L’objectif de cette formation est de présenter, au travers de l’utilisation d’outils largement utilisés, quelques grands principes sur l’analyse de séquence. L’ensemble de la formation combine exposés théoriques (fondements méthodologiques des programmes) et applications pratiques (mise en relation des notions théoriques avec les paramètres des programmes et les résultats obtenus) pour permettre une utilisation autonome et critique de quelques logiciels d’analyse des séquences biologiques.
Programme:
Jour 1 : Corinne Maufrais
• Matin : Introduction générale et Organisation des banques de données publiques
• Après-midi : Recherche d’information dans les banques de données publiques
Jour 2 : Varun Khanna / Corinne Maufrais
• Matin: Comparaison et alignement de deux séquences. Varun Khanna
• Après-midi : Recherche de séquences similaires dans les banques de données
Jour 3 : Corinne Maufrais
• Matin : Comparaison et alignement multiple de séquences
• Après-midi : Recherche et extraction de motifs (pattern/profils/HMM/logo).
Jour 4 : Damien Mornico
• Introduction à l’annotation de génome
Jour 5 : Frédéric Lemoine
• Introduction à la phylogénie (Cours + TP)