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© Michel Huerre
Coupe histologique de foie de patient atteint d'une hépatite C chronique active avec infiltrat (opacité) folliculaire (lymphocytes) (Grossissement X 400). L'hépatite C chronique peut être à l'origine de cirrhose et cancer du foie
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Publié sur RNA (New York, N.Y.) - 22 Dec 2021

Di Gioacchino A, Legendre R, Rahou Y, Najburg V, Charneau P, Greenbaum BD, Tangy F, van der Werf S, Cocco S, Komarova AV,

Lien vers Pubmed [PMID] – 34937774

Lien DOI – rna.078969.12110.1261/rna.078969.121

RNA 2021 Dec; ():

Coronavirus RNA-dependent RNA polymerases produce subgenomic RNAs (sgRNAs) that encode viral structural and accessory proteins. User-friendly bioinformatic tools to detect and quantify sgRNA production are urgently needed to study the growing number of next-generation sequencing (NGS) data of SARS-CoV-2. We introduced sgDI-tector to identify and quantify sgRNA in SARS-CoV-2 NGS data. sgDI-tector allowed detection of sgRNA without initial knowledge of the transcription-regulatory sequences. We produced NGS data and successfully detected the nested set of sgRNAs with the ranking M>ORF3a>N>ORF6>ORF7a>ORF8>S>E>ORF7b. We also compared the level of sgRNA production with other types of viral RNA products such as defective interfering viral genomes.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34937774