou différents supports solides, et d’autre part, de mettre en évidence les déterminants moléculaires responsables de la survie de ces virus hors de l’hôte.

Pour cela, le laboratoire dispose d’une enceinte climatique de confinement L3 permettant la collecte de données expérimentales sur la capacité des virus à persister dans l’environnement dans différentes types de milieux (liquides, surfaces, aérosols).

Afin d’identifier plus particulièrement les déterminants moléculaires responsables de la stabilité des virus grippaux hors de l’hôte, nous disposons d’un système expérimental basé sur l’utilisation de pseudoparticules lentivirales et d’un système de génétique inverse. Ces deux approches permettent de cibler spécifiquement les glycoprotéines de surface du virus, en y introduisant des changements d’acides aminés susceptibles d’altérer la survie virale.

 

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