Les micro-organismes ont majoritairement dominé l’histoire de la vie et représentent la plus grande fraction de la biosphère. Cependant, une grande partie de leur diversité est encore inconnue, comme le sont également de nombreux aspects de leur histoire évolutive.
Dans notre groupe, nous explorons la biodiversité des microorganismes aux travers d’approches phylogénomiques de pointe, avec un regard original sur la totalité de l’Arbre de Vie. Nous sommes particulièrement intéressés par la reconstruction de phylogénies robustes en utilisant des jeux de données très larges de marqueurs moléculaires, ce qui nous permet de résoudre les divergences les plus anciennes des phylums majeurs chez les Bactéries et Archées, de reconstruire les relations évolutives entre les trois domaines du vivant, et de mettre en évidence des nouvelles et importantes clades de microorganismes. Ces arbres de référence représentent un cadre essentiel qui nous permet d’étudier la diversité et l’histoire évolutive de processus cellulaires clés chez les microorganismes, avec une composante importante d’annotation fonctionnelle et découverte de nouveaux gènes, qui est complémenté par du travail experimental. L’ensemble ce des analyses nous permet d’addresser des transitions évolutives majeures dans l’histoire de la vie, et de defier un nombre de paradigmes bien établis en evolution microbienne.
Nous avons récemment démarré des nouvelles axes de recherche expérimentale afin de complementer et tester nos hypotheses évolutives. Nous allons developper une recherche fondamentale portant sur les methanogenes et les Firmicutes didermes en tant que nouveaux organismes modele du microbiote humain.
