(1) Expertise sur tous les champignons pathogènes responsables d’infections fongiques invasives : Identification des isolats cliniques basée sur une approche polyphasique comportant l’étude morphologique, l’assimilation des composés carbonés si c’est pertinent, le profil de sensibilité aux antifongiques par la technique EUCAST, l’analyse par MALDI-TOF and le séquençage nuléotidique de plusieurs loci dont l’ITS comme recommandé par l’ISHAM. Tous les isolats sont conservés et associés à des données cliniques et épidémiologiques mais le CNR ne vend pas de souches. La base de données Institut Pasteur FungiBank qui comprend tous les paramètres pertinents pour une identification fiable des champignons pathogènes a été ouverte récemment au public. La collaboration avec le Pr. Fabrice Chrétien et le Dr. Gregory Jouvion (unité de neuropathologie expérimentale) permet de combiner nos expertises pour confirmer ou établir un diagnostic de mycose sur des coupes tissulaires.
(2) Surveillance de toutes les infections fongiques invasives, la détection de l’émergence de nouvelles espèces ou de résistance aux antifongiques : nous nous appuyons sur un réseau national de mycologues et de cliniciens pour collecter les informations et les souches. Les cas sont notifiés sur un portail dédié sécurisé par les mycologues français, et les souches envoyées au CNR pour caractérisation. L’analyse récente de sept années de surveillance (2012-2018)a récemment été publiée (voir communiqué)
(3) Développement de techniques : nous développons régulièrement de nouvelles techniques pour le diagnostic et le typage d’isolats, en validant les techniques grâce à notre collection d’échantillons et de souches
(4) Conseil aux autorités et aux professionnels : par le biais de mails, discussions téléphoniques …
(5) Enseignement : nous sommes en charge du cours de mycologie de l’Institut Pasteur qui forme les futures mycologues médicaux français et étrangers.
Des précisions sur le fonctionnement du CNR et les modalités d’envoi des souches se trouvent ici.
