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Domaines Scientifiques
Maladies
Organismes
Applications
Technique
Date de Début
01
May 2008
Date de Fin
01
May 2020
Statut
Ongoing
Membres
5
Structures
2

Présentation

To explore the effects of combining mutations and thus, be able to better understand complex functional interactions in a cell, we developed a novel genetic screening method that combines the exhaustivity of the yeast systematic gene deletion collection, with a novel haploid specific selection marker and detection of the effects of combining gene mutations on growth by the use of microarrays (Decourty et al., PNAS 2008) [full text]. An interface to the data presented in the PNAS paper is available.

Microarray based methods for genome-wide testing of resistance to toxic chemicals or antibiotics can also give indications about the target of a drug or how the cells adapt to a specific stress (Peyroche, Saveanu et al., PLOS One 2012, Zeidler et al., J Antimicrob Chemoter 2013).

Genetic interactions

As a side effect of doing large scale screens, we are developing tools for data analysis and visualization. These tools use combinations of database, Python, R and JavaScript programs.

Prototype for data exploration (screenshot)
Screenshot of the web interface developed by Christophe Malabat for genetic interactions screens results exploration (also a custom made LIMS).

 

Financements