Le groupe Génomique Fonctionnelle Comparative s’intéresse aux mécanismes moléculaires qui permettent l’apparition de nouveautés évolutives chez les vertébrés par des changements dans leur séquence génétique, ou dans l’expression et la régulation de ces gènes. Notre modèle principal est l’évolution de la menstruation, un trait reproductif apparu relativement récemment dans l’histoire évolutive des primates, et que nous étudions en comparant des échantillons de tissus utérins de différents primates par une approche combinant analyses transcriptomiques et épigénomiques en cellules uniques, et analyses bioinformatiques. Nous développons également des méthodes computationnelles pour modéliser les changements dans l’expression et la régulation des gènes au cours du temps, et des modèles cellulaires en culture pour tester les conséquences moléculaires de changements évolutifs dans la fonction des gènes.
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Connexions
Membres
Camille Berthelot
Responsable de Structure
Responsable
Anciens Membres
2000
2000
Name
Position
2023
2024
Luca Binda
M2 student
2020
2023
Malgorzata Gazda
Post-doc
2020
2023
Axelle Brulport
Post-doc
2021
2022
Bruno Raquillet
M2 student
Projets
Projet Transversal
Financements
Principales publications
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2024An integrated multi-tissue approach for endometriosis candidate biomarkers: a systematic review., Reprod Biol Endocrinol 2024 Feb; 22(1): 21.
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2023Phylogenetic modeling of enhancer shifts in African mole-rats reveals regulatory changes associated with tissue-specific traits., Genome Res 2023 Sep; 33(9): 1513-1526.
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2023Reconstruction of hundreds of reference ancestral genomes across the eukaryotic kingdom., Nat Ecol Evol 2023 Mar; 7(3): 355-366.
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2023Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes., Science 2023 Feb; 379(6632): 572-575.
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2022An atlas of fish genome evolution reveals delayed rediploidization following the teleost whole-genome duplication., Genome Res 2022 Aug; (): .
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2022Classification of non-coding variants with high pathogenic impact., PLoS Genet 2022 Apr; 18(4): e1010191.
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2021The bowfin genome illuminates the developmental evolution of ray-finned fishes., Nat Genet 2021 09; 53(9): 1373-1384.
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2021A community-led initiative for training in reproducible research., Elife 2021 06; 10(): .
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2021Creating clear and informative image-based figures for scientific publications., PLoS Biol 2021 03; 19(3): e3001161.
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2020Synteny-Guided Resolution of Gene Trees Clarifies the Functional Impact of Whole-Genome Duplications., Mol Biol Evol 2020 11; 37(11): 3324-3337.
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2019Adaptation of Proteins to the Cold in Antarctic Fish: A Role for Methionine?, Genome Biol Evol 2019 01; 11(1): 220-231.
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2018Complexity and conservation of regulatory landscapes underlie evolutionary resilience of mammalian gene expression., Nat Ecol Evol 2018 Jan; 2(1): 152-163.
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2015The 3D organization of chromatin explains evolutionary fragile genomic regions., Cell Rep 2015 Mar; 10(11): 1913-24.
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2015Enhancer evolution across 20 mammalian species., Cell 2015 Jan; 160(3): 554-66.
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