Michaela Müller-Trutwin a réalisée des études en Biologie à l’université de Bonn et de Francfort en Allemagne. Elle a obtenu un doctorat en Sciences de l’Université Paris Diderot. Elle a réalisé des stages dans le réseau international de l’Institut Pasteur (Bangui, République Centrafricaine). Elle a rejoint l’Unité de Françoise Barré-Sinoussi et a continué pendant quelques années à collaborer avec des Instituts de Recherche en Afrique, notamment avec l’Institut Pasteur à Dakar et le CIRMF au Gabon ainsi qu’avec des Instituts Pasteur en Asie du Sud-Est. Elle est diplômée du Cours de bio-informatique de l’Institut Pasteur. En 2009, elle a obtenu le poste de Directeur de Recherche à l’Institut Pasteur. En 2014, elle a été nommée chef de l’Unité «VIH, Inflammation et Persistance». En tant que doyenne, elle a construit et dirigé le programme international de doctorat « Pasteur – Paris University international PhD program (PPU) » depuis ses débuts en 2008 jusqu’en 2013. Actuellement elle occupe entre autres taches administratives, celle de Vice-Présidente du Conseil Scientifique à l’Institut Pasteur, Présidente de l’Action Coordonnée sur la recherche fondamentale à l’Agence Nationale de Recherche sur le SIDA (ANRS, Inserm) et membre du comité de pilotage du Centre des thérapies innovantes pour les modèles de maladies infectieuses (IDMIT).
Dans le passé, ses recherches d’épidémiologie moléculaire ont apporté des élément clés dans la compréhension de l’origine de l’épidémie du VIH et le développement d’outils de quantification de virus VIH très divergents. Ses études se sont ensuite focalisées sur la recherche des corrélats de protection contre l’infection VIH. Elle a contribué à démontrer que les phases précoces de l’infection VIH sont prédictives de la capacité de l’hôte à contrôler l’infection. Son équipe a identifié des facteurs associés à une résistance contre le SIDA. Plus récemment, ils ont mit en évidence une nouvelle fonction de certaines cellules immunologiques (les cellules tueuses naturelles) dans le contrôle du VIH. Ces études sont menées dans le but de contribuer au développement d’un vaccin et une thérapie de rémission du VIH. Son travail a été honoré par plusieurs prix, dont un Prix de la Fondation pour la Recherche Médicale.