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Laboratoire

Spectrométrie de Masse Structurale et Protéomique

Recherche

L’Unité de spectrométrie de mass structurale et protéomique a été crée fin 2012. Elle fait partie de l’UMR 3528 du CNRS et intègre un groupe de recherche et la plateforme protéomique de l’institut Pasteur. Les activités du groupe de recherche sont focalisées sur le développent d’approches innovantes en protéomique structurale: protéomique top-down, pontage covalent ou échanges H/D couplés à la spectrométrie de masse ou encore spectrométrie de masse native.

La protéomique top-down est une technologie émergente basée sur l’analyse de protéines intactes, sans digestion enzymatique. Les approches top-down permettent ainsi de caractériser les différentes protéoformes d’une même protéine, liées à la présence de modifications post-traductionnelles, de variants, de polymorphismes simple nucléotide… Elles apportent donc un niveau de précision inégalée au niveau moléculaire, pour les protéines identifiées. La protéomique top-down ouvre des perspectives très intéressantes en recherche clinique, et en particulier en microbiologie clinique, un axe de recherche majeur de l’unité.

Le pontage covalent combiné à la spectrométrie de masse est une approche puissante permettant de s’intéresser à la structure tridimensionnelle et la topologie de complexes protéiques (surfaces d’interaction entre les sous-unités)… Notre Unité a mis au point récemment un nouvel agent pontant trifonctionnel, basé sur de la chimie click, dont l’utilisation sur des complexes membranaires de très haut poids moléculaire est en cours d’optimisation.

La spectrométrie de masse native permet de s’intéresser à la structure d’édifices supra-moléculaires de très grande taille, avec la vitesse, la précision et la sensibilité de la spectrométrie de masse. Une mesure de masse précise du complexe protéique peut être réalisée, et des informations sur la stoechiométrie, la conformation ou l’arrangement des sous-unités obtenues par des expériences MS ou MS/MS.

Les échanges H/D couplés à la spectrométrie de masse permettent de sonder l’accessibilité au solvant et la présence de liaisons hydrogène dans les différentes zones de la protéine. Les approches HX-MS peuvent ainsi être utilisées pour caractériser des changements de conformation, ou des interactions protéine/protéine.

Projets

Équipements

Orbitrap Fusion Mass Spectrometer • Thermo Fisher • Orbitrap Tribrid Fusion

The instrument is equipped with ETD and used either with a nanoUPLC Dionex for online fragmentation or with a Nanomate for direct infusion. Is was installed in the lab late 2013 and is mainly used […]

Synapt Mass Spectrometer • Waters • Synapt G2-Si HDMS

The Synapt G2-Si HDMS (with ETD and Ion Mobility) is equipped with a nanoAcquity UPLC and the HDX manager. It was installed in 2013. In 2015, a SID cell (Surface Induced Dissociation) has been installed […]

Orbitrap Velos Mass Spectrometer • Thermo Fisher • LTQ-Velos Orbitrap

The LTQ-Velos Orbitrap is equipped with a U3000 nanoLC (Dionex) and ETD. It is mainly used for the analysis of simple mixtures of proteins after trypsin digestion or PTM analysis using its ETD capabilities. 

Orbitrap Q-Exactive Mass Spectrometer • Thermo Fisher • Q-Exactive Plus & Q-Exactive HF

The Q-Exactive Plus and Q-Exactive HF are equipped with an easy-nLC (Proxeon) and have been installed in 2014/2015. They are used for:Protein identification (Data Dependent and Data Independent Analyses)Post translational modification (PTM) analysisQuantitative proteomicsTargeted quantification

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