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    Exemple : +cellule -stem
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Notre groupe construit des approches computationnelles pour découvrir les voies causales dans les maladies complexes qui relient leurs causes génétiques ou environnementales à leurs effets sur les niveaux supérieurs.

Une grande partie de notre recherche est basée sur les outils d’apprentissage machine, que nous créons, adaptons et configurons pour les maladies complexes. Ces outils sont élaborés à partir de vastes ensembles de données qui caractérisent les échantillons biologiques à différents niveaux moléculaires et cliniques, y compris les réseaux moléculaires (p. ex. transcriptomiques, protéomiques et métabolomiques). Récemment, les données sur l’expression génique de cellules uniques ont commencé à nous donner une résolution encore plus élevée.

En découvrant les voies causales ci-dessus, qui diffèrent parfois d’un patient à l’autre, nous visons à stratifier, classer, prédire et traiter, vers une médecine qui prédit et prévient au lieu de réagir. Nous collaborons avec des chercheurs biomédicaux et des experts en technologie à l’Institut Pasteur, en France et à l’international.

Notre groupe est probablement mieux connu pour la création et le développement de Cytoscape, une plateforme communautaire open-source pour visualiser et analyser les réseaux moléculaires, qui est aujourd’hui développée dans le monde entier. Nous sommes également membre des programmes nationaux de laboratoire d’excellence (LabEx) Milieu Intérieur et IBEID.

Le site researchgate.net déclare régulièrement que “nos articles de recherche sont les plus cités de leur institution”.

Anciens Membres

2000
2000
Name
Position
(EN) 2016
(EN) 2020
(EN) Pierre Bost
(EN) Postdoc, ETH Zürich
2015
2019
Chiara Facciotto
Visiting Scientist
2018
2018
Yanis Bendjelal
Intern
2015
2019
Ozan Özışık
Visiting Scientist
2015
2019
Aurélie Nerin
Non-permanent Researcher
(EN) 2016
(EN) 2017
(EN) Mislav Acman
(EN) PhD student, UCL
2015
2019
Iryna Nikolayeva
PhD Student
2015
2019
Freddy Cliquet
Research Engineer
2015
2019
Frank Rügheimer
(EN) Data scientist, NLP at Cour de cassation
2015
2019
Sharad Goulam Abas
(EN) PhD student, U. Paris Saclay
(EN) 2011
(EN) 2015
(EN) Oriol Guitart Pla
(EN) Software and ML engineer, Team CMP
(EN) 2011
(EN) 2015
(EN) Xiaoyi Chen
(EN) INSERM researcher, Necker hospital
(EN) 2010
(EN) 2015
(EN) Robin Friedman
(EN) Senior Director of Computational Biology, Dragonfly Therapeutics
(EN) 2010
(EN) 2014
(EN) Frederik Gwinner
(EN) Bioinformatics Scientist, Immatics
2015
2019
Mathias Vandenbogaert
Permanent Researcher
(EN) 2009
(EN) 2010
(EN) Ashish Anand
(EN) Associate Professor, IIT Guwahati
(EN) 2009
(EN) 2010
(EN) Samuel Drulhe
(EN) EU analyst, Brussels
2015
2019
Thomas Rolland
Permanent Researcher
(EN) 2006
(EN) 2010
(EN) Sébastien Li-Thiao Té
(EN) Researcher-Teacher Sorbonne U.
2015
2019
Pascal Bochet
(EN) CNRS Researcher, Institut Pasteur
(EN) 2008
(EN) 2009
(EN) Samad Lotia
(EN) Software Engineer, Google
(EN) 2006
(EN) 2009
(EN) Aurélien Mazurie
(EN) Chief data scientist, Starling Trust Sciences
(EN) 2007
(EN) 2008
(EN) Hans-Michael Kaltenbach
(EN) Scientist, ETH Zürich
(EN) 2007
(EN) 2007
(EN) Ghislain Bidaut
(EN) Head, Integrative bioinformatics, Aix-Marseille U
2015
2019
Tero Aittokallio
(EN) Professor, FIMM Helsinki/U. Turku/U. Oslo
(EN) 2005
(EN) 2006
(EN) Melissa Cline
(EN) Researcher, UC Santa Cruz
(EN) 2005
(EN) 2006
(EN) Andrea Splendiani
(EN) Data Strategy Director, Novartis
2015
2019
Marc Vincent
(EN) Data Scientist, Imagine Institute
(EN) 2004
(EN) 2006
(EN) Behshad Behzadi
(EN) VP Engineering, Google
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