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Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
22
Apr 2021
Date de Fin
22
Sep 2021
Statut
Ongoing
Membres
2
Structures
3

Présentation

The study of the gene repertoires of microbial species, their pangenomes, has become a key part of microbial evolution and functional genomics. Yet, the increasing number of genomes available complicates the establishment of the basic building blocks of comparative genomics. PanACoTA is  a tool that allows to download all genomes of a species, build a database with those passing quality and redundancy controls, uniformly annotate and then build their pangenome, several variants of core genomes, their alignments and a rapid but accurate phylogenetic tree. While many programs building pangenomes have become available in the last few years, we have focused on a modular method, that tackles all the key steps of the process, from download to phylogenetic inference. While all steps are integrated, they can also be run separately and …

Reference: Amandine Perrin, Eduardo P C Rocha, PanACoTA: a modular tool for massive microbial comparative genomics, NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 3, Issue 1, March 2021, lqaa106, https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa106

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