Organisation et dynamiques des génomes viraux

Si les bactéries semblent être les organismes cellulaires les plus divers sur terre, elles sont facilement dépassées en nombre par les virus qui peuvent les infecter, les phages. Avec un nombre estimé à 10^31 particules, les bactériophages, ou phages, sont les entités génomiques les plus abondantes dans tous les habitats et un réservoir majeur de diversité génétique. Ils ont joué un rôle majeur dans la compréhension des bases moléculaires de processus biologiques cruciaux mais aussi dans le développement du génie génétique et des biotechnologies. En tant que prédateurs mais aussi en tant qu’agents importants du transfert horizontal de gènes, les phages sont des moteurs importants de l’évolution bactérienne. Jusqu’à ces dernières années, la biodiversité, les mécanismes de régulation et l’impact des phages dans l’environnement étaient largement ignorés. Ces dernières années, plusieurs publications ont élargi notre compréhension de la biodiversité des phages et démontré l’existence dans une grande variété d’écosystèmes de phages à grand génome.
Notre groupe travaille sur l’étude de l’organisation, de la dynamique et de la diversité des grands génomes de phages à différentes échelles.
Les projets de recherche sont principalement axés sur
– la compréhension des “grands” phages en étudiant l’organisation spatiale et la dynamique de leurs génomes au cours de leurs cycles infectieux.
– l’étude des interactions phages-bactéries et de la dynamique de ces éléments dans des écosystèmes de complexité variable.
– le développement de méthodes basées sur la technologie de “proximity-ligation” pour une application aux particules virales et d’outils bioinformatiques pour l’annotation des (pro)phages.