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Publié sur eLife - 26 Feb 2021

Marbouty M, Thierry A, Millot GA, Koszul R,

Lien vers Pubmed [PMID] – 33634788

Lien DOI – 10.7554/eLife.60608e60608

Elife 2021 Feb; 10():

Bacteriophages play important roles in regulating the intestinal human microbiota composition, dynamics and homeostasis, and characterizing their bacterial hosts is needed to understand their impact. We applied a metagenomic Hi-C approach on 10 healthy human gut samples to unveil a large infection network encompassing more than 6,000 interactions bridging a metagenomic assembled genomes (MAGs) and a phage sequence, allowing to study in situ phage-host ratio. Whereas three-quarter of these sequences likely correspond to dormant prophages, 5% exhibit a much higher coverage than their associated MAG, representing potentially actively replicating phages. We detected 17 sequences of members of the crAss-like phage family, whose hosts diversity remained until recently relatively elusive. For each of them, a unique bacterial host was identified, all belonging to different genus of Bacteroidetes. Therefore, metaHiC deciphers infection network of microbial population with a high-specificity paving the way to dynamic analysis of mobile genetic elements in complex ecosystems.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33634788