Mes activités de recherche sont orientées vers le séquençage et l’analyse du microbiote intestinal humain pour comprendre sa structure et sa fonction. Mon équipe utilise le séquençage à haut débit (HTS) et des outils bioinformatiques, y compris des techniques ‘machie learning’, pour étudier le rôle du microbiote dans la santé et les maladies humaines. Nous nous intéressons particulièrement à la colonisation et au développement du microbiote chez les nouveau-nés et les nourrissons, et nos projets incluent la transmission d’organismes sains et/ou potentiellement pathogènes de la mère au nourrisson. Nous étudions également comment les traitements antibiotiques modifient le microbiote ainsi que la façon dont l’interaction avec l’environnement peut affecter la diversité et le fonctionnement du microbiote. Nous sommes toujours ouverts à des collaborations dans de projets passionnants.
J’ai obtenu mon doctorat en microbiologie à l’Université du Massachusetts en étudiant le génome, la structure génétique et l’évolution des Archaea halophiles. Mes recherches postdoctorales ont porté sur la biochimie de l’initiation de la transcription et des acides aminés non-naturels au Massachusetts Institute of Technology (MIT). En 2005, j’ai accepté une opportunité au CNRS en France, combinant la génétique classique, le criblage à haut débit et la bioinformatique pour étudier le lien entre la division cellulaire et la réplication des chromosomes.
En 2008, j’ai obtenu un poste permanent à l’INRA pour établir un groupe de séquençage NGS, MetaQuant, afin d’étudier le microbiote intestinal. En sept ans, j’ai dirigé plusieurs WPs de projets européens MetaHIT (obésité, IBS, maladie de Crohn), EvoTAR (résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux) et MetaCardis (maladies cardiovasculaires et diabète). Le travail sur ces projets, avec des partenaires de l’EMBL et de la BGI a abouti à plusieurs publications à haut-impact sur la santé intestinale et le lien entre la dysbiose et une maladie ainsi que sur des méthodes décrivant l’organisation et l’analyse d’ensembles de données de grande dimension. Mon équipe a été l’un des principaux fondateurs en 2012 de l’unité MetaGenoPolis à l’INRA, financée par les “Investissements d’Avenir” du gouvernement français. En 2015, l’unité abritait la dernière technologie HTS sous la forme d’une suite de solutions robotiques permettant d’intégrer pleinement la production de bibliothèques de quantification de l’ADN. Plus de 100 projets avec des entités publiques et privées ont été traités pendant cette période.
J’ai été recruté à l’Institut Pasteur en 2015 en tant que directeur du pôle Biomicsde l’Institut Pasteur à Paris, pour diriger les services HTS et développer l’analyse métagénomique sur le campus et au sein du réseau international de l’Institut Pasteur. En l’espace de trois ans, j’ai initié l’introduction de la technologie “long reads” (PacBio / Nanopore), obtenu la certification ISO 9001 des services ADN/ARN et développé une activité de recherche active en métagénomique avec plusieurs projets financés.
Depuis 2018, je me suis affilié au département de biologie computationnelle (USR 3756 CNRS) et j’ai mis en place une petite équipe qui se concentre sur la recherche sur les microbiotes et les outils d’analyse. Nos projets actuels se concentrent sur “machine learning” et la prédiction fonctionnelle pour étudier le rôle que le microbiote joue dans la santé et le bien-être. Il est particulièrement intéressant d’étudier comment la colonisation intestinale se produit de la mère à l’enfant et comment cette transmission affecte la maturation du système immunitaire et contribue à la santé et à la maladie plus tard dans la vie.
